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- EMDB-52815: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52815
タイトルChimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in replication conformer
マップデータMain map
試料
  • 複合体: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in replication conformer
    • 細胞器官・細胞要素: DNA polymerase subunit gamma-1
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase subunit gamma-1
    • 細胞器官・細胞要素: DNA polymerase subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase subunit gamma-2
    • DNA: DNA (primer strand)
    • DNA: DNA (template strand)
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードMitochondrial DNA polymerase / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma DNA polymerase complex / mitochondrial chromosome / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity ...gamma DNA polymerase complex / mitochondrial chromosome / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / base-excision repair, gap-filling / DNA polymerase binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / protease binding / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / chromatin binding / mitochondrion / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / POLG2, C-terminal / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site ...DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / POLG2, C-terminal / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase subunit gamma-1 / DNA polymerase subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Valenzuela S / Falkenberg M
資金援助 スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council スウェーデン
Cancerfonden スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Modelling POLG mutations in mice unravels a critical role of POLγΒ in regulating phenotypic severity.
著者: Samantha Corrà / Alessandro Zuppardo / Sebastian Valenzuela / Louise Jenninger / Raffaele Cerutti / Sirelin Sillamaa / Emily Hoberg / Katarina A S Johansson / Urska Rovsnik / Sara Volta / ...著者: Samantha Corrà / Alessandro Zuppardo / Sebastian Valenzuela / Louise Jenninger / Raffaele Cerutti / Sirelin Sillamaa / Emily Hoberg / Katarina A S Johansson / Urska Rovsnik / Sara Volta / Pedro Silva-Pinheiro / Hannah Davis / Aleksandra Trifunovic / Michal Minczuk / Claes M Gustafsson / Anu Suomalainen / Massimo Zeviani / Bertil Macao / Xuefeng Zhu / Maria Falkenberg / Carlo Viscomi /
要旨: DNA polymerase γ (POLγ), responsible for mitochondrial DNA replication, consists of a catalytic POLγA subunit and two accessory POLγB subunits. Mutations in POLG, which encodes POLγA, lead to ...DNA polymerase γ (POLγ), responsible for mitochondrial DNA replication, consists of a catalytic POLγA subunit and two accessory POLγB subunits. Mutations in POLG, which encodes POLγA, lead to various mitochondrial diseases. We investigated the most common POLG mutations (A467T, W748S, G848S, Y955C) by characterizing human and mouse POLγ variants. Our data reveal that these mutations significantly impair POLγ activities, with mouse variants exhibiting milder defects. Cryogenic electron microscopy highlighted structural differences between human and mouse POLγ, particularly in the POLγB subunit, which may explain the higher activity of mouse POLγ and the reduced severity of mutations in mice. We further generated a panel of mouse models mirroring common human POLG mutations, providing crucial insights into the pathogenesis of POLG-related disorders and establishing robust models for therapeutic development. Our findings emphasize the importance of POLγB in modulating the severity of POLG mutations.
履歴
登録2025年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52815.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.96 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.96 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.96 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-25.178535 - 43.069735999999999
平均 (標準偏差)-0.0069426037 (±0.95454246)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52815_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_52815_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer map

ファイルemd_52815_additional_2.map
注釈DeepEMhancer map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_52815_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_52815_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB...

全体名称: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in replication conformer
要素
  • 複合体: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in replication conformer
    • 細胞器官・細胞要素: DNA polymerase subunit gamma-1
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase subunit gamma-1
    • 細胞器官・細胞要素: DNA polymerase subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase subunit gamma-2
    • DNA: DNA (primer strand)
    • DNA: DNA (template strand)
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB...

超分子名称: Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in replication conformer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #2: DNA polymerase subunit gamma-1

超分子名称: DNA polymerase subunit gamma-1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: DNA polymerase subunit gamma-2

超分子名称: DNA polymerase subunit gamma-2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA polymerase subunit gamma-1

分子名称: DNA polymerase subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 135.078188 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHVSS SVLDPVPSDG RPPSQMPSSE NGQLRLNPLL IQMLSRGLHE QIFGCGGEMP DEAAVQRSVE HLQKHGLWGQ PATPLPDVE LRLPRLFGGN LDQHFRLLAQ KQSLPYLEAA ASLLEAQLPP EPKSWAWAEG WTRYGPEGEA EPVAIPEERA L VFDVEVCL ...文字列:
MHHHHHHVSS SVLDPVPSDG RPPSQMPSSE NGQLRLNPLL IQMLSRGLHE QIFGCGGEMP DEAAVQRSVE HLQKHGLWGQ PATPLPDVE LRLPRLFGGN LDQHFRLLAQ KQSLPYLEAA ASLLEAQLPP EPKSWAWAEG WTRYGPEGEA EPVAIPEERA L VFDVEVCL AEGTCPTLAV AISPSAWYSW CSRRLVEERY SWTSQLSPAD LIPLGGSTSA SSSTKQDGQE QLVVGHNVSF DR AHIREQY LIQDSRMRFL DTMSMHMAIS GLSSFQRSLW MGAKQGKHKT QQSTKRGQKS PRKANGPAIS SWDWMDISSA NNL ADVHNL YVGGPPLEKE PRELFVKGSM RDIRENFQDL MQYCARDVWA TFEVFQQQLP LFLERCPHPV TLAGMLEMGV SYLP VNQNW ERYLTEAQNT YEELQREMKK SLMDLANDAC QLLSGERYKE DPWLWDLEWD LQEFKQKKAK KVKKPASASK LPIEG AGPF GDPMDQEDPG PPSEEEELQR SVTAHNRLQQ LRSTTDLLPK RPQHLPGHPG WYRKLCPRLD DPAWAPGPSL LSLQMR VTP KLMALTWDGF PLHYSDSHGW GYLVPGRRDN LTEPPVSPTV ESAAVTCPYR AIESLYRKHC LEQGKQQLEP QEVDLAE EF LLTDSSAMWQ TVEELGCLDV EAEAKMENSG LSQPLVLPAA CAPKSSQPTY HHGNGPYNDV NIPGCWFFKL PHKDGNNY N VGSPFAKDFL PKMEDGTLQA GPGGASGPRA LEINKMISFW RNAHKRISSQ MVVWLPRSAL PRVVTRHPSF DEEGHYGAI LPQVVTAGTI TRRAVEPTWL TASNARPDRV GSELKAMVQA PPGYVLVGAD VDSQELWIAA VLGDAHFAGM HGCTAFGWMT LQGRKSRGT DLHSKTAATV GISREHAKIF NYGRIYGAGQ SFAERLLMQF NHRLTRQEAA EKAQQMYAVT KGLRRYRLSA D GEWLVKQL NLPVDRTEDG WVSLQDLRMI RREASRKSRW KKWEVASERA WTGGTESEMF NKLESIAMSD TPRTPVLGCC IS RALEPSV VQGEFITSRV NWVVQSSAVD YLHLMLVAMK WLFEEFAIDG RFCISIHDEV RYLVREEDRY RAALALQITN LLT RCMFAY KLGLNDLPQS VAFFSAVDID QCLRKEVTMD CKTPSNPTGM ERRYGIPQGE ALDIYQIIEL TKGSLEKRSQ PGP

UniProtKB: DNA polymerase subunit gamma-1

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分子 #2: DNA polymerase subunit gamma-2

分子名称: DNA polymerase subunit gamma-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: A169T (Single Nucleotide Polymorphism) / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.229684 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDAGQPELLT ERSSPKGGHV KSHAELEGNG EHPEAPGSGE GSEALLEICQ RRHFLSGSKQ QLSRDSLLSG CHPGFGPLGV ELRKNLAAE WWTSVVVFRE QVFPVDALHH KPGPLLPGDS AFRLVSAETL REILQDKELS KEQLVTFLEN VLKTSGKLRE N LLHGALEH ...文字列:
MDAGQPELLT ERSSPKGGHV KSHAELEGNG EHPEAPGSGE GSEALLEICQ RRHFLSGSKQ QLSRDSLLSG CHPGFGPLGV ELRKNLAAE WWTSVVVFRE QVFPVDALHH KPGPLLPGDS AFRLVSAETL REILQDKELS KEQLVTFLEN VLKTSGKLRE N LLHGALEH YVNCLDLVNK RLPYGLAQIG VCFHPVFDTK QIRNGVKSIG EKTEASLVWF TPPRTSNQWL DFWLRHRLQW WR KFAMSPS NFSSSDCQDE EGRKGNKLYY NFPWGKELIE TLWNLGDHEL LHMYPGNVSK LHGRDGRKNV VPCVLSVNGD LDR GMLAYL YDSFQLTENS FTRKKNLHRK VLKLHPCLAP IKVALDVGRG PTLELRQVCQ GLFNELLENG ISVWPGYLET MQSS LEQLY SKYDEMSILF TVLVTETTLE NGLIHLRSRD TTMKEMMHIS KLKDFLIKYI SSAKNVHHHH HH

UniProtKB: DNA polymerase subunit gamma-2

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分子 #3: DNA (primer strand)

分子名称: DNA (primer strand) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.780008 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)

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分子 #4: DNA (template strand)

分子名称: DNA (template strand) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.162783 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG) (DC)

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: DCP
分子量理論値: 467.157 Da
Chemical component information

ChemComp-DCP:
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC ab-initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 713960
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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