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万見
- EMDB-52359: Dynamic microtubule plus end architecture in presence of EB3. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52359
タイトルDynamic microtubule plus end architecture in presence of EB3.
マップデータExtracted subtomogram of microtubule control (free) plus end (bin 2, cryoCARE denoised).
試料
  • 複合体: Microtubules with sub-stoichiometric EB3
    • 細胞器官・細胞要素: EB3
    • 細胞器官・細胞要素: tubulin
キーワードmicrotubule / plus end / protofilaments / CYTOSOLIC PROTEIN
生物種Sus scrofa domesticus (ブタ) / Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Hoogebeen RA / Saunders HAJ / Howes SC / Akhmanova A
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: A network of interacting ciliary tip proteins with opposing activities imparts slow and processive microtubule growth.
著者: Harriet A J Saunders / Cyntha M van den Berg / Robin A Hoogebeen / Donna Schweizer / Kelly E Stecker / Ronald Roepman / Stuart C Howes / Anna Akhmanova /
要旨: Cilia are motile or sensory organelles present on many eukaryotic cells. Their formation and function rely on axonemal microtubules, which exhibit very slow dynamics, but the underlying mechanisms ...Cilia are motile or sensory organelles present on many eukaryotic cells. Their formation and function rely on axonemal microtubules, which exhibit very slow dynamics, but the underlying mechanisms are largely unexplored. Here we reconstituted in vitro the individual and collective activities of the ciliary tip module proteins CEP104, CSPP1, TOGARAM1, ARMC9 and CCDC66, which interact with each other and with microtubules and, when mutated in humans, cause ciliopathies such as Joubert syndrome. We show that CEP104, a protein with a tubulin-binding TOG domain, and its luminal partner CSPP1 inhibit microtubule growth and shortening. Another TOG-domain protein, TOGARAM1, overcomes growth inhibition imposed by CEP104 and CSPP1. CCDC66 and ARMC9 do not affect microtubule dynamics but act as scaffolds for their partners. Cryo-electron tomography demonstrated that, together, ciliary tip module members form plus-end-specific cork-like structures that reduce protofilament flaring. The combined effect of these proteins is very slow processive microtubule elongation, which recapitulates axonemal dynamics in cells.
履歴
登録2024年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52359.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52359.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 206 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Extracted subtomogram of microtubule control (free) plus end (bin 2, cryoCARE denoised).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.34 Å/pix.
x 300 pix.
= 1302. Å		4.34 Å/pix.
x 600 pix.
= 2604. Å		4.34 Å/pix.
x 300 pix.
= 1302. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.7034308 - 0.48484677
平均 (標準偏差)-0.0036923431 (±0.047559988)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600300300
Spacing300600300
セルA: 1302.0 Å / B: 2604.0 Å / C: 1302.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_52359_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #10

ファイルemd_52359_additional_10.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

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追加マップ: #11

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投影像・断面図
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ヒストグラム

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追加マップ: #12

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投影像・断面図
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追加マップ: #13

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投影像・断面図
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追加マップ: #14

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投影像・断面図
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追加マップ: #15

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投影像・断面図
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追加マップ: #16

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追加マップ: #17

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追加マップ: #18

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追加マップ: #19

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追加マップ: #2

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追加マップ: #20

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追加マップ: #21

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追加マップ: #22

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追加マップ: #23

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追加マップ: #24

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投影像・断面図
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追加マップ: #25

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投影像・断面図
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ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Full tomogram from which main map was extracted...

ファイルemd_52359_additional_26.map
注釈Full tomogram from which main map was extracted as a subtomogram (bin2, cryoCARE denoised).
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

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追加マップ: #4

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投影像・断面図
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追加マップ: #5

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投影像・断面図
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追加マップ: #6

ファイルemd_52359_additional_6.map
投影像・断面図
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追加マップ: #7

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投影像・断面図
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追加マップ: #8

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投影像・断面図
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追加マップ: #9

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投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Microtubules with sub-stoichiometric EB3

全体名称: Microtubules with sub-stoichiometric EB3
要素
  • 複合体: Microtubules with sub-stoichiometric EB3
    • 細胞器官・細胞要素: EB3
    • 細胞器官・細胞要素: tubulin

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超分子 #1: Microtubules with sub-stoichiometric EB3

超分子名称: Microtubules with sub-stoichiometric EB3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: brain

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超分子 #2: EB3

超分子名称: EB3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: tubulin

超分子名称: tubulin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: brain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
詳細: MRB80 buffer = 80 mM piperazine-N, N[prime]-bis (2-ethane sulfonic acid), pH 6.8, supplemented with 4 mM MgCl2, and 1 mM EGTA.
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 303.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Prior to vitrification, the sample was manually back-blotted inside the Vitrobot chamber..
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Cell Microscopy Core, Utrecht University Medical Center (UMC)
直径: 5 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 63000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 61
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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