[日本語] English
万見
- EMDB-5254: WT Dam1 complex assembled into a ring around a microtubule -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5254
タイトルWT Dam1 complex assembled into a ring around a microtubule
マップデータ16 WT Dam1 complexes assembled into a ring around a microtubule
試料
  • 試料: WT Dam1 ring
  • タンパク質・ペプチド: Dam1 complex
キーワードKinetochore / MAP
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Ramey V / Wang HW / Nogales E
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2011
タイトル: The Dam1 ring binds to the E-hook of tubulin and diffuses along the microtubule.
著者: Vincent H Ramey / Hong-Wei Wang / Yuko Nakajima / Amanda Wong / Jian Liu / David Drubin / Georjana Barnes / Eva Nogales /
要旨: There has been much effort in recent years aimed at understanding the molecular mechanism by which the Dam1 kinetochore complex is able to couple microtubule depolymerization to poleward movement. ...There has been much effort in recent years aimed at understanding the molecular mechanism by which the Dam1 kinetochore complex is able to couple microtubule depolymerization to poleward movement. Both a biased diffusion and a forced walk model have been proposed, and several key functional aspects of Dam1-microtubule binding are disputed. Here, we investigate the elements involved in tubulin-Dam1 complex interactions and directly visualize Dam1 rings on microtubules in order to infer their dynamic behavior on the microtubule lattice and its likely relevance at the kinetochore. We find that the Dam1 complex has a preference for native tubulin over tubulin that is lacking its acidic C-terminal tail. Statistical mechanical analysis of images of Dam1 rings on microtubules, applied to both the distance between rings and the tilt angle of the rings with respect to the microtubule axis, supports a diffusive ring model. We also present a cryo-EM reconstruction of the Dam1 ring, likely the relevant assembly form of the complex for energy coupling during microtubule depolymerization in budding yeast. The present studies constitute a significant step forward by linking structural and biochemical observations toward a comprehensive understanding of the Dam1 complex.
履歴
登録2010年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年2月1日-
マップ公開2011年2月1日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.29
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.29
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5254_1.jpg

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈16 WT Dam1 complexes assembled into a ring around a microtubule
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.6 Å/pix.
x 200 pix.
= 920. Å		4.6 Å/pix.
x 200 pix.
= 920. Å		4.6 Å/pix.
x 200 pix.
= 920. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.29 / ムービー #1: 1.29
最小 - 最大-3.1440239 - 4.78089142
平均 (標準偏差)0.00002663 (±0.24046032)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 920.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.64.64.6
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z920.000920.000920.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-3.1444.7810.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : WT Dam1 ring

全体名称: WT Dam1 ring
要素
  • 試料: WT Dam1 ring
  • タンパク質・ペプチド: Dam1 complex

-
超分子 #1000: WT Dam1 ring

超分子名称: WT Dam1 ring / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 16 Dam1 complexes / Number unique components: 1
分子量理論値: 210 KDa

-
分子 #1: Dam1 complex

分子名称: Dam1 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Dam1 complex / コピー数: 16 / 集合状態: Ring / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Budding Yeast / 細胞中の位置: Nucleus
分子量理論値: 210 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 80mM PIPES, 1mM EGTA, 1mM MgCl2
グリッド詳細: 400 mesh C-flat 1.2um holes
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: FEI vitrobot. Waited for sample to pass through open holes before blotting
手法: Blot for 2 seconds before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 91 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2009年3月31日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.17 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt cryo / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: per micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: 16 fold rotational symmetry applied to reconstruction
使用した粒子像数: 236

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る