[日本語] English
万見
- EMDB-52203: Cryo-EM structure of CD36 protein complex with Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52203
タイトルCryo-EM structure of CD36 protein complex with Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Extracellular domain of CD36; Fab of PLT012
キーワードCD36 / Fab / fatty acid uptake / TRANSPORT PROTEIN
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Nazarov S / Yu YR
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2025
タイトル: PLT012, a Humanized CD36-Blocking Antibody, Is Effective for Unleashing Antitumor Immunity Against Liver Cancer and Liver Metastasis.
著者: Sheue-Fen Tzeng / Yi-Ru Yu / Jaeoh Park / Janusz von Renesse / Huey-Wen Hsiao / Chen-Hsuan Hsu / Josep Garnica / Jintian Chen / Lu-Ting Chiu / Jonas Santol / Tse-Yu Chen / Pei-Han Chung / ...著者: Sheue-Fen Tzeng / Yi-Ru Yu / Jaeoh Park / Janusz von Renesse / Huey-Wen Hsiao / Chen-Hsuan Hsu / Josep Garnica / Jintian Chen / Lu-Ting Chiu / Jonas Santol / Tse-Yu Chen / Pei-Han Chung / Lana E Kandalaft / Patrick Starlinger / Rodney Cheng-En Hsieh / Ming-Chin Yu / Pei-Wen Hsiao / Santiago J Carmona / Hung-Kai Chen / Zhen Meng / Yun-Han Lin / Jingying Zhou / Chin-Hsien Tsai / Ping-Chih Ho /
要旨: Despite the success of cancer immunotherapies, like immune checkpoint inhibitors, many patients still fail to demonstrate significant responses because of metabolic constraints in tumors. PLT012 ...Despite the success of cancer immunotherapies, like immune checkpoint inhibitors, many patients still fail to demonstrate significant responses because of metabolic constraints in tumors. PLT012 rejuvenates antitumor immunity by targeting metabolic pathways to reprogram the immune landscape of liver cancer and liver metastasis, with potential to influence future HCC immunotherapy.
履歴
登録2024年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_52203.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.3331224 - 0.5585012
平均 (標準偏差)0.000021804375 (±0.010778293)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_52203_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Cryo-EM density maps enhanced using EMReady, a three-dimensional...

ファイルemd_52203_additional_1.map
注釈Cryo-EM density maps enhanced using EMReady, a three-dimensional Swin-Conv-UNet-based deep learning framework
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Cryo-EM density maps enhanced using cryoTEN, a three-dimensional...

ファイルemd_52203_additional_2.map
注釈Cryo-EM density maps enhanced using cryoTEN, a three-dimensional U-Net style transformer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_52203_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52203_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Extracellular domain of CD36; Fab of PLT012

全体名称: Extracellular domain of CD36; Fab of PLT012
要素
  • 複合体: Extracellular domain of CD36; Fab of PLT012

-
超分子 #1: Extracellular domain of CD36; Fab of PLT012

超分子名称: Extracellular domain of CD36; Fab of PLT012 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
分子量理論値: 105 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: SPT Labtech self-wicking R1.2/0.8 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 詳細: Chameleon system (SPT Labtech).

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
詳細Cold-FEG fringe-free, AFIS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 37188 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 23023142
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46044
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る