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- EMDB-52896: Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52896
タイトルCryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 16)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of S. flexneri LptDE complex bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 8)
    • タンパク質・ペプチド: LPS-assembly protein LptD
    • タンパク質・ペプチド: LPS-assembly lipoprotein LptE
  • タンパク質・ペプチド: Compound 16 - Bicyclic Peptide Binder
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
  • リガンド: 1,3,5-tris(2-chloroethylsulfonyl)-1,3,5-triazinane
キーワードLipid transport / Outer membrane protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
LPS-assembly lipoprotein LptE / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Allyjaun S / Newman H / Chirgadze DY / Hardwick SW / Hubbard J / van den Berg B / Dunbar E
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Innovate UK10086683 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U-016275 IAA-CiC 英国
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2025
タイトル: High-Throughput Identification and Characterization of LptDE-Binding Bicycle Peptides Using Phage Display and Cryo-EM.
著者: Shenaz Allyjaun / Emily Dunbar / Steven W Hardwick / Sarah Newell / Finn Holding / Catherine E Rowland / Megan A St Denis / Simone Pellegrino / Gustavo Arruda Bezerra / Nikolaos Bournakas / ...著者: Shenaz Allyjaun / Emily Dunbar / Steven W Hardwick / Sarah Newell / Finn Holding / Catherine E Rowland / Megan A St Denis / Simone Pellegrino / Gustavo Arruda Bezerra / Nikolaos Bournakas / Dimitri Y Chirgadze / Lee Cooper / Giulia Paris / Nick Lewis / Peter Brown / Michael J Skynner / Michael J Dawson / Paul Beswick / Julia Hubbard / Bert van den Berg / Hector Newman /
要旨: The lipopolysaccharide (LPS) transport (Lpt) system in Gram-negative bacteria maintains the integrity of the asymmetric bacterial outer membrane (OM). LPS biogenesis systems are essential in most ...The lipopolysaccharide (LPS) transport (Lpt) system in Gram-negative bacteria maintains the integrity of the asymmetric bacterial outer membrane (OM). LPS biogenesis systems are essential in most Gram-negative bacteria, with LptDE responsible for the delivery of LPS to the outer leaflet of the OM. As an externally accessible, essential protein, LptDE offers a promising target for inhibitor development without the need for cellular penetration. However, there are no direct inhibitors of LptDE, and drug discovery is made challenging since it is a membrane target without a conventional active site. Here, the bicycle phage display platform was used in combination with cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) and surface plasmon resonance to identify and map bicyclic peptide binders to LptDE (SfLptDE). Four distinct epitopes with unique bicycle molecule binding motifs were identified across the SfLptD β-barrel. This method represents a streamlined workflow for the identification and prioritization of hit molecules against LptDE.
履歴
登録2025年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52896.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 352 pix.
= 256.608 Å		0.73 Å/pix.
x 352 pix.
= 256.608 Å		0.73 Å/pix.
x 352 pix.
= 256.608 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.729 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.105
最小 - 最大-0.21304396 - 0.45127812
平均 (標準偏差)0.00068280357 (±0.010969199)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 256.608 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52896_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52896_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of S. flexneri LptDE complex bound by a Bicycli...

全体名称: Cryo-EM structure of S. flexneri LptDE complex bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 8)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of S. flexneri LptDE complex bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 8)
    • タンパク質・ペプチド: LPS-assembly protein LptD
    • タンパク質・ペプチド: LPS-assembly lipoprotein LptE
  • タンパク質・ペプチド: Compound 16 - Bicyclic Peptide Binder
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
  • リガンド: 1,3,5-tris(2-chloroethylsulfonyl)-1,3,5-triazinane

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超分子 #1: Cryo-EM structure of S. flexneri LptDE complex bound by a Bicycli...

超分子名称: Cryo-EM structure of S. flexneri LptDE complex bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 8)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 190 KDa

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分子 #1: LPS-assembly protein LptD

分子名称: LPS-assembly protein LptD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 87.135469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: ADLASQCMLG VPSYDRPLVQ GDTNDLPVTI NADHAKGDYP DDAVFTGSVD IMQGNSRLQA DEVQLHQKEA PGQPEPVRTV DALGNVHYD DNQVILKGPK GWANLNTKDT NVWEGDYQMV GRQGRGKADL MKQRGENRYT ILDNGSFTSC LPGSDTWSVV G SEIIHDRE ...文字列:
ADLASQCMLG VPSYDRPLVQ GDTNDLPVTI NADHAKGDYP DDAVFTGSVD IMQGNSRLQA DEVQLHQKEA PGQPEPVRTV DALGNVHYD DNQVILKGPK GWANLNTKDT NVWEGDYQMV GRQGRGKADL MKQRGENRYT ILDNGSFTSC LPGSDTWSVV G SEIIHDRE EQVAEIWNAR FKVGPVPIFY SPYLQLPVGD KRRSGFLIPN AKYTTTNYFE FYLPYYWNIA PNMDATITPH YM HRRGNIM WENEFRYLSQ AGAGLMELDY LPSDKVYEDE HPNDDSSRRW LFYWNHSGVM DQVWRFNVDY TKVSDPSYFN DFD NKYGSS TDGYATQKFS VGYAVQNFNA TVSTKQFQVF SEQNTSSYSA EPQLDVNYYQ NDVGPFDTRI YGQAVHFVNT RDDM PEATR VHLEPTINLP LSNNWGSINT EAKFLATHYQ QTNLDWYNSR NTTKLDESVN RVMPQFKVDG KMVFERDMEM LAPGY TQTL EPRAQYLYVP YRDQSDIYNY DSSLLQSDYS GLFRDRTYGG LDRIASANQV TTGVTSRIYD DAAVERFNIS VGQIYY FTE SRTGDDNITW ENDDKTGSLV WAGDTYWRIS ERWGLRGGIQ YDTRLDNVAT SNSSIEYRRD EDRLVQLNYH YASPEYI QA TLPKYYSTAE QYKNGISQVG AVASRPIADR WSIVGAYYYD TNANKQADSM LGVQYSSCCY AIRVGYERKL NGWDNDKQ H AVYDNAIGFN IELRGLSSNY GLGTQEMLRS NILPYQNTL

UniProtKB: LPS-assembly protein LptD

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分子 #2: LPS-assembly lipoprotein LptE

分子名称: LPS-assembly lipoprotein LptE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
分子量理論値: 17.002602 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
CGWHLRDTTQ VPSTMKVMIL DSGDPNGPLS RAVRNQLRLN GVELLDKETT RKDVPSLRLG KVSIAKDTAS VFRNGQTAEY QMIMTVNAT VLIPGRDIYP ISAKVFRSFF DNPQMALAKD NEQDMIVKEM YDRAAEQLIR KLPSIRAADI RS

UniProtKB: LPS-assembly lipoprotein LptE

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分子 #3: Compound 16 - Bicyclic Peptide Binder

分子名称: Compound 16 - Bicyclic Peptide Binder / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.847186 KDa
配列文字列:
ACEWCIFWYD PKLCA(NH2)

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分子 #4: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

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分子 #5: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID

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分子 #6: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate

分子名称: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: Z41
分子量理論値: 568.911 Da
Chemical component information

ChemComp-Z41:
(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate

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分子 #7: 1,3,5-tris(2-chloroethylsulfonyl)-1,3,5-triazinane

分子名称: 1,3,5-tris(2-chloroethylsulfonyl)-1,3,5-triazinane / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: A1I4O
分子量理論値: 466.81 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 12.06 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 168619
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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