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- EMDB-52956: Structure of Cystathionine gamma-lyase with ZHAWOC24000 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52956
タイトルStructure of Cystathionine gamma-lyase with ZHAWOC24000
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Cystathionine gamma-lyase and ZHAWOC24000
    • タンパク質・ペプチド: Cystathionine gamma-lyase
キーワードenzyme / four fold / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein sulfhydration / selenocystathionine gamma-lyase activity / positive regulation of aortic smooth muscle cell differentiation / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / protein-pyridoxal-5-phosphate linkage via peptidyl-N6-pyridoxal phosphate-L-lysine / homocysteine desulfhydrase activity / homocysteine desulfhydrase / Cysteine formation from homocysteine / cystathionine gamma-lyase / Degradation of cysteine and homocysteine ...protein sulfhydration / selenocystathionine gamma-lyase activity / positive regulation of aortic smooth muscle cell differentiation / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / protein-pyridoxal-5-phosphate linkage via peptidyl-N6-pyridoxal phosphate-L-lysine / homocysteine desulfhydrase activity / homocysteine desulfhydrase / Cysteine formation from homocysteine / cystathionine gamma-lyase / Degradation of cysteine and homocysteine / cystathionine gamma-lyase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process via cystathionine / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / cysteine metabolic process / transsulfuration / negative regulation of apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cellular response to leukemia inhibitory factor / lipid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / protein homotetramerization / calmodulin binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cystathionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Uchikawa E / Nazi S / So A / Driss E
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
Innosuisse56394.1 IP-LSEuropean Union
引用ジャーナル: Pharmacol Res / 年: 2025
タイトル: Allosteric activators of cystathionine γ lyase to augment endogenous hydrogen sulfide and inhibit pathologic calcification.
著者: Sonia Nasi / Driss Ehirchiou / Cindy Blatter / Veronique Chobaz / Stefan Germann / Alexandra Brandenberger / Elias Bommeli / Emiko Uchikawa / Giuseppe Cirino / Rainer Riedl / Alexander So / Nathalie Busso /
要旨: Hydrogen sulfide (H₂S), a gasotransmitter naturally produced in the body by enzymes such as cystathionine γ lyase (CSE), helps reduce inflammation, oxidative stress, and abnormal tissue ...Hydrogen sulfide (H₂S), a gasotransmitter naturally produced in the body by enzymes such as cystathionine γ lyase (CSE), helps reduce inflammation, oxidative stress, and abnormal tissue calcification. We present a novel strategy to boost endogenous H₂S production via CSE allosteric activation. Two CSE positive allosteric modulators (CSE-PAMs) were identified. Despite moderate binding affinity, both compounds induced a strong allosteric effect, increasing H₂S production by approximately 200 %. Cryo-electron microscopy and proteomics identified a distinct allosteric binding pocket on recombinant human CSE. In cellular assays, both compounds elevated H₂S levels. This correlated with inhibition of calcification. In chondrocytes, CSE-PAMs reduced alkaline phosphatase activity, inflammatory cytokine secretion, and oxidative stress, while enhancing protein persulfidation. These results highlight CSE-PAMs as promising therapeutic agents for conditions involving pathological calcification and inflammation, such as osteoarthritis. Additionally, they serve as valuable tools for investigating CSE-derived H₂S biology, previously limited by a lack of specific modulators.
履歴
登録2025年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52956.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 280 pix.
= 259.28 Å		0.93 Å/pix.
x 280 pix.
= 259.28 Å		0.93 Å/pix.
x 280 pix.
= 259.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.926 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.03216147 - 0.057731636
平均 (標準偏差)0.000036622776 (±0.0014713049)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 259.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52956_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: non sharpened

ファイルemd_52956_additional_1.map
注釈non sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52956_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52956_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Cystathionine gamma-lyase and ZHAWOC24000

全体名称: Complex of Cystathionine gamma-lyase and ZHAWOC24000
要素
  • 複合体: Complex of Cystathionine gamma-lyase and ZHAWOC24000
    • タンパク質・ペプチド: Cystathionine gamma-lyase

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超分子 #1: Complex of Cystathionine gamma-lyase and ZHAWOC24000

超分子名称: Complex of Cystathionine gamma-lyase and ZHAWOC24000
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: tetramer
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Cystathionine gamma-lyase

分子名称: Cystathionine gamma-lyase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSHHHHHHS GLEVLFQGPM QEKDASSQGF LPHFQHFATQ AIHVGQDPEQ WTSRAVVPPI SLSTTFKQGA PGQHSGFEYS RSGNPTRNCL EKAVAALDGA KYCLAFASGL AATVTITHLL KAGDQIICMD DVYGGTNRYF RQVASEFGLK ISFVDCSKIK LLEAAITPET ...文字列:
MGSHHHHHHS GLEVLFQGPM QEKDASSQGF LPHFQHFATQ AIHVGQDPEQ WTSRAVVPPI SLSTTFKQGA PGQHSGFEYS RSGNPTRNCL EKAVAALDGA KYCLAFASGL AATVTITHLL KAGDQIICMD DVYGGTNRYF RQVASEFGLK ISFVDCSKIK LLEAAITPET KLVWIETPTN PTQKVIDIEG CAHIVHKHGD IILVVDNTFM SPYFQRPLAL GADISMYSAT KYMNGHSDVV MGLVSVNCES LHNRLRFLQN SLGAVPSPID CYLCNRGLKT LHVRMEKHFK NGMAVAQFLE SNPWVEKVIY PGLPSHPQHE LVKRQCTGCT GMVTFYIKGT LQHAEIFLKN LKLFTLAESL GGFESLAELP AIMTHASVLK NDRDVLGISD TLIRLSVGLE DEEDLLEDLD QALKAAHPPS GSHS

UniProtKB: Cystathionine gamma-lyase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHepes
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMC8H10NO6PPyridoxal phosphate
1.0 mMC19H23N7O2ZHAW24000
グリッドモデル: SPT Labtech self-wicking R1.2/0.8 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: SPT LABTECH CHAMELEON

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6340 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5991531
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 1743889
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2nmp


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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