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万見
- PDB-9i7s: CryoEM structure of the Chaetomium thermophilum TOM holo complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i7s
タイトルCryoEM structure of the Chaetomium thermophilum TOM holo complex at 3.2 angstrom resolution (pALDH treated)
要素
  • (Mitochondrial import receptor subunit ...) x 4
  • Import receptor subunit-like protein
  • Tom20
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA import into mitochondrion / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity / intracellular protein transport / mitochondrial outer membrane
類似検索 - 分子機能
Protein import receptor MAS20 / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DU0 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / Mitochondrial import receptor subunit TOM20 / Mitochondrial import receptor subunit tom22 / Translocase of outer membrane 40 kDa subunit / Uncharacterized protein / Import receptor subunit-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Agip, A.N.A. / Ornelas, P. / Yang, T.J. / Ermanno, U. / Haeder, S. / McDowell, M.A. / Kuehlbrandt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the Chaetomium thermophilum TOM holo complex at 3.2 angstrom (pALDH treated)
著者: Agip, A.N.A. / Ornelas, P. / Yang, T.J. / Ermanno, U. / Haeder, S. / McDowell, M.A. / Kuehlbrandt, W.
履歴
登録2025年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Mitochondrial import receptor subunit tom22
E: Mitochondrial import receptor subunit Tom5
G: Mitochondrial import receptor subunit tom6
I: Import receptor subunit-like protein
K: Tom20
A: Mitochondrial import receptor subunit (Tom40)-like protein
D: Mitochondrial import receptor subunit tom22
F: Mitochondrial import receptor subunit Tom5
H: Mitochondrial import receptor subunit tom6
J: Import receptor subunit-like protein
L: Tom20
B: Mitochondrial import receptor subunit (Tom40)-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,21931
ポリマ－199,56112
非ポリマー12,65819
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Mitochondrial import receptor subunit ... , 4種, 8分子 CDEFGHAB

#1: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit tom22 / Tom22


分子量: 19237.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Linker & FLAG fused to the C-terminus of Tom22.
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0026640
発現宿主: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S6L5
#2: タンパク質・ペプチド Mitochondrial import receptor subunit Tom5


分子量: 5345.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
#3: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit tom6 / Tom6


分子量: 9008.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S9G0
#6: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit (Tom40)-like protein / Tom40 / Mitochondrial import receptor subunit Tom40


分子量: 37849.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Mitochondrial import receptor subunit Tom40
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S7S2

-
タンパク質 , 2種, 4分子 IJKL

#4: タンパク質 Import receptor subunit-like protein / Mitochondrial import receptor subunit tom7 / Tom7


分子量: 8110.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Mitochondrial import receptor subunit Tom7
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SE07
#5: タンパク質 Tom20


分子量: 20228.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Mitochondrial import receptor subunit Tom20
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S6E4

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非ポリマー , 3種, 19分子

#7: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物
ChemComp-DU0 / 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol


分子量: 516.752 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H52O5
#9: 化合物 ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TOM / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.179 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMPotassium Phosphate BufferK2HPO4/KH2PO41
250 mMPotassium ChlorideKCl1
31 mMEthylenediaminetetraacetic acidEDTA1
41 mMTris (2-carboxyethyl) phosphineTCEP1
50.02 %Glyco-diosgeninGDN1
試料濃度: 1.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 215000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 34438
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51299 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / 詳細: A combination of ModelAngelo and AlphaFold3
原子モデル構築
ID 3D fitting-ID詳細Source nameタイプ
11ModelAngeloOtherin silico model
21AlphaFold3AlphaFoldin silico model
精密化最高解像度: 3.2 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00611589
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.73915713
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.6974323
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491727
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.011936

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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