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万見
- EMDB-52572: MAP6d1 assembles protofilaments in the lumen of microtubule doublets -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52572
タイトルMAP6d1 assembles protofilaments in the lumen of microtubule doublets
マップデータ
試料
  • 複合体: Microtubule doublet assembled by MAP6d1
    • タンパク質・ペプチド: MAP6d1
    • タンパク質・ペプチド: A-tubulin
    • タンパク質・ペプチド: B-tubulin
キーワードmicrotubule / doublet / cilia / neuron / CELL CYCLE
生物種Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Gopal D / Serre L / Arnal I
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Mn-motif protein MAP6d1 assembles ciliary doublet microtubules
著者: Gopal D / Wu J / Delaroche J / Bosc C / De Andrade M / Denarier E / Effantin G / Andrieux A / Gory-Faure S / Serre L / Arnal I
履歴
登録2025年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52572.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52572.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.7 Å/pix.
x 208 pix.
= 561.6 Å		2.7 Å/pix.
x 208 pix.
= 561.6 Å		2.7 Å/pix.
x 208 pix.
= 561.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1820.0
最小 - 最大1.0 - 4095.0
平均 (標準偏差)1770.104599999999891 (±238.802899999999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 561.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52572_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52572_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_52572_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule doublet assembled by MAP6d1

全体名称: Microtubule doublet assembled by MAP6d1
要素
  • 複合体: Microtubule doublet assembled by MAP6d1
    • タンパク質・ペプチド: MAP6d1
    • タンパク質・ペプチド: A-tubulin
    • タンパク質・ペプチド: B-tubulin

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超分子 #1: Microtubule doublet assembled by MAP6d1

超分子名称: Microtubule doublet assembled by MAP6d1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: MAP6d1

分子名称: MAP6d1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAWPCISRLC CLARRWNQLD RSDVAVPLTL HGYSDPGSEE SGADCSVSRG NPSVAGARES SRAVPLTQYQ RDFGVRTARA GSRDAAQERP SGPGGRRGQS SAPPTRTVYV LPVGDADAAV VATTSYRQEF QAWTGVKPSR STKARTARVV TTHSSGWDPS PGASFQVPEV ...文字列:
MAWPCISRLC CLARRWNQLD RSDVAVPLTL HGYSDPGSEE SGADCSVSRG NPSVAGARES SRAVPLTQYQ RDFGVRTARA GSRDAAQERP SGPGGRRGQS SAPPTRTVYV LPVGDADAAV VATTSYRQEF QAWTGVKPSR STKARTARVV TTHSSGWDPS PGASFQVPEV RKFTPNPSAI FQTSAPQTLN VGDPPVATHH HHHHHH

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分子 #2: A-tubulin

分子名称: A-tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MRECISVHVG QAGVQMGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFT TFFCETGAGK HVPRAVFVD LEPTVIDEIR NGPYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDPVL D RIRKLSDQ CTGLQGFLVF HSFGGGTGSG FTSLLMERLS VDYGKKSKLE ...文字列:
MRECISVHVG QAGVQMGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFT TFFCETGAGK HVPRAVFVD LEPTVIDEIR NGPYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDPVL D RIRKLSDQ CTGLQGFLVF HSFGGGTGSG FTSLLMERLS VDYGKKSKLE FSIYPAPQVS TA VVEPYNS ILTTHTTLEH SDCAFMVDNE AIYDICRRNL DIERPTYTNL NRLISQIVSS ITA SLRFDG ALNVDLTEFQ TNLVPYPRIH FPLATYAPVI SAEKAYHEQL SVAEITNACF EPAN QMVKC DPRHGKYMAC CLLYRGDVVP KDVNAAIAAI KTKRSIQFVD WCPTGFKVGI NYQPP TVVP GGDLAKVQRA VCMLSNTTAI AEAWARLDHK FDLMYAKRAF VHWYVGEGME EGEFSE ARE DMAALEKDYE EVGIDSYEDE DEGEE

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分子 #3: B-tubulin

分子名称: B-tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKEAESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP DRIMNTFSVV ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKEAESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP DRIMNTFSVV PSPKVSDTVV EPYNATLSVH QLVENTDETY CIDNEALYDI CFRTLKLTTP TYGDLNHLVS ATMSGVTTCL RFPGQLNADL RKLAVNMVPF PRLHFFMPGF APLTSRGSQQ YRALTVPELT QQVFDAKNMM AACDPRHGRY LTVAAVFRGR MSMKEVDEQM LNVQNKNSSY FVEWIPNNVK TAVCDIPPRG LKMAVTFIGN STAIQELFKR ISEQFTAMFR RKAFLHWYTG EGMDEMEFTE AESNMNDLVS EYQQYQDATA EEEEDFGEEA EEEA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.87 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 1680
抽出トモグラム数: 252 / 使用した粒子像数: 1680
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 詳細: CTF estimated By EMAN2 / タイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: EMAN2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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