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- EMDB-5274: Molecular Structure of Unliganded Native CP-MAC gp120 trimer: Spi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5274
タイトルMolecular Structure of Unliganded Native CP-MAC gp120 trimer: Spike region
マップデータ3D Average of Envelope Glycoproteins from SIV CP-MAC - structure (20 Angstrom) determined by cryo-electron tomography combined with 3D averaging
試料
  • 試料: SIV CP-MAC virus
  • タンパク質・ペプチド: envelope glycoprotein from Simian Immunodeficiency virus CP-MAC
キーワードAntigens / CD4 / cryo-electron microscopy / HIV / SIV / envelope glycoprotein / gp120 / gp41 / HIV-1 / Immunoglobulin Fab Fragments
生物種unidentified (未定義)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者White TA / Bartesaghi A / Borgnia M / Subramaniam S
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2010
タイトル: Molecular architectures of trimeric SIV and HIV-1 envelope glycoproteins on intact viruses: strain-dependent variation in quaternary structure.
著者: Tommi A White / Alberto Bartesaghi / Mario J Borgnia / Joel R Meyerson / M Jason V de la Cruz / Julian W Bess / Rachna Nandwani / James A Hoxie / Jeffrey D Lifson / Jacqueline L S Milne / Sriram Subramaniam /
要旨: The initial step in target cell infection by human, and the closely related simian immunodeficiency viruses (HIV and SIV, respectively) occurs with the binding of trimeric envelope glycoproteins (Env) ...The initial step in target cell infection by human, and the closely related simian immunodeficiency viruses (HIV and SIV, respectively) occurs with the binding of trimeric envelope glycoproteins (Env), composed of heterodimers of the viral transmembrane glycoprotein (gp41) and surface glycoprotein (gp120) to target T-cells. Knowledge of the molecular structure of trimeric Env on intact viruses is important both for understanding the molecular mechanisms underlying virus-cell interactions and for the design of effective immunogen-based vaccines to combat HIV/AIDS. Previous analyses of intact HIV-1 BaL virions have already resulted in structures of trimeric Env in unliganded and CD4-liganded states at ~20 Å resolution. Here, we show that the molecular architectures of trimeric Env from SIVmneE11S, SIVmac239 and HIV-1 R3A strains are closely comparable to that previously determined for HIV-1 BaL, with the V1 and V2 variable loops located at the apex of the spike, close to the contact zone between virus and cell. The location of the V1/V2 loops in trimeric Env was definitively confirmed by structural analysis of HIV-1 R3A virions engineered to express Env with deletion of these loops. Strikingly, in SIV CP-MAC, a CD4-independent strain, trimeric Env is in a constitutively "open" conformation with gp120 trimers splayed out in a conformation similar to that seen for HIV-1 BaL Env when it is complexed with sCD4 and the CD4i antibody 17b. Our findings suggest a structural explanation for the molecular mechanism of CD4-independent viral entry and further establish that cryo-electron tomography can be used to discover distinct, functionally relevant quaternary structures of Env displayed on intact viruses.
履歴
登録2011年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年6月6日-
マップ公開2011年6月6日-
更新2011年9月23日-
現状2011年9月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5274_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5274.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D Average of Envelope Glycoproteins from SIV CP-MAC - structure (20 Angstrom) determined by cryo-electron tomography combined with 3D averaging
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-5.22022 - 7.63792
平均 (標準偏差)0.0406701 (±0.630144)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 410 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z410.000410.000410.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-5.2207.6380.041

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SIV CP-MAC virus

全体名称: SIV CP-MAC virus
要素
  • 試料: SIV CP-MAC virus
  • タンパク質・ペプチド: envelope glycoprotein from Simian Immunodeficiency virus CP-MAC

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超分子 #1000: SIV CP-MAC virus

超分子名称: SIV CP-MAC virus / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Structures determined by cryo-electron tomography combined with 3D averaging
集合状態: trimer / Number unique components: 1

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分子 #1: envelope glycoprotein from Simian Immunodeficiency virus CP-MAC

分子名称: envelope glycoprotein from Simian Immunodeficiency virus CP-MAC
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Env
詳細: Envelope glycoproteins present on the surface of intact virions.
集合状態: trimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義) / 株: SIV CP-MAC / 別称: Simian Immunodeficiency Virus / 細胞: SupT1 / 細胞中の位置: viral membrane
分子量理論値: 480 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: TNE Buffer (10 mM Tris, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA)
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil Multi A
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Vitrification instrument: Mark III Vitrobot (FEI, Netherlands)
手法: blot for 6 seconds, at 25 C, 100 percent humidity, blot offset of -2, into an ethane slurry cooled by liquid nitrogen

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 81 K / 最高: 82 K / 平均: 81 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細Areas were selected for proper ice thickness (about 200 nm).
日付2009年7月21日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 平均電子線量: 150 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 34000
試料ステージ試料ホルダー: Cartridge / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Average tomographic tilt angle increment: 1.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: Please see A. Bartesaghi, et al. Journal of Structural Biology, 2008

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3dno

ソフトウェア名称: UCSF Chimera
詳細Protocol: Rigid body. Automated fitting procedures
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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