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万見
- PDB-9i8v: Cryo-EM structure of the Danio rerio tRNA ligase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i8v
タイトルCryo-EM structure of the Danio rerio tRNA ligase complex
要素
  • ATP-dependent RNA helicase
  • Ashwin
  • Family with sequence similarity 98, member B
  • RNA transcription, translation and transport factor protein
  • RNA-splicing ligase RtcB homolog
キーワードLIGASE / tRNA ligase complex / RTCB / tRNA / tRNA maturation / tRNA splicing / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-splicing ligase complex / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / embryonic morphogenesis / exonuclease activity / tRNA processing / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of protein kinase activity / mRNA processing ...tRNA-splicing ligase complex / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / embryonic morphogenesis / exonuclease activity / tRNA processing / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of protein kinase activity / mRNA processing / mitotic spindle / RNA helicase activity / RNA helicase / centrosome / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FAM98 / Ashwin / Protein of unknown function (DUF2465) / Developmental protein / RNA transcription, translation and transport factor protein / RNA transcription, translation and transport factor protein / RNA-splicing ligase RtcB homologue, eukaryotic / Uncharacterized protein family UPF0027 signature. / RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily ...FAM98 / Ashwin / Protein of unknown function (DUF2465) / Developmental protein / RNA transcription, translation and transport factor protein / RNA transcription, translation and transport factor protein / RNA-splicing ligase RtcB homologue, eukaryotic / Uncharacterized protein family UPF0027 signature. / RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily / tRNA-splicing ligase RtcB / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Family with sequence similarity 98, member B / ATP-dependent RNA helicase / Ashwin / RNA-splicing ligase RtcB homolog / RNA transcription, translation and transport factor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Chamera, S. / Zajko, W. / Czarnocki-Cieciura, M. / Jaciuk, M. / Koziej, L. / Nowak, J. / Wycisk, K. / Sroka, M. / Chramiec-Glabik, A. / Smietanski, M. ...Chamera, S. / Zajko, W. / Czarnocki-Cieciura, M. / Jaciuk, M. / Koziej, L. / Nowak, J. / Wycisk, K. / Sroka, M. / Chramiec-Glabik, A. / Smietanski, M. / Golebiowski, F. / Warminski, M. / Jemielity, J. / Glatt, S. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2019/33/B/NZ1/02839 ポーランド
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Structural and biochemical characterization of the 3'-5' tRNA splicing ligases.
著者: Sebastian Chamera / Weronika Zajko / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Marcin Jaciuk / Łukasz Koziej / Jakub Nowak / Krzysztof Wycisk / Małgorzata Sroka / Andrzej Chramiec-Głąbik / Mirosław ...著者: Sebastian Chamera / Weronika Zajko / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Marcin Jaciuk / Łukasz Koziej / Jakub Nowak / Krzysztof Wycisk / Małgorzata Sroka / Andrzej Chramiec-Głąbik / Mirosław Śmietański / Filip Gołębiowski / Marcin Warmiński / Jacek Jemielity / Sebastian Glatt / Marcin Nowotny /
要旨: In archaea and metazoa, tRNA exons are ligated by the RNA ligases RtcB and RTCB, respectively. The metazoan RTCB forms a stable complex with four additional subunits, DDX1, FAM98B, CGI99, and ASHWIN. ...In archaea and metazoa, tRNA exons are ligated by the RNA ligases RtcB and RTCB, respectively. The metazoan RTCB forms a stable complex with four additional subunits, DDX1, FAM98B, CGI99, and ASHWIN. The role and assembly of these four components remain elusive. Furthermore, we lack structural information of how RNA substrates are recognized by 3'-5' tRNA ligases. Here, we use thiol-based chemical crosslinking to confirm the involvement of specific residues of RtcB in RNA binding, and we present a cryo-EM structure of the purified five-subunit Danio rerio tRNA ligase complex. The structure implies that the DDX1 helicase module is mobile and can modulate the activity of RTCB. Taken together, the presented results enhance our mechanistic understanding of RNA binding by 3'-5' tRNA splicing ligases and architecture of the metazoan tRNA ligase complex.
履歴
登録2025年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ATP-dependent RNA helicase
C: RNA-splicing ligase RtcB homolog
D: Family with sequence similarity 98, member B
E: RNA transcription, translation and transport factor protein
F: Ashwin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,3895
ポリマ－133,3895
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ATP-dependent RNA helicase


分子量: 5349.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: truncated variant (aa 693-740)
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: ddx1, si:ch211-214k9.2, si:dkey-161f12.1 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: F1R2L8, RNA helicase
#2: タンパク質 RNA-splicing ligase RtcB homolog / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase


分子量: 57225.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HIS-TEV-RTCB
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: rtcb, zgc:76871 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q6NZS4, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase
#3: タンパク質 Family with sequence similarity 98, member B / Protein FAM98B


分子量: 33196.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: truncated variant (aa 1-296)
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: fam98b, zgc:158382 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: A0PJS3
#4: タンパク質 RNA transcription, translation and transport factor protein


分子量: 27911.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: rtraf, zgc:56576 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q7ZUH1
#5: タンパク質 Ashwin


分子量: 9706.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: truncated variant (aa 1-83)
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: im:6907446, si:dkeyp-118h3.6 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q32LR5
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: tRNA ligase complex from D. rerio / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.133 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMDithiothreitolDTT1
42 mMManganese(II) chlorideMnCl21
52 mMGuanosine-5'-triphosphateGTP1
試料濃度: 0.97 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS / 詳細: stage tilt 20 deg
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影電子線照射量: 41.09 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9942

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 13964718
3次元再構成解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179455 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 75.17 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00297869
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.513410665
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03871231
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041374
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.64241087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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