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- EMDB-52661: CryoEM structure of the Chaetomium thermophilum TOM holo complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52661
タイトルCryoEM structure of the Chaetomium thermophilum TOM holo complex at 3.8 angstrom resolution
マップデータFull map generated by cryoSPARC
試料
  • 複合体: TOM
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit tom22
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit Tom5
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit tom6
    • タンパク質・ペプチド: Import receptor subunit-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Tom20
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit (Tom40)-like protein
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
キーワードMitochondria / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA import into mitochondrion / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transporter activity / intracellular protein transport / mitochondrial outer membrane
類似検索 - 分子機能
Protein import receptor MAS20 / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM20 / Mitochondrial import receptor subunit tom22 / Translocase of outer membrane 40 kDa subunit / Uncharacterized protein / Import receptor subunit-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Agip ANA / Ornelas P / Yang TJ / Ermanno U / Haeder S / McDowell MA / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structures of TOM complexes with bound preproteins.
著者: Ahmed-Noor A Agip / Pamela Ornelas / Tzu-Jing Yang / Ermanno Uboldi / Sabine Häder / Melanie A McDowell / Werner Kühlbrandt /
要旨: Mitochondria import most of their proteins from the cytoplasm through the TOM complex. Preproteins containing targeting signals are recognized by the TOM receptor subunits and translocated by Tom40 ...Mitochondria import most of their proteins from the cytoplasm through the TOM complex. Preproteins containing targeting signals are recognized by the TOM receptor subunits and translocated by Tom40 across the outer mitochondrial membrane. We present four structures of the preprotein-bound and preprotein-free TOM core and holo complexes from the thermophilic fungus , obtained by single-particle electron cryomicroscopy. Our structures reveal the symmetric arrangement of two copies of the Tom20 receptor subunit in the TOM holo complex. Several different conformations of Tom20 within the TOM holo complex highlight the dynamic nature of the receptor. The structure of preprotein-bound Tom20 provides insight into the early stages of protein translocation.
履歴
登録2025年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52661.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52661.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map generated by cryoSPARC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.206
最小 - 最大-1.1698295 - 2.4630144
平均 (標準偏差)0.005462289 (±0.049261034)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 301.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52661_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A generated by cryoSPARC

ファイルemd_52661_half_map_1.map
注釈Half map A generated by cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B generated by cryoSPARC

ファイルemd_52661_half_map_2.map
注釈Half map B generated by cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TOM

全体名称: TOM
要素
  • 複合体: TOM
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit tom22
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit Tom5
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit tom6
    • タンパク質・ペプチド: Import receptor subunit-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Tom20
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit (Tom40)-like protein
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

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超分子 #1: TOM

超分子名称: TOM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 179 KDa

+
分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit tom22

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit tom22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Linker and FLAG tag located at the c-terminus of the protein
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 19.237748 KDa
組換発現生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
配列文字列:
MVQLVEVEDE HFTQPQPGPE EDDDEYTDTD SEISTESNFD PSEETLADRL HALRDMVPPA YRGWIYHKYE QTTSAVRKAL SFAGRAAWT VSVTALLVGV PFSLAYGEDQ QYAAMEQEQR MRELGGEVLT AGAPGSQGGG LTAEQVNAAL GRSEAKPALG S DYKDHDGD YKDDDDK

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit tom22

+
分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit Tom5

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit Tom5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 5.34515 KDa
配列文字列:
MFGGCQPPQP SPEELRAAEA EAASTIQRAI ATAAVLYLAP FIVDAVYKMF

+
分子 #3: Mitochondrial import receptor subunit tom6

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit tom6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 9.008387 KDa
配列文字列:
MPPKRVSYNS RRSLNPITGA YNALFVSENA SIVRSVVAFG LAVTFLASGW AEAILSCVPS PLVSSRQQQP PLTDLQKPCV NGLI

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: Import receptor subunit-like protein

分子名称: Import receptor subunit-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Mitochondrial import receptor subunit Tom7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 8.110614 KDa
配列文字列:
MLALSEESKV RRGPSLRTIR LGADSKQERI SKLIEISRVV IHYGYLPMIL YLGYTRSEPK PSIIRLLSPL S

UniProtKB: Import receptor subunit-like protein

+
分子 #5: Tom20

分子名称: Tom20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: Mitochondrial import receptor subunit Tom20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 20.228916 KDa
配列文字列:
MSSSPSPAIV ATAAVATLAA GVLAYAAYFD YQRRHNAEFR RQLRRNERRQ ARAEKDLAEA SAKAQRQRIK QAVDEAKEEG FPTSAEDKE AFFLEQVQAG EMMSADPSKH LEAALCFYKA LKVYPTPGDL INIYDKTVSK PILDILAEMI AYDSSLRIGT A YTGPAGVD VADLMREMGA VPGVGLD

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM20

+
分子 #6: Mitochondrial import receptor subunit (Tom40)-like protein

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit (Tom40)-like protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: Mitochondrial import receptor subunit Tom40 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 37.849609 KDa
配列文字列: MASSTNSPLA FLRSNPVFAS LSDLYDAFQE RRQKLGLSNP GLVENIAKEV QRDVLTTNLM FSGLRADLTK AFSLNPLFQV SHQFAMGER LSPYTFAALY GTSKMFAQGN IDDQGNLSTT FNYRWTPSFT TKTRFQITPG ATGQDMAQFE HEYSGADFTA T IKALNPSF ...文字列:
MASSTNSPLA FLRSNPVFAS LSDLYDAFQE RRQKLGLSNP GLVENIAKEV QRDVLTTNLM FSGLRADLTK AFSLNPLFQV SHQFAMGER LSPYTFAALY GTSKMFAQGN IDDQGNLSTT FNYRWTPSFT TKTRFQITPG ATGQDMAQFE HEYSGADFTA T IKALNPSF LEGGLTGIFV GQYLQSITPK LSLGLEAVWQ RAGLTQGPDT AISYVGRYKT ENWIASAQLQ AQGALNASYW QR LGEKVQA GVDMTLSVNP GAAMMGGPTK EGITTFGAKY DFRMSTFRAQ IDTKGKLSCV LEKRVAAPVM MTFAADVDHF TQQ AKVGVG ISIEAGGEEL QDQQPAPNIP F

UniProtKB: Translocase of outer membrane 40 kDa subunit

+
分子 #7: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 10 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #8: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13...

分子名称: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 8 / 式: DU0
分子量理論値: 516.752 Da
Chemical component information

ChemComp-DU0:
2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol

+
分子 #9: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.64 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMK2HPO4/KH2PO4Potassium Phosphate Buffer
50.0 mMKClPotassium Chloride
1.0 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid
1.0 mMTCEPTris (2-carboxyethyl) phosphine
0.02 %GDNGlyco-diosgenin
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa / 詳細: 15
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 15566 / 平均露光時間: 3.3 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 76100
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9i7t:
CryoEM structure of the Chaetomium thermophilum TOM holo complex at 3.8 angstrom resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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