EMDB-52842: Cryo-ET of cryo-FIB milled P. urativorans grown at physiological ...

基本情報

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-52842

• タイトル: Cryo-ET of cryo-FIB milled P. urativorans grown at physiological conditions
• マップデータ: Representative tomogram of cryo-FIB milled P. urativorans grown at physiological conditions

試料

• 細胞: Tomogram of cryo-FIB milled Psychrobacter urativorans grown at physiological conditions

• キーワード: Psychrobacter / physiological / ribosome
• 生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
• 手法: 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
• データ登録者: Kopetschke S / Pfeffer S

資金援助

European Union, 3件

Organization	Grant number	国
European Research Council (ERC)		European Union
Other private
Other private

• 引用: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025; タイトル: Structurally heterogeneous ribosomes cooperate in protein synthesis in bacterial cells.; 著者: Karla Helena-Bueno / Sophie Kopetschke / Sebastian Filbeck / Lewis I Chan / Sonia Birsan / Arnaud Baslé / Maisie Hudson / Stefan Pfeffer / Chris H Hill / Sergey V Melnikov / ; 要旨: Ribosome heterogeneity is a paradigm in biology, pertaining to the existence of structurally distinct populations of ribosomes within a single organism or cell. This concept suggests that structurally distinct pools of ribosomes have different functional properties and may be used to translate specific mRNAs. However, it is unknown to what extent structural heterogeneity reflects genuine functional specialization rather than stochastic variations in ribosome assembly. Here, we address this question by combining cryo-electron microscopy and tomography to observe individual structurally heterogeneous ribosomes in bacterial cells. We show that 70% of ribosomes in Psychrobacter urativorans contain a second copy of the ribosomal protein bS20 at a previously unknown binding site on the large ribosomal subunit. We then determine that this second bS20 copy appears to be functionally neutral. This demonstrates that ribosome heterogeneity does not necessarily lead to functional specialization, even when it involves significant variations such as the presence or absence of a ribosomal protein. Instead, we show that heterogeneous ribosomes can cooperate in general protein synthesis rather than specialize in translating discrete populations of mRNA.

履歴

登録	2025年2月17日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年3月26日	-
マップ公開	2025年3月26日	-
更新	2025年4月2日	-
現状	2025年4月2日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

マップ

• ファイル: ダウンロード / ファイル: emd_52842.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
• 注釈: Representative tomogram of cryo-FIB milled P. urativorans grown at physiological conditions
• ボクセルのサイズ: X=Y=Z: 10.356 Å

密度

最小 - 最大	-120.940820000000002 - 63.982235000000003
平均 (標準偏差)	2.0427806 (±5.2811418)

• 対称性: 空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状	Axis order X Y Z Origin 0 0 0 サイズ 1440 1024 450 Spacing 1024 1440 450
セル	A: 10604.544 Å / B: 14912.64 Å / C: 4660.2 Å α=β=γ: 90.0 °

添付データ

試料の構成要素

全体 : Tomogram of cryo-FIB milled Psychrobacter urativorans grown at ph...

• 全体: 名称: Tomogram of cryo-FIB milled Psychrobacter urativorans grown at physiological conditions

要素

• 細胞: Tomogram of cryo-FIB milled Psychrobacter urativorans grown at physiological conditions

超分子 #1: Tomogram of cryo-FIB milled Psychrobacter urativorans grown at ph...

• 超分子: 名称: Tomogram of cryo-FIB milled Psychrobacter urativorans grown at physiological conditions; タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
• 由来(天然): 生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)

実験情報

構造解析

• 手法: クライオ電子顕微鏡法
• 解析: 電子線トモグラフィー法
• 試料の集合状態: cell

試料調製

• 緩衝液: pH: 7
• 凍結: 凍結剤: ETHANE
• 切片作成: 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 13 / 集束イオンビーム - 電流: 0.01 / 集束イオンビーム - 時間: 600 / 集束イオンビーム - 温度: 92 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 2000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 140 ; 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FEI Aquilos2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

電子顕微鏡法

• 顕微鏡: TFS KRIOS
• 撮影: フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k); 平均電子線量: 3.6 e/Ų
• 電子線: 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
• 電子光学系: 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
• 実験機器: モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

画像解析

• 最終 再構成: アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 34