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万見
- EMDB-52744: Cryo-EM structure of the Danio rerio tRNA ligase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52744
タイトルCryo-EM structure of the Danio rerio tRNA ligase complex
マップデータMap sharpened locally in cryoSPARC with Local Filtering tool
試料
  • 複合体: tRNA ligase complex from D. rerio
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase
    • タンパク質・ペプチド: RNA-splicing ligase RtcB homolog
    • タンパク質・ペプチド: Family with sequence similarity 98, member B
    • タンパク質・ペプチド: RNA transcription, translation and transport factor protein
    • タンパク質・ペプチド: Ashwin
キーワードtRNA ligase complex / RTCB / tRNA / tRNA maturation / tRNA splicing / LIGASE / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-splicing ligase complex / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / embryonic morphogenesis / exonuclease activity / tRNA processing / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of protein kinase activity / mitotic spindle ...tRNA-splicing ligase complex / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / embryonic morphogenesis / exonuclease activity / tRNA processing / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of protein kinase activity / mitotic spindle / RNA helicase activity / RNA helicase / centrosome / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FAM98 / Ashwin / Protein of unknown function (DUF2465) / Developmental protein / RNA transcription, translation and transport factor protein / RNA transcription, translation and transport factor protein / RNA-splicing ligase RtcB homologue, eukaryotic / Uncharacterized protein family UPF0027 signature. / RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily ...FAM98 / Ashwin / Protein of unknown function (DUF2465) / Developmental protein / RNA transcription, translation and transport factor protein / RNA transcription, translation and transport factor protein / RNA-splicing ligase RtcB homologue, eukaryotic / Uncharacterized protein family UPF0027 signature. / RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily / tRNA-splicing ligase RtcB / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Family with sequence similarity 98, member B / ATP-dependent RNA helicase / Ashwin / RNA-splicing ligase RtcB homolog / RNA transcription, translation and transport factor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Chamera S / Zajko W / Czarnocki-Cieciura M / Jaciuk M / Koziej L / Nowak J / Wycisk K / Sroka M / Chramiec-Glabik A / Smietanski M ...Chamera S / Zajko W / Czarnocki-Cieciura M / Jaciuk M / Koziej L / Nowak J / Wycisk K / Sroka M / Chramiec-Glabik A / Smietanski M / Golebiowski F / Warminski M / Jemielity J / Glatt S / Nowotny M
資金援助 ポーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre2019/33/B/NZ1/02839 ポーランド
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Structural and biochemical characterization of the 3'-5' tRNA splicing ligases.
著者: Sebastian Chamera / Weronika Zajko / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Marcin Jaciuk / Łukasz Koziej / Jakub Nowak / Krzysztof Wycisk / Małgorzata Sroka / Andrzej Chramiec-Głąbik / Mirosław ...著者: Sebastian Chamera / Weronika Zajko / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Marcin Jaciuk / Łukasz Koziej / Jakub Nowak / Krzysztof Wycisk / Małgorzata Sroka / Andrzej Chramiec-Głąbik / Mirosław Śmietański / Filip Gołębiowski / Marcin Warmiński / Jacek Jemielity / Sebastian Glatt / Marcin Nowotny /
要旨: In archaea and metazoa, tRNA exons are ligated by the RNA ligases RtcB and RTCB, respectively. The metazoan RTCB forms a stable complex with four additional subunits, DDX1, FAM98B, CGI99, and ASHWIN. ...In archaea and metazoa, tRNA exons are ligated by the RNA ligases RtcB and RTCB, respectively. The metazoan RTCB forms a stable complex with four additional subunits, DDX1, FAM98B, CGI99, and ASHWIN. The role and assembly of these four components remain elusive. Furthermore, we lack structural information of how RNA substrates are recognized by 3'-5' tRNA ligases. Here, we use thiol-based chemical crosslinking to confirm the involvement of specific residues of RtcB in RNA binding, and we present a cryo-EM structure of the purified five-subunit Danio rerio tRNA ligase complex. The structure implies that the DDX1 helicase module is mobile and can modulate the activity of RTCB. Taken together, the presented results enhance our mechanistic understanding of RNA binding by 3'-5' tRNA splicing ligases and architecture of the metazoan tRNA ligase complex.
履歴
登録2025年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52744.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52744.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map sharpened locally in cryoSPARC with Local Filtering tool
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.8446383 - 2.4197993
平均 (標準偏差)0.0015807287 (±0.052890323)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 215.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52744_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_52744_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_52744_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_52744_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_52744_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : tRNA ligase complex from D. rerio

全体名称: tRNA ligase complex from D. rerio
要素
  • 複合体: tRNA ligase complex from D. rerio
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase
    • タンパク質・ペプチド: RNA-splicing ligase RtcB homolog
    • タンパク質・ペプチド: Family with sequence similarity 98, member B
    • タンパク質・ペプチド: RNA transcription, translation and transport factor protein
    • タンパク質・ペプチド: Ashwin

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超分子 #1: tRNA ligase complex from D. rerio

超分子名称: tRNA ligase complex from D. rerio / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 133 KDa

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分子 #1: ATP-dependent RNA helicase

分子名称: ATP-dependent RNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: truncated variant (aa 693-740) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 5.349087 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列:
RRATGGGLYK GHVDILAPTV QELANLEREA QTSFLHLGYL PNQLFKAF

UniProtKB: ATP-dependent RNA helicase

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分子 #2: RNA-splicing ligase RtcB homolog

分子名称: RNA-splicing ligase RtcB homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: HIS-TEV-RTCB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 57.22525 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MHHHHHHENL YFQGMSRSYN DELQYLDKIH KNCWRIKKGF VPNMLVEGVF YVNDPLEKLM FEELRNACRG GGFGGFLPAM KQIGNVAAL PGIVHRSIGL PDVHSGYGFA IGNMAAFDME NPDAVVSPGG VGFDINCGVR LLRTNLDEGD VQPVKEQLAQ S LFDHIPVG ...文字列:
MHHHHHHENL YFQGMSRSYN DELQYLDKIH KNCWRIKKGF VPNMLVEGVF YVNDPLEKLM FEELRNACRG GGFGGFLPAM KQIGNVAAL PGIVHRSIGL PDVHSGYGFA IGNMAAFDME NPDAVVSPGG VGFDINCGVR LLRTNLDEGD VQPVKEQLAQ S LFDHIPVG VGSKGVIPMG AKDLEEALEM GVDWSLREGY AWAEDKEHCE EYGRMLQADP NKVSSKAKKR GLPQLGTLGA GN HYAEIQV VDEIYNDYAA KKMGIDHKGQ VCVMIHSGSR GLGHQVATDA LVAMEKAMKR DRITVNDRQL ACARITSEEG QDY LKGMAA AGNYAWVNRS SMTFLTRQAF SKVFSTTPDD LDMHVIYDVS HNIAKVEEHM VDGRQKTLLV HRKGSTRAFP PHHP LIPVD YQLTGQPVLI GGTMGTCSYV LTGTEQGMTE TFGTTCHGAG RALSRAKSRR NLDFQDVLDK LADMGIAIRV ASPKL VMEE APESYKNVTD VVNTCHDAGI SKKAIKLRPI AVIKG

UniProtKB: RNA-splicing ligase RtcB homolog

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分子 #3: Family with sequence similarity 98, member B

分子名称: Family with sequence similarity 98, member B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: truncated variant (aa 1-296) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 33.196734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MESDILDILE QLGYDGPLAE EACLLAECGR GFSSSEYVNL LTWLTKQLTQ FTETHTQDEI ITADPLDVSR LLKDCCCPYE GLASRLANG DVKDTRDHLK IILFVSSELQ SAQLLLSKTL RDAEEREMRS CSPLQDLSVI CHTLTLPDPA GRDPTDTFTD I QTQVNVLL ...文字列:
MESDILDILE QLGYDGPLAE EACLLAECGR GFSSSEYVNL LTWLTKQLTQ FTETHTQDEI ITADPLDVSR LLKDCCCPYE GLASRLANG DVKDTRDHLK IILFVSSELQ SAQLLLSKTL RDAEEREMRS CSPLQDLSVI CHTLTLPDPA GRDPTDTFTD I QTQVNVLL EKLPETHIGA PALQRSISAE QWEELEKINS TLSAEYECRR RMLIKRLDVT VQSFSWSDRA KVKIDQMARA YQ PKRHSLS VRSSVSLAHL LAARRDICNM VKTSSGSSRQ NTSCAVNRIL MGRVPDRGG

UniProtKB: Family with sequence similarity 98, member B

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分子 #4: RNA transcription, translation and transport factor protein

分子名称: RNA transcription, translation and transport factor protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 27.911844 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MFRRKLTALE YHNPTGFDCK DETEFRNFIV WLEDQKIRHY KIEDRGNLRN IPSSDWPKYF EKYLQDVNCP FSVQERQETV DWLLGLAVR FEYGDNVEKY RNCKPVTETN DVQKSADPLI NLDSNNPDFK AGVLALANLL KIQRHDDYLV MLKAIKILVQ E RLTPDAIA ...文字列:
MFRRKLTALE YHNPTGFDCK DETEFRNFIV WLEDQKIRHY KIEDRGNLRN IPSSDWPKYF EKYLQDVNCP FSVQERQETV DWLLGLAVR FEYGDNVEKY RNCKPVTETN DVQKSADPLI NLDSNNPDFK AGVLALANLL KIQRHDDYLV MLKAIKILVQ E RLTPDAIA KASQAKEGLP VTLDKHILGF DTGDATLNEA AQILRLLHIE ELRELQTKIN EAIVAVQAII ADPKTDHRLG KV GR

UniProtKB: RNA transcription, translation and transport factor protein

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分子 #5: Ashwin

分子名称: Ashwin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: truncated variant (aa 1-83) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 9.706074 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列:
MASHRTDRTK NPTSNGDVSK VDLLLHPELL SQEFIQLMLQ ERNIAVSDPE DRDRLTGLYL QHVIPLPQRE LPRSRWGKRM EKS

UniProtKB: Ashwin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.97 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMDTTDithiothreitol
2.0 mMMnCl2Manganese(II) chloride
2.0 mMGTPGuanosine-5'-triphosphate
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
詳細stage tilt 20 deg
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9942 / 平均電子線量: 41.09 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 13964718
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 179455
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 5
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9i8v:
Cryo-EM structure of the Danio rerio tRNA ligase complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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