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- EMDB-52351: subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52351
タイトルsubtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome
マップデータsubtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome
試料
  • 複合体: subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome
キーワードribosome / S20 / bS20 / 70S / psychrobacter urativorans / psychrobacter / bacterial ribosome / cryo-ET / subtomogram average / in situ / in vivo
生物種Psychrobacter urativorans (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Kopetschke S / Pfeffer S
資金援助European Union, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
Other private
Other private
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structurally heterogeneous ribosomes cooperate in protein synthesis in bacterial cells.
著者: Karla Helena-Bueno / Sophie Kopetschke / Sebastian Filbeck / Lewis I Chan / Sonia Birsan / Arnaud Baslé / Maisie Hudson / Stefan Pfeffer / Chris H Hill / Sergey V Melnikov /
要旨: Ribosome heterogeneity is a paradigm in biology, pertaining to the existence of structurally distinct populations of ribosomes within a single organism or cell. This concept suggests that ...Ribosome heterogeneity is a paradigm in biology, pertaining to the existence of structurally distinct populations of ribosomes within a single organism or cell. This concept suggests that structurally distinct pools of ribosomes have different functional properties and may be used to translate specific mRNAs. However, it is unknown to what extent structural heterogeneity reflects genuine functional specialization rather than stochastic variations in ribosome assembly. Here, we address this question by combining cryo-electron microscopy and tomography to observe individual structurally heterogeneous ribosomes in bacterial cells. We show that 70% of ribosomes in Psychrobacter urativorans contain a second copy of the ribosomal protein bS20 at a previously unknown binding site on the large ribosomal subunit. We then determine that this second bS20 copy appears to be functionally neutral. This demonstrates that ribosome heterogeneity does not necessarily lead to functional specialization, even when it involves significant variations such as the presence or absence of a ribosomal protein. Instead, we show that heterogeneous ribosomes can cooperate in general protein synthesis rather than specialize in translating discrete populations of mRNA.
履歴
登録2024年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52351.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.59 Å/pix.
x 232 pix.
= 600.648 Å		2.59 Å/pix.
x 232 pix.
= 600.648 Å		2.59 Å/pix.
x 232 pix.
= 600.648 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.589 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00295
最小 - 最大-0.0027549153 - 0.011211633
平均 (標準偏差)0.000023397011 (±0.0005958492)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ232232232
Spacing232232232
セルA=B=C: 600.648 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome (half2)

ファイルemd_52351_half_map_1.map
注釈subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome (half2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome (half1)

ファイルemd_52351_half_map_2.map
注釈subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome (half1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome

全体名称: subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome
要素
  • 複合体: subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome

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超分子 #1: subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome

超分子名称: subtomogram average of the P. urativorans 70S ribosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 37689
抽出トモグラム数: 28 / 使用した粒子像数: 60157
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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