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- EMDB-52631: Structure of the Chaetomium thermophilum Pmt4 homodimer (C2 symmetry) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52631
タイトルStructure of the Chaetomium thermophilum Pmt4 homodimer (C2 symmetry)
マップデータmain map used for model building
試料
  • 複合体: Chaetomium thermophilum Pmt4 homodimer bound to dolichol-phosphate and dolichol-phosphate-mannose
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase
  • リガンド: dolichol-phosphate-mannose (n=2)
  • リガンド: dolichol-phosphate (n=4)
キーワードhomodimer / glycosylation / ER / biogenesis / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase / dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase activity / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase family 39/83 / Glycosyltransferase 39-like / Protein O-mannosyl-transferase, C-terminal four TM domain / Dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase / C-terminal four TMM region of protein-O-mannosyltransferase / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者McDowell MA / Wild K / Sinning I
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)FOR2509 (P07) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural characterisation of the fungal Pmt4 homodimer.
著者: Melanie A McDowell / Klemens Wild / Francesco Fiorentino / Daniela Bausewein / Anke Metschies / Antonella Chiapparino / Yvonne Hackmann / Florestan L Bilsing / David Brenske / Sofia Mortensen ...著者: Melanie A McDowell / Klemens Wild / Francesco Fiorentino / Daniela Bausewein / Anke Metschies / Antonella Chiapparino / Yvonne Hackmann / Florestan L Bilsing / David Brenske / Sofia Mortensen / Di Wu / Carol V Robinson / Sabine Strahl / Irmgard Sinning /
要旨: Protein O-mannosyltransferases (PMTs) are conserved endoplasmic reticulum membrane-embedded enzymes responsible for the transfer of mannose from dolichol phosphate-mannose (Dol-P-Man) to ...Protein O-mannosyltransferases (PMTs) are conserved endoplasmic reticulum membrane-embedded enzymes responsible for the transfer of mannose from dolichol phosphate-mannose (Dol-P-Man) to serine/threonine-rich protein substrates or unfolded proteins. PMTs from three subfamilies form obligate dimers with different substrate specificities and require the concerted action of their transmembrane domains (TMDs) and a luminal MIR domain for catalysis. Here, we present structures, native mass spectrometry, and structure-based mutagenesis of the fungal Pmt4 homodimer. The core fold of the TMDs and MIR domain is conserved with the Pmt1-Pmt2 heterodimer, indicating a shared catalytic mechanism. Distinct from Pmt4, the MIR domain interacts in cis with the TMDs of the same subunit and has a β-hairpin insertion required for O-mannosylation of substrates. We further identify a cytosolic binding site for substrate Dol-P-Man within the Pmt4 TMDs, which is conserved amongst PMTs and important for in vivo activity. Thus, we provide a framework to understand the substrate specificity and regulation of the Pmt4 homodimer.
履歴
登録2025年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52631.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52631.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map used for model building
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.712 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.712 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.712 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023
最小 - 最大-0.06392184 - 0.09924153
平均 (標準偏差)0.00001661736 (±0.003422931)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52631_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: map low-pass filtered to 6 A

ファイルemd_52631_additional_1.map
注釈map low-pass filtered to 6 A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52631_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52631_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chaetomium thermophilum Pmt4 homodimer bound to dolichol-phosphat...

全体名称: Chaetomium thermophilum Pmt4 homodimer bound to dolichol-phosphate and dolichol-phosphate-mannose
要素
  • 複合体: Chaetomium thermophilum Pmt4 homodimer bound to dolichol-phosphate and dolichol-phosphate-mannose
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase
  • リガンド: dolichol-phosphate-mannose (n=2)
  • リガンド: dolichol-phosphate (n=4)

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超分子 #1: Chaetomium thermophilum Pmt4 homodimer bound to dolichol-phosphat...

超分子名称: Chaetomium thermophilum Pmt4 homodimer bound to dolichol-phosphate and dolichol-phosphate-mannose
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase

分子名称: Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 92.046484 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSGSPAPQGA LRQRIVASTP KKTKESKDGA ASDAELDKLV KEAAAAKAPA GSERDYKIAF AIITALAFLT RFWGISHPDQ VVFDEVHFG KFASYYLQRT YFFDVHPPLG KLLFAFMGWL VGYDGHFHFD NIGDPYVINK VPYVAFRALP AILGSLTVSV V FLIMWESG ...文字列:
MSGSPAPQGA LRQRIVASTP KKTKESKDGA ASDAELDKLV KEAAAAKAPA GSERDYKIAF AIITALAFLT RFWGISHPDQ VVFDEVHFG KFASYYLQRT YFFDVHPPLG KLLFAFMGWL VGYDGHFHFD NIGDPYVINK VPYVAFRALP AILGSLTVSV V FLIMWESG YSLPACILAS GLVLLDNAHI GQTRLILLDA TLVFAMACSL LCYIKFYKLR HEPFSRKWWK WLILTGFALS CD ISTKYVG LFAFITIGSA VCIDLWDLLN INRPKGALTL PQFGKHFAAR AFGLIFMPFM FYLFWFQVHF SILTRSGPGD DFM TPEFQE TLSDNIMLAN AVTIDYWDTI TIKHKETKAY LHSHPDRYPL RYDDGRVSSQ GQQVTGYPFN DTNNWWQILP AGPF EEPKL GRHVKHRDLV RLRHVGTDTY LLSHDVASPY YPTNQEFTTV SFNEAYGDRA ADTLFEVRIE HGKPGQEFKS ISSHF KLIH NPSKVAMWTH PTPLPDWGHR QQEINGNKQI APSSNVWLVE DIVSLPADHK RREKPERKVK TLPFLRKWFE LQRSMF WHN NQLTASHPYA SLPYQWPFLL RGVSFWTNSE TRQQIYFLGN PVGWWIASSV LAIYVGIVLA DQFSLRRGID ALDHRTR SR LYNSTGFFFL AWATHYFPFF VMGRQLFLHH YLPAHLASTL VTGALVEFIF SPEAPEHEIA AQQAKSSSSG KRGGVAMK R HITARERFAG QSLMGSWIAT AVILALVAWS WWFFLPLTYG YPGMSVQQVL RRKWLGYDLH FAKLEVLFQG PGSHHHHHH HHHH

UniProtKB: Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase

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分子 #2: dolichol-phosphate-mannose (n=2)

分子名称: dolichol-phosphate-mannose (n=2) / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: A1I0N
分子量理論値: 684.88 Da

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分子 #3: dolichol-phosphate (n=4)

分子名称: dolichol-phosphate (n=4) / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: A1I0M
分子量理論値: 658.974 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5 200 mM NaCl 0.01% (w/v) LMNG 0.001% (w/v) cholesterol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9879 / 平均電子線量: 42.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2199173
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 210070
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6p25


Chain - Chain ID: B / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: SCWRL homology model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9i5k:
Structure of the Chaetomium thermophilum Pmt4 homodimer (C2 symmetry)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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