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- EMDB-5252: electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5252
タイトルelectron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the basal body triplet from Chlamydomonas reinhardtii
マップデータaveraged microtubule triplet from basal body from Chlamydomonas reinhardtii
試料
  • 試料: basal body microtubule triplet
  • 細胞器官・細胞要素: basal body
キーワードbasal body / centriole / electron cryo-tomography / three-dimensional reconstruction
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Li S / Fernandez JJ / Marshall WF / Agard DA
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2012
タイトル: Three-dimensional structure of basal body triplet revealed by electron cryo-tomography.
著者: Sam Li / Jose-Jesus Fernandez / Wallace F Marshall / David A Agard /
要旨: Basal bodies and centrioles play central roles in microtubule (MT)-organizing centres within many eukaryotes. They share a barrel-shaped cylindrical structure composed of nine MT triplet blades. ...Basal bodies and centrioles play central roles in microtubule (MT)-organizing centres within many eukaryotes. They share a barrel-shaped cylindrical structure composed of nine MT triplet blades. Here, we report the structure of the basal body triplet at 33 Å resolution obtained by electron cryo-tomography and 3D subtomogram averaging. By fitting the atomic structure of tubulin into the EM density, we built a pseudo-atomic model of the tubulin protofilaments at the core of the triplet. The 3D density map reveals additional densities that represent non-tubulin proteins attached to the triplet, including a large inner circular structure in the basal body lumen, which functions as a scaffold to stabilize the entire basal body barrel. We found clear longitudinal structural variations along the basal body, suggesting a sequential and coordinated assembly mechanism. We propose a model in which δ-tubulin and other components participate in the assembly of the basal body.
履歴
登録2010年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年6月23日-
マップ公開2012年2月27日-
更新2012年10月3日-
現状2012年10月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 146
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 146
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5252_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5252.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈averaged microtubule triplet from basal body from Chlamydomonas reinhardtii
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 146.0 / ムービー #1: 146
最小 - 最大33.072956089999998 - 288.799804689999974
平均 (標準偏差)127.000007629999999 (±14.999806400000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ20020040
Spacing20020040
セルA: 1300.0 Å / B: 1300.0 Å / C: 260.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.56.56.5
M x/y/z20020040
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1300.0001300.000260.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS20020040
D min/max/mean33.073288.800127.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : basal body microtubule triplet

全体名称: basal body microtubule triplet
要素
  • 試料: basal body microtubule triplet
  • 細胞器官・細胞要素: basal body

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超分子 #1000: basal body microtubule triplet

超分子名称: basal body microtubule triplet / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 15.1 MDa
手法: estimation based on the volume assuming the protein density is 1.41g per cm3

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超分子 #1: basal body

超分子名称: basal body / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: basal body / コピー数: 2 / 集合状態: singlet / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc3491 / 別称: green algea / 細胞: Chlamydomonas reinhardtii / Organelle: basal body / 細胞中の位置: flagellum apparatus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10mM Tris 1mM EDTA
グリッド詳細: 300 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 91 K / 最高: 93 K / 平均: 93 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan GIF2000
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
詳細defocus maximum value is 24000nm
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 80 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 46153 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm / 倍率（公称値）: 34000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The tomographic tilt series were taken by UCSF Tomography program. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 82. Average tomographic tilt angle increment: 2.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Priism / 詳細: Final map was average of 1644 subvolumes
CTF補正詳細: each image, Wiener filter

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1jff

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: rigid body. The atomic structure was first manually fitting into EM density by program O and the fitting was refined by Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: cross correlation coefficiet

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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