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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Native human PPP1R15B-P-eIF2-eIF2B complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Translation / phosphorylation / Eukaryotic Initiation Factor-2B / Eukaryotic Initiation Factor-2 | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報male germ cell proliferation / translation initiation ternary complex / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / glial limiting end-foot / HRI-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / Cellular response to mitochondrial stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency ...male germ cell proliferation / translation initiation ternary complex / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / glial limiting end-foot / HRI-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / Cellular response to mitochondrial stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / methionyl-initiator methionine tRNA binding / negative regulation of translational initiation in response to stress / protein phosphatase type 1 complex / PERK-mediated unfolded protein response / PERK regulates gene expression / response to kainic acid / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / cytoplasmic translational initiation / regulation of translational initiation in response to stress / translation factor activity, RNA binding / formation of translation preinitiation complex / protein phosphatase regulator activity / guanyl-nucleotide exchange factor complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / oligodendrocyte development / protein-synthesizing GTPase / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / ER overload response / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of protein phosphorylation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / response to glucose / mitophagy / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / stress granule assembly / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / translational initiation / response to hydrogen peroxide / response to peptide hormone / PKR-mediated signaling / ABC-family proteins mediated transport / male gonad development / cytoplasmic stress granule / cellular response to UV / T cell receptor signaling pathway / regulation of translation / cellular response to heat / ribosome binding / response to heat / cellular response to oxidative stress / in utero embryonic development / cadherin binding / GTPase activity / mRNA binding / synapse / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | De Miguel C / Thorkelsson SR / Wang C / Bertolotti A | |||||||||
| 資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2025タイトル: Termination of the integrated stress response. 著者: Claudia De Miguel / Sigurdur R Thorkelsson / Agnieszka Fatalska / George Hodgson / Chao Wang / Anne Bertolotti / ![]() 要旨: Stress responses enable cells to detect, adapt to, and survive challenges. The benefit of these signaling pathways depends on their reversibility. The integrated stress response (ISR) is elicited by ...Stress responses enable cells to detect, adapt to, and survive challenges. The benefit of these signaling pathways depends on their reversibility. The integrated stress response (ISR) is elicited by phosphorylation of translation initiation factor eIF2, which traps and inhibits rate-limiting translation factor eIF2B thereby attenuating translation initiation. Termination of this pathway thus requires relieving eIF2B from P-eIF2 inhibition. Here, we found that eIF2 phosphatase subunits PPP1R15A and PPP1R15B (R15B) bound P-eIF2 in complex with eIF2B. Biochemical investigations guided by cryo-EM structures of native eIF2-eIF2B and P-eIF2-eIF2B complexes bound to R15B demonstrated that R15B enabled dephosphorylation of otherwise dephosphorylation-incompetent P-eIF2 on eIF2B. This sheds light on ISR termination, revealing that R15B rescues eIF2B from P-eIF2 inhibition, thereby safeguarding translation and cell fitness. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_52434.map.gz | 122.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-52434-v30.xml emd-52434.xml | 24.5 KB 24.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_52434.png | 51.6 KB | ||
| マスクデータ | emd_52434_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
| Filedesc metadata | emd-52434.cif.gz | 7.7 KB | ||
| その他 | emd_52434_half_map_1.map.gz emd_52434_half_map_2.map.gz | 226.5 MB 226.5 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-52434 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-52434 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_52434_validation.pdf.gz | 961.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_52434_full_validation.pdf.gz | 960.6 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_52434_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_52434_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-52434 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-52434 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_52434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
| ファイル | emd_52434_msk_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_52434_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_52434_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Local refinement of P-eIF2-eIF2B complex bound to R15B focused on...
| 全体 | 名称: Local refinement of P-eIF2-eIF2B complex bound to R15B focused on an eIF2Bg and an eIF2g subunits. |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: Local refinement of P-eIF2-eIF2B complex bound to R15B focused on...
| 超分子 | 名称: Local refinement of P-eIF2-eIF2B complex bound to R15B focused on an eIF2Bg and an eIF2g subunits. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: FLAG-R15B was expressed in Expi293 human cells and it immunopurified with a native P-eIF2-eIF2B complex. |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: cytoplasm |
| 分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
| 分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 50.30423 KDa |
| 配列 | 文字列: MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL ...文字列: MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL FMANEADLDE ELVIKGSILQ KHPRIRFHTG LVDAHLYCLK KYIVDFLMEN GSITSIRSEL IPYLVRKQFS SA SSQQGQE EKEEDLKKKE LKSLDIYSFI KEANTLNLAP YDACWNACRG DRWEDLSRSQ VRCYVHIMKE GLCSRVSTLG LYM EANRQV PKLLSALCPE EPPVHSSAQI VSKHLVGVDS LIGPETQIGE KSSIKRSVIG SSCLIKDRVT ITNCLLMNSV TVEE GSNIQ GSVICNNAVI EKGADIKDCL IGSGQRIEAK AKRVNEVIVG NDQLMEI UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit gamma |
-分子 #2: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 15B
| 分子 | 名称: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 15B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 11.927307 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: DYKDDDDKGD LPISARPACS NKLIDYILGG ASSDLETSSD PEGEDWDEEA EDDGFDSDSS LSDSDLEQDP EGLHLWNSFC SVDPYNPQN FTATIQTAAR IVPEEPSDSE UniProtKB: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 15B |
-分子 #3: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2
| 分子 | 名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 38.454484 KDa |
| 配列 | 文字列: MSGDEMIFDP TMSKKKKKKK KPFMLDEEGD TQTEETQPSE TKEVEPEPTE DKDLEADEED TRKKDASDDL DDLNFFNQKK KKKKTKKIF DIDEAEEGVK DLKIESDVQE PTEPEDDLDI MLGNKKKKKK NVKFPDEDEI LEKDEALEDE DNKKDDGISF S NQTGPAWA ...文字列: MSGDEMIFDP TMSKKKKKKK KPFMLDEEGD TQTEETQPSE TKEVEPEPTE DKDLEADEED TRKKDASDDL DDLNFFNQKK KKKKTKKIF DIDEAEEGVK DLKIESDVQE PTEPEDDLDI MLGNKKKKKK NVKFPDEDEI LEKDEALEDE DNKKDDGISF S NQTGPAWA GSERDYTYEE LLNRVFNIMR EKNPDMVAGE KRKFVMKPPQ VVRVGTKKTS FVNFTDICKL LHRQPKHLLA FL LAELGTS GSIDGNNQLV IKGRFQQKQI ENVLRRYIKE YVTCHTCRSP DTILQKDTRL YFLQCETCHS RCSVASIKTG FQA VTGKRA QLRAKAN UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2 |
-分子 #4: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
| 分子 | 名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-synthesizing GTPase |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 51.178406 KDa |
| 配列 | 文字列: MAGGEAGVTL GQPHLSRQDL TTLDVTKLTP LSHEVISRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVKA ISGVHTVRFK NELERNITIK LGYANAKIY KLDDPSCPRP ECYRSCGSST PDEFPTDIPG TKGNFKLVRH VSFVDCPGHD ILMATMLNGA AVMDAALLLI A GNESCPQP ...文字列: MAGGEAGVTL GQPHLSRQDL TTLDVTKLTP LSHEVISRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVKA ISGVHTVRFK NELERNITIK LGYANAKIY KLDDPSCPRP ECYRSCGSST PDEFPTDIPG TKGNFKLVRH VSFVDCPGHD ILMATMLNGA AVMDAALLLI A GNESCPQP QTSEHLAAIE IMKLKHILIL QNKIDLVKES QAKEQYEQIL AFVQGTVAEG APIIPISAQL KYNIEVVCEY IV KKIPVPP RDFTSEPRLI VIRSFDVNKP GCEVDDLKGG VAGGSILKGV LKVGQEIEVR PGIVSKDSEG KLMCKPIFSK IVS LFAEHN DLQYAAPGGL IGVGTKIDPT LCRADRMVGQ VLGAVGALPE IFTELEISYF LLRRLLGVRT EGDKKAAKVQ KLSK NEVLM VNIGSLSTGG RVSAVKADLG KIVLTNPVCT EVGEKIALSR RVEKHWRLIG WGQIRRGVTI KPTVDDD UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 |
-分子 #5: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
| 分子 | 名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 36.16118 KDa |
| 配列 | 文字列: MPGLSCRFYQ HKFPEVEDVV MVNVRSIAEM GAYVSLLEYN NIEGMILLSE LSRRRIRSIN KLIRIGRNEC VVVIRVDKEK GYIDLSKRR VSPEEAIKCE DKFTKSKTVY SILRHVAEVL EYTKDEQLES LFQRTAWVFD DKYKRPGYGA YDAFKHAVSD P SILDSLDL ...文字列: MPGLSCRFYQ HKFPEVEDVV MVNVRSIAEM GAYVSLLEYN NIEGMILLSE LSRRRIRSIN KLIRIGRNEC VVVIRVDKEK GYIDLSKRR VSPEEAIKCE DKFTKSKTVY SILRHVAEVL EYTKDEQLES LFQRTAWVFD DKYKRPGYGA YDAFKHAVSD P SILDSLDL NEDEREVLIN NINRRLTPQA VKIRADIEVA CYGYEGIDAV KEALRAGLNC STENMPIKIN LIAPPRYVMT TT TLERTEG LSVLSQAMAV IKEKIEEKRG VFNVQMEPKV VTDTDETELA RQMERLEREN AEVDGDDDAE EMEAKAED UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
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試料調製
| 緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: GOLD / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #0 - Film thickness: 50 / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. | ||||||||||||
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 実像数: 9438 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 75000 |
| 試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
| 初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
|---|---|
| 得られたモデル | ![]() PDB-9hvf: |
ムービー
コントローラー
万見について




キーワード
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
英国, 2件
引用




















Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)












































FIELD EMISSION GUN
