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- EMDB-52656: Cryo-EM structure of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52656
タイトルCryo-EM structure of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon
マップデータCryo-EM structure of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon complex
試料
  • 複合体: ribosome-bound SND3 translocon
    • タンパク質・ペプチド: x 47種
    • RNA: x 3種
  • リガンド: x 1種
キーワードmembrane protein biogenesis / SND3 / ribosome / co-translation translocation / insertase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytoplasmic translational initiation / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / preribosome / protein targeting to ER / oligosaccharyltransferase complex / protein N-linked glycosylation via asparagine / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / protein transmembrane transporter activity / protein kinase activator activity ...regulation of cytoplasmic translational initiation / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / preribosome / protein targeting to ER / oligosaccharyltransferase complex / protein N-linked glycosylation via asparagine / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / protein transmembrane transporter activity / protein kinase activator activity / protein targeting / post-translational protein modification / cellular response to amino acid starvation / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / intracellular protein transport / protein transport / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRP-independent targeting protein 3 / Phosphate transport (Pho88) / PAT complex subunit CCDC47 / PAT complex subunit CCDC47 / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Gcn1, N-terminal / : / : / : ...SRP-independent targeting protein 3 / Phosphate transport (Pho88) / PAT complex subunit CCDC47 / PAT complex subunit CCDC47 / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Translocon-associated protein (TRAP), alpha subunit / Gcn1, N-terminal / : / : / : / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats / Fungal GCN1-like, HEAT repeats / Stalled ribosome sensor GCN1 N-terminal / Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / Elongation factor 3/GNC1 HEAT repeat / EF3 N-terminal HEAT repeat / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / : / STT3/PglB/AglB core domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / TOG domain / TOG / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / : / : / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / : / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL3 / 60S ribosomal protein L26-like protein / Putative inorganic phosphate transporter protein / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L6 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / 60S ribosomal protein l9-like protein / 60S ribosomal protein l21-like protein / Ribosomal protein L37 ...Large ribosomal subunit protein uL3 / 60S ribosomal protein L26-like protein / Putative inorganic phosphate transporter protein / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L6 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / 60S ribosomal protein l9-like protein / 60S ribosomal protein l21-like protein / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L14-like protein / 60S ribosomal protein L2-like protein / 60S ribosomal protein L25-like protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L43-like protein / 60S ribosomal protein L32-like protein / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L18-like protein / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L8 / 60S ribosomal protein L36 / 60S ribosomal protein L44-like protein / 60S ribosomal protein L20 / 60S ribosomal protein l33-like protein / Putative 60S ribosomal protein / 60S ribosomal protein L22-like protein / Large ribosomal subunit protein uL18 / 60S ribosomal protein l30-like protein / 60S ribosomal protein L10-like protein / 60S ribosomal protein L4-like protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein l7-like protein / Ribosomal protein l34-like protein / Translocon-associated protein subunit alpha / Large ribosomal subunit protein uL22 / 60S ribosomal protein L16-like protein / Translocon Sec61/SecY plug domain-containing protein / Putative 60S ribosomal protein / Large ribosomal subunit protein uL5 / 60S ribosomal protein l23-like protein / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L29
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang TJ / McDowell MA
資金援助European Union, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionHORIZON-MSCA-2022-PF-01; Project ID: 101107937European Union
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 1507/P16 (project-ID 450648163) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: SND3 is the membrane insertase within a distinct SEC61 translocon complex.
著者: Tzu-Jing Yang / Saumyak Mukherjee / Julian D Langer / Gerhard Hummer / Melanie A McDowell /
要旨: During the biogenesis of most eukaryotic integral membrane proteins (IMPs), transmembrane domains are inserted into the endoplasmic reticulum membrane by a dedicated insertase or the SEC61 translocon. ...During the biogenesis of most eukaryotic integral membrane proteins (IMPs), transmembrane domains are inserted into the endoplasmic reticulum membrane by a dedicated insertase or the SEC61 translocon. The SRP-independent (SND) pathway is the least understood route into the membrane, despite catering for a broad range of IMP types. Here, we show that Chaetomium thermophilum SND3 is a membrane insertase with an atypical fold. We further present a cryo-electron microscopy structure of a ribosome-associated SND3 translocon complex involved in co-translational IMP insertion. The structure reveals that the SND3 translocon additionally comprises the complete SEC61 translocon, CCDC47 and TRAPɑ. Here, the SEC61β N-terminus works together with CCDC47 to prevent substrate access to the translocon. Instead, molecular dynamics simulations show that SND3 disrupts the lipid bilayer to promote IMP insertion via its membrane-embedded hydrophilic groove. Structural and sequence comparisons indicate that the SND3 translocon is a distinct multipass translocon in fungi, euglenozoan parasites and other eukaryotic taxa.
履歴
登録2025年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52656.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52656.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 535.68 Å		1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 535.68 Å		1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 535.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04625 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-12.158384 - 40.186717999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000004269 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 535.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon...

ファイルemd_52656_additional_1.map
注釈Unsharpened map of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map (A) of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon...

ファイルemd_52656_half_map_1.map
注釈Half-map (A) of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map (B) of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon...

ファイルemd_52656_half_map_2.map
注釈Half-map (B) of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ribosome-bound SND3 translocon

全体名称: ribosome-bound SND3 translocon
要素
  • 複合体: ribosome-bound SND3 translocon
    • タンパク質・ペプチド: Translocon Sec61/SecY plug domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: SEC61 beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: SEC61 gamma subunit
    • タンパク質・ペプチド: CCDC47
    • タンパク質・ペプチド: Putative inorganic phosphate transporter protein
    • タンパク質・ペプチド: Translocon-associated protein subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L2-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L3-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L4-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein l5-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein l7-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L8
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein l9-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L10-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative ribosomal protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L14-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L16-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein l17-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L18-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein l21-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L22-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein l23-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L25-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L26-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L28-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein l30-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative 60S ribosomal protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L32-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein l33-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein l34-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L37
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L38-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL39
    • タンパク質・ペプチド: Putative ribosomal protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L41-A
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L44-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L43-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative 60S ribosomal protein
    • RNA: 26S rRNA
    • RNA: 5.8S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: ribosome-bound SND3 translocon

超分子名称: ribosome-bound SND3 translocon / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#50
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)

+
分子 #1: Translocon Sec61/SecY plug domain-containing protein

分子名称: Translocon Sec61/SecY plug domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 52.32232 KDa
配列文字列: MSSLRFLDLV KPFVPFLPEV QQPESKIPFN QKLMWTGLTL LIFLVMSQMP LYGIVSSDSS DPLYWLRMMM ASNRGTLMEL GITPIISSG MVFQLLAGTH MIDVNLDLKS DRELYQSAQK LFALILSVGT ATVYVFTGLY GPPSELGAGI VFLLILQLVL A GMIVILLD ...文字列:
MSSLRFLDLV KPFVPFLPEV QQPESKIPFN QKLMWTGLTL LIFLVMSQMP LYGIVSSDSS DPLYWLRMMM ASNRGTLMEL GITPIISSG MVFQLLAGTH MIDVNLDLKS DRELYQSAQK LFALILSVGT ATVYVFTGLY GPPSELGAGI VFLLILQLVL A GMIVILLD ELLQKGYGLG SGISLFIATN ICESIMWKAF SPTSINTGRG PEYEGAVIAL FHLLMTWPNK QRALQEAFYR QN LPNIMNL LATIVVFAAV IYLQGFRVEI PVKSSRQRGA RGSYPVRLFY TSNMPIMLQS TLSSNIFLIS QMLYSRFSDN LLV RLFGVW EAKDGSSQLS AVSGLVYYMS PPLNFKEALL DPIHTFVYIA YMLTACAIFS KTWIEVSGSS PRDVAKQLKD QGLV MAGHR DQSMYKELKR VIPTAAAFGG ACIGALSVAS DLMGALGSGT GTLLAVTIIY GYFEIAAKEG DLAGMKGMIM G

UniProtKB: Translocon Sec61/SecY plug domain-containing protein

+
分子 #2: SEC61 beta subunit

分子名称: SEC61 beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 12.552324 KDa
配列文字列:
MASPRATSPA PAGEKGSATG ASTSASPGVL GGPRGSSPPP PGGARTAIRR RAAADQKERL ANQRPNSTRA AGAGGSSNTM LKLYTDESP GLKVDPVVVL VLSLVFIFSV VALHVIAKIT RKFSS

+
分子 #3: SEC61 gamma subunit

分子名称: SEC61 gamma subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 7.81819 KDa
配列文字列:
MADQIQELLD VPREFLKDGI QFINRAQKPD RREFIKISQA VGVGFLIMGA VGYFVKLIHV PLNNILVGGA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: CCDC47

分子名称: CCDC47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: genome engineered CCDC47 (internal FLAG-tag after the residue T60)
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 51.723922 KDa
組換発現生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MANVLNNLFG GGKPSVSPDP LVAGDDFADF SQAAEPSPVT VQPLATTPSA VPLQPARPYT DYKDDDDKKW YRLHERYTWS DFKSEGIIL CIISVFIILH VIGASLNRRK AKKWIRAHAA PLAAEFAVVG YSGIPKNVSD KKGEELVKAL QDSNIAQGDN L IKERSLFE ...文字列:
MANVLNNLFG GGKPSVSPDP LVAGDDFADF SQAAEPSPVT VQPLATTPSA VPLQPARPYT DYKDDDDKKW YRLHERYTWS DFKSEGIIL CIISVFIILH VIGASLNRRK AKKWIRAHAA PLAAEFAVVG YSGIPKNVSD KKGEELVKAL QDSNIAQGDN L IKERSLFE FATYATGRAN VAFLEVKIAL TKRFNPLTAF FESVLGFFFE SGPEVGDRVE ATLYPFDGKE ADVVPDFPGA AE LRSKDPK STYDNFVWAI VHKECMKKAR NDRYDLSLTY TKDHAKLPNW LAVMSESAEI TDALLTPELI KAAEAAGDLF EYL VVTDQP EDKPKTLNET RPRKRVILKY RVPSNDDYTS LLPIFEYFLR MPDHLVQVAH FRPEVLRKVK VVRDEEIRKI QKAE EESKA EERAQEREKA KKAKRDQELS QLDAKAQKKY LEREREKELK RSMKKATIRA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #5: Putative inorganic phosphate transporter protein

分子名称: Putative inorganic phosphate transporter protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Putative inorganic phosphate transporter protein with C-terminal TwinStrep-tag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 24.180205 KDa
組換発現生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
配列文字列: MALSPQITNL IIIFGMMQVS KKIPFDDPNV LNMCRAAYLA SNLIILCISL YIKSVVDKKK DMTTLKYIEP APPGSSEEGK LVTTTVHAY DVEQVKILIK SQLFGIGMMA FMHLYLKYTN PLLIQSIIPL KGALESNMAK IHLWGMPATG DLKRPFKQPG G LLGGLFGQ ...文字列:
MALSPQITNL IIIFGMMQVS KKIPFDDPNV LNMCRAAYLA SNLIILCISL YIKSVVDKKK DMTTLKYIEP APPGSSEEGK LVTTTVHAY DVEQVKILIK SQLFGIGMMA FMHLYLKYTN PLLIQSIIPL KGALESNMAK IHLWGMPATG DLKRPFKQPG G LLGGLFGQ SVQADKKAVE AAERAGRGGV KEEGSGSAWS HPQFEKGGGS GGGSGGSAWS HPQFEK

UniProtKB: Putative inorganic phosphate transporter protein

+
分子 #6: Translocon-associated protein subunit alpha

分子名称: Translocon-associated protein subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 29.964066 KDa
配列文字列: MVNFKWSALA LLALRVAAVF AQEESADAEP GVLKEVSPDE LKVSIDTTFP DADIFGVKLV NGRPTKAIIE ITNHEEVPVD VAFIGGILK TTKPLPEDAP HYASIVRNLT AVRYGVQVPA GEKHQLPYQF VLDMMPQDVN LVLSAVITNA AAGKIYEVEA H SGPASIVD ...文字列:
MVNFKWSALA LLALRVAAVF AQEESADAEP GVLKEVSPDE LKVSIDTTFP DADIFGVKLV NGRPTKAIIE ITNHEEVPVD VAFIGGILK TTKPLPEDAP HYASIVRNLT AVRYGVQVPA GEKHQLPYQF VLDMMPQDVN LVLSAVITNA AAGKIYEVEA H SGPASIVD PPTSIFDPQI IFLYLFLTAF FSGIAYWVYK TWLEQFFPQA KPSRAAGPAK GKKARRAGGA TSDAEPVSGS ES AGGNTSG AGEKEYDESW IPAHHINRPV ARKVKGGSKS K

UniProtKB: Translocon-associated protein subunit alpha

+
分子 #7: 60S ribosomal protein L2-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L2-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 27.598875 KDa
配列文字列: MGRVIRNQRK GRGSVFTAHT RLRKAPAKFR PLDYAERHGY IRGIVKEIIH DPGRGAPLAR VVFRSPYKYK QITETFIANE GMYTGQFIY AGKNAALTVG NILPLSSVPE GTVVSNVEEK PGDRGALGRT SGNYVTVVGH NPDEGKTRIK LPSGAKKVVP S SSRGMIGI ...文字列:
MGRVIRNQRK GRGSVFTAHT RLRKAPAKFR PLDYAERHGY IRGIVKEIIH DPGRGAPLAR VVFRSPYKYK QITETFIANE GMYTGQFIY AGKNAALTVG NILPLSSVPE GTVVSNVEEK PGDRGALGRT SGNYVTVVGH NPDEGKTRIK LPSGAKKVVP S SSRGMIGI VAGGGRTDKP LLKASRAKHK FAVKRNRWPK TRGVAMNPVD HPHGGGNHQH IGKASTISRY AAQGQKAGLI AA RRTGLLR GTQKTKE

UniProtKB: 60S ribosomal protein L2-like protein

+
分子 #8: 60S ribosomal protein L3-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L3-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 44.456855 KDa
配列文字列: MSHRKYEAPR HGSLAFLPRK RAARHRGRVK SFPKDDPKKP VHLTAAMGYK AGMTTIVRDL DRPGAKAHKK EVVEAVTIID CPPMVVVGL VGYIETPRGL RSLTTVWAEH LSDEVKRRFY KNWYKSKKKA FTKYAKKYAE NNGASITREL ERIKKYCTVV R VLAHTQIR ...文字列:
MSHRKYEAPR HGSLAFLPRK RAARHRGRVK SFPKDDPKKP VHLTAAMGYK AGMTTIVRDL DRPGAKAHKK EVVEAVTIID CPPMVVVGL VGYIETPRGL RSLTTVWAEH LSDEVKRRFY KNWYKSKKKA FTKYAKKYAE NNGASITREL ERIKKYCTVV R VLAHTQIR KTPLKQKKAH LMEIQINGGS VADKVEFGRS LFEKPVTIDT IFEKDEMIDV IAVTKGHGFV GVTARWGTKK LP RKTHKGL RKVACIGAWH PSHVQWTVAR AGQMGYHHRT SVNHKIYRIG KGDDEANAST ETDLTKKKIT PMGGFVRYGE VNN DYVMIK GSVPGVKKRI MTLRKSLFTH TSRKALEKVE LKWIDTSSEF GHGAFQTAAE KKQFMGTLKK DLQTSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L4-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L4-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 39.439938 KDa
配列文字列: MASRPTVTVF GADGKPTGAT EVLPKVFSAP IRPDIVKHVH TGMAKNKRQP YAVSEKAGHQ TSAESWGTGR AVARIPRVSG GGTHRAGQG AFGNMCRSGR MFAPTKIWRK WHVKINQGQK RFATASALAA SAVAPLLMAR GHQVSTVPEV PLVVDSAAVA G DAVAKTAA ...文字列:
MASRPTVTVF GADGKPTGAT EVLPKVFSAP IRPDIVKHVH TGMAKNKRQP YAVSEKAGHQ TSAESWGTGR AVARIPRVSG GGTHRAGQG AFGNMCRSGR MFAPTKIWRK WHVKINQGQK RFATASALAA SAVAPLLMAR GHQVSTVPEV PLVVDSAAVA G DAVAKTAA AYKLLKAIGA GPDVEKVKKS KKLRAGKGKM RGRRHRQRRG PLIVYSPEHD GKELVKGFRN IPGVETCPVD AL NLLQLAP GGHLGRFIVW TSAAIKQLDA VYESKKGFFL PANIVSQADL SRLINSTEIQ SVLRAPKGEA RTKRACVQKK NPL RNKQIM LRLNPYASTF AKEKLGEVKA EEGKPPKVPA SFKELLHEA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L4-like protein

+
分子 #10: 60S ribosomal protein l5-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein l5-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 35.034605 KDa
配列文字列: MAFHKLVKNS AYYSRFQTKF KRRRQGKTDY YARKRLITQA KNKYNAPKYR LVVRFTNRDI ITQMVTSEIN GDKIFAAAYS HELRAYGIN HGLTNWAAAY ATGLLLARRV LAKLGLDKTF TGVEEPNGEY TLTEAAETED GERRPFKAIL DVGLARTSTG A RVFGVMKG ...文字列:
MAFHKLVKNS AYYSRFQTKF KRRRQGKTDY YARKRLITQA KNKYNAPKYR LVVRFTNRDI ITQMVTSEIN GDKIFAAAYS HELRAYGIN HGLTNWAAAY ATGLLLARRV LAKLGLDKTF TGVEEPNGEY TLTEAAETED GERRPFKAIL DVGLARTSTG A RVFGVMKG ASDGGIFIPH SENRFPGYDI ETEELDTEVL KKYIYGGHVA EYMETLADDD EERYKSQFVK YIEDDVEADS LE ELYAEAH KQIRADPFRK YVSDAPKKSK EEWKAESLKY KKAKLSREER KARVEAKIKQ LLAEQDE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #11: 60S ribosomal protein L6

分子名称: 60S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 22.132994 KDa
配列文字列: MSAAPTTKTF GKGTRTVPAP SEKAQKWYPA EDEAQPKKVR KAVRPWTPRK SLQPGTVLIL LAGRFRGKRV VLLKCLDQGV LLVTGPFKI NGVPLRRVNA RYVIATSVKV DLTGVDQAKI DEVAQPKYFT AEKAKEKASE EAFFKQGEKP QKKPVSSTRA A DQKAIDKA ...文字列:
MSAAPTTKTF GKGTRTVPAP SEKAQKWYPA EDEAQPKKVR KAVRPWTPRK SLQPGTVLIL LAGRFRGKRV VLLKCLDQGV LLVTGPFKI NGVPLRRVNA RYVIATSVKV DLTGVDQAKI DEVAQPKYFT AEKAKEKASE EAFFKQGEKP QKKPVSSTRA A DQKAIDKA LIANIKKVDM LASYLASSFS LRKGDKPHLM KF

UniProtKB: 60S ribosomal protein L6

+
分子 #12: 60S ribosomal protein l7-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein l7-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 28.821816 KDa
配列文字列: MSSTTVPTQN DILVPETLLK KRKSQEKARA ERAAALEKRK QANKEKRQVI FKRAEKYVKE YREQEREKIR LARIAKQQGS FHIPAEAKL VFVIRIKGIN KIPPKPRKIL QLLRLRQINN GVFVKVTKAT AEMIKIVEPW VAYGYPNLKS VRELIYKRGY G KVNGQRIP ...文字列:
MSSTTVPTQN DILVPETLLK KRKSQEKARA ERAAALEKRK QANKEKRQVI FKRAEKYVKE YREQEREKIR LARIAKQQGS FHIPAEAKL VFVIRIKGIN KIPPKPRKIL QLLRLRQINN GVFVKVTKAT AEMIKIVEPW VAYGYPNLKS VRELIYKRGY G KVNGQRIP LTDNAIIEEN LGKYGIICIE DLIHEIFTVG PNFKQAANFL WPFKLSNPNG GFRPRKFKHF IEGGDLGNRE EH INALIRA MN

UniProtKB: 60S ribosomal protein l7-like protein

+
分子 #13: 60S ribosomal protein L8

分子名称: 60S ribosomal protein L8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 29.74449 KDa
配列文字列: MPPKSGKKVA PAPFPQGKAG AKKAPKNPLL EKRPRNFGIG QDIQPKRNLS RMVKWPEYIR LQRQKKILRM RLKVPPAIAQ FQYTLDKNL AAQAFKLLNK YRPETKQEKK ERLLREATAI KEGKKKEDVS KKPYTVKYGL NHVVGLIENK KASLVLIAND V DPIELVVF ...文字列:
MPPKSGKKVA PAPFPQGKAG AKKAPKNPLL EKRPRNFGIG QDIQPKRNLS RMVKWPEYIR LQRQKKILRM RLKVPPAIAQ FQYTLDKNL AAQAFKLLNK YRPETKQEKK ERLLREATAI KEGKKKEDVS KKPYTVKYGL NHVVGLIENK KASLVLIAND V DPIELVVF LPALCRKMGI PYAIIKGKAR LGTLVHKKTA AVVAITEVRS EDKNELAKLI SAVKEGYLEK VEDTRKRWGG GI MGFKAQK REEKRKKSLE TAIKV

UniProtKB: 60S ribosomal protein L8

+
分子 #14: 60S ribosomal protein l9-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein l9-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 21.582133 KDa
配列文字列: MRYIHSEETI PVPENLKVSI KSRLVTVEGP RGKLQKDLSH IAVNFSVVKK GVIGLEIHHG SRKDVAALRT VRTIINNMII GVTKGFKYK MRYVYAHFPI NVNVEKNAET GCYEVEIRNF IGEKIVRKVV MAPGVEVEIS KAQKDELILS GNSLEAVSQS A ADIQQICK ...文字列:
MRYIHSEETI PVPENLKVSI KSRLVTVEGP RGKLQKDLSH IAVNFSVVKK GVIGLEIHHG SRKDVAALRT VRTIINNMII GVTKGFKYK MRYVYAHFPI NVNVEKNAET GCYEVEIRNF IGEKIVRKVV MAPGVEVEIS KAQKDELILS GNSLEAVSQS A ADIQQICK VRNKDIRKFL DGIYVSEKGN IVED

UniProtKB: 60S ribosomal protein l9-like protein

+
分子 #15: 60S ribosomal protein L10-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L10-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 25.255373 KDa
配列文字列: MARRPARCYR YCKNKPYPKS RFNRGVPDPK IKIYDLGRKR ATVDDFPLCV HLVSNEYEQL SSEALEAARI CANKYLVKYA GKEGFHLRV RAHPYHVIRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPQGTVARV DIGQILISVR TRDSNRAIAL EALRRCQYKF P GRQKIIVS ...文字列:
MARRPARCYR YCKNKPYPKS RFNRGVPDPK IKIYDLGRKR ATVDDFPLCV HLVSNEYEQL SSEALEAARI CANKYLVKYA GKEGFHLRV RAHPYHVIRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPQGTVARV DIGQILISVR TRDSNRAIAL EALRRCQYKF P GRQKIIVS KNWGFTPLRR EEYLEKKAAG RVRVDGAYVQ FLTNHGNLEE NMRRFPDAFK A

UniProtKB: 60S ribosomal protein L10-like protein

+
分子 #16: Putative ribosomal protein

分子名称: Putative ribosomal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 20.119275 KDa
配列文字列:
MSSEKAQNPM RELRIQKLVL NISVGESGDR LTRAAKVLEQ LSGQTPVYSK ARYTVRQFGI RRNEKIAVHV TVRGPKAEEI LERGLKVKE YELRRRNFSE TGNFGFGISE HIDLGIKYDP SIGIYGMDFY CCMTRPGERV AKRRRCKSRI GASHRITREE T IRWFKQRF DGIVR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #17: 60S ribosomal protein L13

分子名称: 60S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 24.19118 KDa
配列文字列: MAIKHNQQIP NNHFRKHWQR RVRCHFDQPG KKVTRRLARR AKAAALAPRP VDKLRPIVRC PTVKYNRRTR LGRGFTLEEL KAAGIPRLL APTIGIAVDH RRKNLSEESL AANVQRLKDY KARLILFPRK SNKPKKADTP KDQQTAETTT SLRTSFGVEQ P LAPGFTEI ...文字列:
MAIKHNQQIP NNHFRKHWQR RVRCHFDQPG KKVTRRLARR AKAAALAPRP VDKLRPIVRC PTVKYNRRTR LGRGFTLEEL KAAGIPRLL APTIGIAVDH RRKNLSEESL AANVQRLKDY KARLILFPRK SNKPKKADTP KDQQTAETTT SLRTSFGVEQ P LAPGFTEI SKSEIPAGIE GGAYRALRKA RSDARLVGVR EKRAKEKAEA EANKK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L13

+
分子 #18: 60S ribosomal protein L14-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L14-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 16.111901 KDa
配列文字列:
MAEINVEATS WRRVEVGRVL KLENGSLAAI VEIIDHKRVL ADGPSSDPKL ATPRGIVPLS RALLTPIVIP KLPRGARTGA VKKAWEAYG VDAKWKETNW AKKQLQQERR QSLTDFDRFK VMRLKKQRRF EERKALAKIK AAA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L14-like protein

+
分子 #19: Ribosomal protein L15

分子名称: Ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 24.307287 KDa
配列文字列: MGALKYLEEL SKKKQSDVVR FLLRVRCWEY RQLNVIHRAS RPSRPDKARR LGYKAKQGYV IYRVRVRRGG RKRPVPKGAT YGKPTNQGV NQLKYQRSLR ATAEERVGRR CSNLRVLNSY WVNQDSTYKY YEVILVDPNH KAIRRDPRIN WICNPVHKHR E CRGLTSTG ...文字列:
MGALKYLEEL SKKKQSDVVR FLLRVRCWEY RQLNVIHRAS RPSRPDKARR LGYKAKQGYV IYRVRVRRGG RKRPVPKGAT YGKPTNQGV NQLKYQRSLR ATAEERVGRR CSNLRVLNSY WVNQDSTYKY YEVILVDPNH KAIRRDPRIN WICNPVHKHR E CRGLTSTG KKSRGLNKGH RFNKTRAGRR KTWKRHNTLS LWRYR

UniProtKB: Ribosomal protein L15

+
分子 #20: 60S ribosomal protein L16-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L16-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 22.888037 KDa
配列文字列: (ACE)SSFESVVVI DGKGHLLGRL ASIVAKQLLS GQKIVVVRCE ALNISGEFFR AKLKYHAYLR KMTRYNPTRG GPFHFR APS RIFYKAVRGM IPHKTARGAA ALERLKVFEG VPPPYDKKKK MVVPQALRVL RLQPGRKYCT VGRLSHEVGW KYQDVVA RL ...文字列:
(ACE)SSFESVVVI DGKGHLLGRL ASIVAKQLLS GQKIVVVRCE ALNISGEFFR AKLKYHAYLR KMTRYNPTRG GPFHFR APS RIFYKAVRGM IPHKTARGAA ALERLKVFEG VPPPYDKKKK MVVPQALRVL RLQPGRKYCT VGRLSHEVGW KYQDVVA RL EERRKAKGAA YYERKKLAAR QLSEAKKAAA AKVDPKVSEA LAAYGY

UniProtKB: 60S ribosomal protein L16-like protein

+
分子 #21: 60S ribosomal protein l17-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein l17-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 21.072207 KDa
配列文字列:
MVRYAATEIA PTKSARARGS YLRVSFKNTR ETAQAINGWK LQRALTFLQN VIDKKEAVPM RRYAGSTGRT AQGKQWGVSR ARWPVKSAQ FLIGLLKNAE ANADAKGLDT GNLIIKHIQV NQAPKQRRRT YRAHGRINPY MSNPCHIELI LTEAEETVQK S EAVVRDVE SHLSSRQRGV RIRRALTAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #22: Ribosomal protein L18-like protein

分子名称: Ribosomal protein L18-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 24.195535 KDa
配列文字列: MDLVCAFIGP LFAPGARRLN LEEIAAESSS GIDLRWKHVR SSHRKAPKSD NVYLKLLVKL YRFLARRTEA PFNKVVLRRL FMSRINRPP VSLSRIARNL KNGNEKKTVV VVATVTDDNR LLQVPKMEVA ALRFTAKARA RIEAAGGRTL TLDQLALEKP T GANTLLLR ...文字列:
MDLVCAFIGP LFAPGARRLN LEEIAAESSS GIDLRWKHVR SSHRKAPKSD NVYLKLLVKL YRFLARRTEA PFNKVVLRRL FMSRINRPP VSLSRIARNL KNGNEKKTVV VVATVTDDNR LLQVPKMEVA ALRFTAKARA RIEAAGGRTL TLDQLALEKP T GANTLLLR GPKNAREAVK HFGFGPHKHK KPYVRSKGRK FERARGRRRS RGFKV

UniProtKB: Ribosomal protein L18-like protein

+
分子 #23: Ribosomal protein L19

分子名称: Ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 22.409201 KDa
配列文字列: MVNLRTQKRL AASVLGCGEG KVWLDPNEVS EISNANSRQS IRKLVADGLI IKKPVTMHSR SRARELNLAR RIGRHRGFGK RKGTADARM PQQVLWMRRQ RVLRRLLVKY RASGKIDKHL YHELYHLAKG NTFKHKRALV EHIHRAKAEK ARERQIKEEM D AKRARTKA ...文字列:
MVNLRTQKRL AASVLGCGEG KVWLDPNEVS EISNANSRQS IRKLVADGLI IKKPVTMHSR SRARELNLAR RIGRHRGFGK RKGTADARM PQQVLWMRRQ RVLRRLLVKY RASGKIDKHL YHELYHLAKG NTFKHKRALV EHIHRAKAEK ARERQIKEEM D AKRARTKA ARERKQERQA AKRNALLGEE EESK

UniProtKB: Ribosomal protein L19

+
分子 #24: 60S ribosomal protein L20

分子名称: 60S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 20.341893 KDa
配列文字列:
MGRLQEYQVI GRHLPTEANP NPALYRMRIF APNEVVAKSR FWYFLRGLKK VKKATGEIVS VNVISEKHPL KVKNFGIWLR YDSRSGTHN MYKEYRETSR VAAVEAMYAD MAARHRARFR SIHILKVVEL EKTEDVKRPY IKQLVAKNLS FPLPHRVPKI S TKKIFSAK RPSTFS

UniProtKB: 60S ribosomal protein L20

+
分子 #25: 60S ribosomal protein l21-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein l21-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 18.159227 KDa
配列文字列:
MGHAAGLRSG TRYAFSRGFR KHGQIPLSTY LRTYRVGDIV DIKVNGAVQK GMPHKFYHGK TGVVYNVTKS AVGVIVYKRV KHRYIEKRI NVRIEHVKPS RSREDFLRRV KENAELKKKA KAEGVPVQLK RQPAMPREAH TVSIADNKPV TLAPVAYETT I

UniProtKB: 60S ribosomal protein l21-like protein

+
分子 #26: 60S ribosomal protein L22-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L22-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 14.302563 KDa
配列文字列:
MAPVAKKSGA KGKGPKVTKK FIINASQPAS DKIFDVSAFE KFLNERIKVD GRVGNLGDVI KISQIGDGKV EIIAHNDLSG RYLKYLTKK FLKKMQLRDW LRVVATSKGV YELKFYNIVN DEAEEEED

UniProtKB: 60S ribosomal protein L22-like protein

+
分子 #27: 60S ribosomal protein l23-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein l23-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 14.674428 KDa
配列文字列:
MAKQKRGAPG GKLKMTLGLP VGAIMNCADN SGARNLYIIA VKGAGARLNR LPAGGVGDMV MATVKKGKPE LRKKVHPAVI VRQAKPWKR FDGVFLYFED NAGVIVNPKG EMKGSAITGP VGKEAAELWP RIASNAGVVM

UniProtKB: 60S ribosomal protein l23-like protein

+
分子 #28: 60S ribosomal protein L25-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L25-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 17.175334 KDa
配列文字列:
MAPKDVKKGG ASKAAKGAQA KKAAQAALKG VHSHKKTKVR KSTTFHRPKT LVLSRAPKYP RKSIPHEPRL DEHKIIIHPL NTEGALKKI EEQNTLVFIV DVKANKAQIK QALKKLYDID TVKINTLIRP DGTKKAFARL TPDVDALDIA ATKLGLV

UniProtKB: 60S ribosomal protein L25-like protein

+
分子 #29: 60S ribosomal protein L26-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L26-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 15.565322 KDa
配列文字列:
MKVRPTVSSS RRKARKAHFS APSSVRRVIM SAPLSKELRE KYNVRSIPIR KGDEVQIVRG AHKDKEGKVT SVYRLKYVIH VERVTREKA TGQTVPIGIH PSNVVITKLH LDKDRENILA RIKAGREQVA KAKGKKTAA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L26-like protein

+
分子 #30: 60S ribosomal protein L27

分子名称: 60S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 15.803652 KDa
配列文字列:
MKFLKTSRVC LVTRGRYAGK KVVIIQPVDQ GTKSHPYGHA LVAGIERYPS KITRRMSKAR IEKRSKIKPF IKVINYNHLM PTRYTLELE GLKAVINADT FKEPSQREEA KKTVKKVLED RYNSGKNRWF FTPLRF

UniProtKB: 60S ribosomal protein L27

+
分子 #31: 60S ribosomal protein L28-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L28-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 16.848539 KDa
配列文字列:
MPTRFSKTRK HRGHVSAGKG RVGKHRKHPG GRGMAGGQHH HRTNLDKYHP GYFGKVGMRH FHLLRNHYWR PSINIDKLWS LVPSDVREQ YLSGQKKDTA PVIDLLSHGY AKLLGKGRLP EIPVVVRARY VSAEAERKVK EAGGVVELVA

+
分子 #32: 60S ribosomal protein L29

分子名称: 60S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 7.529659 KDa
配列文字列:
MAKSKNSSQH NQSRKAHRNG IKKPKTQRYP SLKGTDPKFR RNHRHALHGT AKALKEFKEG KRETA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L29

+
分子 #33: 60S ribosomal protein l30-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein l30-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 11.602616 KDa
配列文字列:
MAPKKSKSEA QSIGAKLALV IKSGKVVLGY RSTLKALRSG KAKLILIAAN TPPLRKSELE YYSMMSKTPV HHYSGTNIEL GTACGKLFR CSTMAILDAG DSDILADQQ

UniProtKB: 60S ribosomal protein l30-like protein

+
分子 #34: Putative 60S ribosomal protein

分子名称: Putative 60S ribosomal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 13.872177 KDa
配列文字列:
MSSTQKKQRS AIADVVAREY TIHLHKRLHG VTFKKRAPRA IKEIKKFAQK AMGTSDVRLD PQLNKKVWEQ GIKGVPFRIR VRISRRRND EEGAKEKLYS YVQAVNVKNP KGLLTSVVEE E

UniProtKB: Putative 60S ribosomal protein

+
分子 #35: 60S ribosomal protein L32-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L32-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 15.095985 KDa
配列文字列:
MVAAKKHVPI VKKRTKRFMR HQSDRFKCLD SAWRKPKGID NRVRRRFKGN LAMPSIGYGS NKKTKHMMPS GHKAFLVHNV KDVELLLMH NRTYAAEIAH NVSSRKRIDI ITRAKQLGVK VTNAKAKVTT EV

UniProtKB: 60S ribosomal protein L32-like protein

+
分子 #36: 60S ribosomal protein l33-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein l33-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 12.330337 KDa
配列文字列:
MPSEAGHRLY VKGRHLSYQR GRRNTHPKTS LIKIEGVDDT AAANFYLGKR VAYVYRAQKE VRGTKIRVIW GKITRPHGNS GVVRAKFTH PLPARSFGAS VRIMLYPSSI

UniProtKB: 60S ribosomal protein l33-like protein

+
分子 #37: Ribosomal protein l34-like protein

分子名称: Ribosomal protein l34-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 13.492993 KDa
配列文字列:
MAPTRVTYRR RNPYNTTSNR TRVIKTPGGQ LRVLHIKKRG TAPKCGDCGI KLPGIPALRP REYATISKPK KTVQRAYGGS RCGNCVRDR IIRAFLIEEQ KIVKKVLKEQ SQAEKKASKK

UniProtKB: Ribosomal protein l34-like protein

+
分子 #38: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 14.643441 KDa
配列文字列:
MSSNGKVKAG QLWSKNKEEL TKILGELKTE LSQLRIQKIS SSGAKLNKIH DLRKSIARVL TVINAKQRAQ LRLFYKNKKY LPLDLRPKL TRALRRRLSK EDASRVLEKT KKRLTHFPQR KYAVKAA

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3

+
分子 #39: 60S ribosomal protein L36

分子名称: 60S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 12.784053 KDa
配列文字列:
MSEDATPKAP VERTGLIRGL NKGHKTTRRV LKERPSRRKG AQSKRTQFVR SLIREVAGLA PYERRVIELL RNGKDKRARK FSKKKLGTF GRAKRKCEEL QRIIAESRRA H

UniProtKB: 60S ribosomal protein L36

+
分子 #40: Ribosomal protein L37

分子名称: Ribosomal protein L37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 10.660455 KDa
配列文字列:
MTKGTSSFGK RHNKTHGLCR RCGRRSLHNQ KKVCASCGYP AAKTRKYNWS EKAKRRKVTG TGRMRYLSTV PRRFKNGFRT GVPKGARGP AVSTSS

UniProtKB: Ribosomal protein L37

+
分子 #41: 60S ribosomal protein L38-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L38-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 9.537339 KDa
配列文字列:
MPQEVSDIKK FIEICRRKDA SSARIKKNPK TQQIKFKVRC QRFLYTLVLK DSDKAEKLKQ SLPPNLQIKD VPKRNKRKSS A

+
分子 #42: Ribosomal protein eL39

分子名称: Ribosomal protein eL39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 6.297535 KDa
配列文字列:
MPSHKTFRIK QKLAKAQKQN RPIPQWIRLR TGNTIRYNAK RRHWRKTRLG L

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL39

+
分子 #43: Putative ribosomal protein

分子名称: Putative ribosomal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 14.609222 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGIIEP SLKALASKF NCDKMICRKC YARLPPRATN CRKRKCGHSN QLRPKKKLK

+
分子 #44: 60S ribosomal protein L41-A

分子名称: 60S ribosomal protein L41-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 3.354243 KDa
配列文字列:
MRAKWRKKRT RRLKRKRRKV RARSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32A

+
分子 #45: 60S ribosomal protein L44-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L44-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 12.045451 KDa
配列文字列:
MVNVPKTRKT FCKGKDCQKH TLHKVTQYKA GKASAFAQGK RRYDRKQSGY GGQTKPVFHK KAKTTKKIVL RLECSVCKTK KQLPLKRCK HFELGGDKKT KGAALVF

UniProtKB: 60S ribosomal protein L44-like protein

+
分子 #46: 60S ribosomal protein L43-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein L43-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 10.158977 KDa
配列文字列:
MSKRTKKVGI SGKYGTRYGA SLRKLVKKQE VTQHARYTCT FCGKNSVRRT AVGIWSCKSC KKTMAGGAYT VSTPAAAAMR STLRRLREI TEA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L43-like protein

+
分子 #47: Putative 60S ribosomal protein

分子名称: Putative 60S ribosomal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 15.960451 KDa
配列文字列:
MSNVSADLIW EVSRNYNSFL VKQRTGTFSR DALNLTNQHS RKHAGFVNDK ALGIVPAEKG VKVIAKKVKA ANKPASSLYT VTYKSTARK AYKAIASQAA KHGYRADLRQ AAVARASAIL RSQRPVKPEP PKKLRGAAAR RAAAAGKQ

UniProtKB: Putative 60S ribosomal protein

+
分子 #48: 26S rRNA

分子名称: 26S rRNA / タイプ: rna / ID: 48 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 1.0787301249999999 MDa
配列文字列: AGGUUGACCU CGGAUCAGGU AGGAGGACCC GCUGAACUUA AGCAUAUCAA UAAGCGGAGG AAAAGAAACC AACAGGGAUU GCCCUAGUA ACGGCGAGUG AAGCGGCAAC AGCUCAAAUU UGAAAGCUGG CUUCGGCCCG CGUUGUAAUU UGGAGAGGAU G CUUUGGGC ...文字列:
AGGUUGACCU CGGAUCAGGU AGGAGGACCC GCUGAACUUA AGCAUAUCAA UAAGCGGAGG AAAAGAAACC AACAGGGAUU GCCCUAGUA ACGGCGAGUG AAGCGGCAAC AGCUCAAAUU UGAAAGCUGG CUUCGGCCCG CGUUGUAAUU UGGAGAGGAU G CUUUGGGC GAGGCUCCUU CUGAGUUCCC UGGAACGGGA CGCCACAGAG GGUGAGAGCC CCGUAUAGUU GGAAGCCAAG CC UGUGUAA AGCUCCUUCG ACGAGUCGAG UAGUUUGGGA AUGCUGCUCA AAAUGGGAGG UAAAUUUCUU CUAAAGCUAA AUA CCGGCC AGAGACCGAU AGCGCACAAG UAGAGUGAUC GAAAGAUGAA AAGCACUUUG AAAAGAGGGU UAAAUAGCAC GUGA AAUUG UUGAAAGGGA AGCGCUUGUG ACCAGACUUG CGCCCGGCGG AUCAUCCGGU GUUCUCACCG GUGCACUCCG CCGGG CUCA GGCCAGCAUC GGUUCUGGCG GGGGGAUAAA GGCCCAGGGA AUGUGGCUCC UCCGGGAGUG UUAUAGCCCU GGGUGU AAU ACCCUCGCCG GGACCGAGGA CCGCGCUCUG CAAGGAUGCU GGCGUAAUGG UCACCAGCGA CCCGUCUUGA AACACGG AC CAAGGAGUCA AGGUUUUGCG CGAGUGUUUG GGUGUAAAAC CCGCACGCGU AAUGAAAGUG AACGUAGGUG AGAGCUUC G GCGCAUCAUC GACCGAUCCU GAUGUAUUCG GAUGGAUUUG AGUAGGAGCG UUAAGCCUUG GACCCGAAAG AUGGUGAAC UAUGCUUGGA UAGGGUGAAG CCAGAGGAAA CUCUGGUGGA GGCUCGCAGC GGUUCUGACG UGCAAAUCGA UCGUCAAAUC UGAGCAUGG GGGCGAAAGA CUAAUCGAAC CAUCUAGUAG CUGGUUACCG CCGAAGUUUC CCUCAGGAUA GCAGUGUCGA C CUUCAGUU UUAUGAGGUA AAGCGAAUGA UUAGGGACUC GGGGGCGAUU UUUAGCCUUC AUCCAUUCUC AAACUUUAAA UA UGUAAGA AGCCCUUGUU ACUUAACUGA ACGUGGGCAU UCGAAUGUAU CGACACUAGU GGGCCAUUUU UGGUAAGCAG AAC UGGCGA UGCGGGAUGA ACCGAACGCG GGGUUAAGGU GCCGGAGUGG ACGCUCAUCA GACACCACAA AAGGCGUUAG UACA UCUUG ACAGCAGGAC GGUGGCCAUG GAAGUCGGAA UCCGCUAAGG ACUGUGUAAC AACUCACCUG CCGAAUGUAC UAGCC CUGA AAAUGGAUGG CGCUCAAGCG UCCCACCCAU ACCCCGCCCU CAGGGUAGAA ACGAUGCCCU GAGGAGUAGG CGGCCG UGG AGGUCAGUGA CGAAGCCUAG GGCGUGAGCC CGGGUCGAAC GGCCUCUAGU GCAGAUCUUG GUGGUAGUAG CAAAUAC UU CAAUGAGAAC UUGAAGGACC GAAGUGGGGA AAGGUUCCAU GUGAACAGCG GUUGGACAUG GGUUAGUCGA UCCUAAGC C AUAGGGAAGU UCCGUUUCAA AGGGGCACUC GUGCCCCGUG UGGCGAAAGG GAAGCCGGUU AAUAUUCCGG CACCUGGAU GUGGGUUUUG CGCGGCAACG CAACUGAACG CGGAGACGAC GGCGGGGGCC CCGGGCAGAG UUCUCUUUUC UUCUUAACGG UCUAUCACC CUGGAAACAG UUUGUCUGGA GAUAGGGUUU AAUGGCCGGA AGAGCCCGAC ACUUCUGUCG GGUCCGGUGC G CUCUCGAC GUCCCUUGAA AAUCCGCGGG AGGGAAUAAU UCUCACGCCA GGUCGUACUC AUAACCGCAG CAGGUCCCCA AG GUGAACA GCCUCUGGUU GAUAGAACAA UGUAGAUAAG GGAAGUCGGC AAAAUAGAUC CGUAACUUCG GGAAAAGGAU UGG CUCUAA GGGUUGGGCA CGUUGGGCUU UGGGCGGACG CCCUGGGAGC AGAGGGCCUC UAGCCGGGCA ACCGGCCGGC GGCC CUCAG CACCCGGGGU UGAAGCCCUU AGCAGGCUUC GGCCGUCCGG CGUGCGGUUA ACAACCAACU UAGAACUGGU ACGGA CAGG GGGAAUCUGA CUGUCUAAUU AAAACAUAGC AUUGCGAUGG CCAGAAAGUG GUGUUGACGC AAUGUGAUUU CUGCCC AGU GCUCUGAAUG UCAAAGUGAA GAAAUUCAAC CAAGCGCGGG UAAACGGCGG GAGUAACUAU GACUCUCUUA AGGUAGC CA AAUGCCUCGU CAUCUAAUUA GUGACGCGCA UGAAUGGAUU AACGAGAUUC CCACUGUCCC UAUCUACUAU CUAGCGAA A CCACAGCCAA GGGAACGGGC UUGGCAAAAU CAGCGGGGAA AGAAGACCCU GUUGAGCUUG ACUCUAGUUU GACAUUGUG AAAAGACAUA GGAGGUGUAG AAUAGGUGGG AGCUUCGGCG CCAGUGAAAU ACCACUACUC CUAUUGUUUU UUUACUUAUU CAAUGAAGC GGGGCUGGAC UUGCGUCCAA CUUCUGGAGU UAAGGUCCUU CGCGGGCCGA CCCGGGUUGA AGACAUUGUC A GGUGGGGA GUUUGGCUG(OMG) GGCGGCACAU CUGUUAAACC AUAACGCAGG UGUCCUAAGG GGGGCUCAUG GAGAACAG A AAUCUCCAGU AGAACAAAAG GGUAAAAGUC CCCUUGAUUU UGAUUUUCAG UGUGAAUACA AACCAUGAAA GUGUGGCCU AUCGAUCCUU UAGUCCCUCG AAAUUUGAGG CUAGAGGUGC CAGAAAAGUU ACCACAGGGA UAACUGGCUU GUGGCGGCCA AGCGUUCAU AGCGACGUCG CUUUUUGAUC CUUCGAUGUC GGCUCUUCCU AUCAUACCGA AGCAGAAUUC GGUAAGCGUU G GAUUGUUC ACCCACUAAU AGGGAACGUG AGCUGGGUUU AGACCGUCGU GAGACAGGUU AGUUUUACCC UACUGAUGAA CU CGUCGCA AUGGUAAUUC AGCUUAGUAC GAGAGGAACC GCUGAUUCAG AUAAUUGGUU UUUGCGGUUG UCCGACCGGG CAG UGCCGC GAAGCUACCA UCUGCUGGAU AAUGGCUGAA CGCCUCUAAG UCAGAAUCCA UGCCAGAACG CGACGAUACU ACCC GCACG UUGUAGACGU AUAAGAAUAG GCUCCGGCCU CGUAUCCUAG CAGGCGAUUC CUCCGCCGGC CUCGAAGUGG CCGUC GGUA AUUCGCGUAU UGCAAUUUAG ACACGCGCGG GAUCAAAUCC UUUGCAGACG ACUUAGAUGU GCGAAAGGGU CCUGUA AGC AGUAGAGUAG CCUUGUUGUU ACGAUCUGCU GAGGGUAAGC CCUCCUUCGC CUAGAUUU

+
分子 #49: 5.8S rRNA

分子名称: 5.8S rRNA / タイプ: rna / ID: 49 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 50.147688 KDa
配列文字列:
AAACUUUCAA CAACGGAUCU CUUGGUUCUG GCAUCGAUGA AGAACGCAGC GAAAUGCGAU AAGUAAUGUG AAUUGCAGAA UUCCGUGAA UCAUCGAAUC UUUGAACGCA CAUUGCGCCC GCCGGUAUUC CGGCGGGCAU GCCUGUUCGA GCGUCAU

GENBANK: GENBANK: XR_002966750.1

+
分子 #50: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 50 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 38.596891 KDa
配列文字列:
ACAUACGACC AUACCUAGUG GAAAACUCGG GAUCCCGUCC GCUCUCCCAU AGAUAAGCCA CUAAGGGCGG GGUUAGUACU CAGGUCGGU GACGACUGGG GAAUCCCCCG UGUUGUAUGU U

GENBANK: GENBANK: 7OLC_3

+
分子 #51: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 379 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
100.0 mMKOAcPotassium acetate
10.0 mMMg(OAc)2Magnesium acetate
0.25 %DigitoninDigitonin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: waiting time: 15 s blot force: 0.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2108591
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / ソフトウェア - 詳細: patch-CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement with CTF refinements
詳細: non-uniform refinement with CTF refinements / 使用した粒子像数: 119533
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / ソフトウェア - 詳細: ab-initio reconstruction
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 40000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
ソフトウェア - 詳細: 3D classification without alignment

-
原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細PDB ID
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelcomplex of CCDC47 and SND3
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelcomplex of SEC61 translocon
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelcomplex of SEC61 translocon and TRAP alpha subunit
source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelribosome

7olc

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9i78:
Cryo-EM structure of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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