[日本語] English
万見
- EMDB-52520: Pre-clinical characterization of novel multi-client inhibitors of... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52520
タイトルPre-clinical characterization of novel multi-client inhibitors of Sec61 with broad anti-tumor activity
マップデータ
試料
  • 複合体: Sec61 translocon complex with small molecule
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit beta
  • リガンド: 4-{(3S)-9-(cyclohexylmethyl)-5-[(3R,5R)-4-(3-fluoro-5-methoxyphenyl)-3,5-dimethylpiperazine-1-sulfonyl]-3-methyl-1,5,9-triazacyclododecane-1-sulfonyl}-N,N-dimethylaniline
キーワードSec61 / ribosome / Protein translocation / PROTEIN TRANSPORT
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Shahid R / Paavilainen VO
資金援助 フィンランド, 2件
OrganizationGrant number国
Academy of Finland338836 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
引用ジャーナル: J.Pharmacol.Exp.Ther. / 年: 2025
タイトル: Pre-clinical characterization of novel multi-client inhibitors of Sec61 with broad anti-tumor activity
著者: Lowe E / Anderl JL / Bade D / Delgado-Martin C / Dong C / Fan RA / Fang Y / Jiang J / Johnson HW / Kempema A / McGilvray P / McMinn D / Millare B / Muchamuel T / Poweleit N / Qian Y / Rehan S ...著者: Lowe E / Anderl JL / Bade D / Delgado-Martin C / Dong C / Fan RA / Fang Y / Jiang J / Johnson HW / Kempema A / McGilvray P / McMinn D / Millare B / Muchamuel T / Poweleit N / Qian Y / Rehan S / Scapin G / Sugahara A / Tranter D / Tuch B / Wang J / Wang L / Whang JA / Zuno-Mitchell P / Paavilainen VO / Park E / Taunton J / Kirk CJ / Anand NK
履歴
登録2025年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_52520.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 600 pix.
= 498. Å		0.83 Å/pix.
x 600 pix.
= 498. Å		0.83 Å/pix.
x 600 pix.
= 498. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00001
最小 - 最大-0.39745665 - 1.2370273
平均 (標準偏差)0.0012252385 (±0.011247104)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 498.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52520_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_52520_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Sec61 translocon complex with small molecule

全体名称: Sec61 translocon complex with small molecule
要素
  • 複合体: Sec61 translocon complex with small molecule
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit beta
  • リガンド: 4-{(3S)-9-(cyclohexylmethyl)-5-[(3R,5R)-4-(3-fluoro-5-methoxyphenyl)-3,5-dimethylpiperazine-1-sulfonyl]-3-methyl-1,5,9-triazacyclododecane-1-sulfonyl}-N,N-dimethylaniline

-
超分子 #1: Sec61 translocon complex with small molecule

超分子名称: Sec61 translocon complex with small molecule / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 3 MDa

-
分子 #1: Protein transport protein Sec61 subunit alpha

分子名称: Protein transport protein Sec61 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 45.829012 KDa
配列文字列: EIQKPERKIQ FKEKVLWTAI TLFIFLVCCQ IPLFGIMSSD SADPFYWMRV ILASNRGTLM ELGISPIVTS GLIMQLLAGA KKDRALFNG AQKLFGMIIT IGQSIVYVMT MGAGICLLIT IQLFVAGLIV LLLDELLQKG YGISLFIATN ICETIVWKAF S PTTVNTGR ...文字列:
EIQKPERKIQ FKEKVLWTAI TLFIFLVCCQ IPLFGIMSSD SADPFYWMRV ILASNRGTLM ELGISPIVTS GLIMQLLAGA KKDRALFNG AQKLFGMIIT IGQSIVYVMT MGAGICLLIT IQLFVAGLIV LLLDELLQKG YGISLFIATN ICETIVWKAF S PTTVNTGR GMEFEGAIIA LFHLLATRTD KVRALREAFY RQNLPNLMNL IATIFVFAVV IYFQGFRVDL PIKSARYRGQ YN TYPIKLF YTSNIPIILQ SALVSNLYVI SQMLSARFSG NLLVSLLGTW LCYYLSPPES FGSVLEDPVH AVVYIVFMLG SCA FFSKTW IEVSGSSAKD VAKQLKEQQM VMRGHRETSM VHELNRYIPT AAAFGGLCIG ALSVLADFLG AIGSGTGILL AVTI IYQYF EIFVKEQ

-
分子 #2: Protein transport protein Sec61 subunit gamma

分子名称: Protein transport protein Sec61 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 6.722062 KDa
配列文字列:
AAFVEPSRQF VKDSIRLVKR CTKPDRKEFQ KIAMATAIGF AIMGFIGFFV KLIHIPINN

-
分子 #3: Protein transport protein Sec61 subunit beta

分子名称: Protein transport protein Sec61 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 2.316929 KDa
配列文字列:
VPVLVMSLLF IASVFMLHIW

-
分子 #4: 4-{(3S)-9-(cyclohexylmethyl)-5-[(3R,5R)-4-(3-fluoro-5-methoxyphen...

分子名称: 4-{(3S)-9-(cyclohexylmethyl)-5-[(3R,5R)-4-(3-fluoro-5-methoxyphenyl)-3,5-dimethylpiperazine-1-sulfonyl]-3-methyl-1,5,9-triazacyclododecane-1-sulfonyl}-N,N-dimethylaniline
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1A2B
分子量理論値: 765.057 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1163355
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7zl3

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1564411
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9hz5:
Pre-clinical characterization of novel multi-client inhibitors of Sec61 with broad anti-tumor activity

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る