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- EMDB-52200: Extracellular components BamHIJK of the Bacteroides thetaiotaomic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52200
タイトルExtracellular components BamHIJK of the Bacteroides thetaiotaomicron BAM machinery
マップデータunsharpened map
試料
  • 複合体: Extracellular components BamGHIJ of the Bacteroides thetaiotaomicron BAM complex
    • タンパク質・ペプチド: DUF4270 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF6242 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
    • タンパク質・ペプチド: DUF4827 domain-containing protein
  • リガンド: N-TRIDECANOIC ACID
  • リガンド: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
キーワードLipoproteins / Outer membrane protein biogenesis / Beta-barrel assembly machinery / BAM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF6242 / Domain of unknown function (DUF6242) N-terminal domain / Protein of unknown function DUF4827 / Domain of unknown function (DUF4827) / Protein of unknown function DUF4270 / Domain of unknown function (DUF4270) / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF4270 domain-containing protein / DUF4827 domain-containing protein / DUF6242 domain-containing protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Silale A / van den Berg B
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structure of a distinct β-barrel assembly machinery complex in the Bacteroidota.
著者: Augustinas Silale / Mariusz Madej / Katarzyna Mikruta / Andrew M Frey / Adam J Hart / Arnaud Baslé / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Matthias Trost / Robert P Hirt / Bert van den Berg /
要旨: The Gram-negative β-barrel assembly machinery (BAM) complex catalyses the folding and membrane insertion of newly synthesized β-barrel outer membrane proteins. The BAM is structurally conserved, ...The Gram-negative β-barrel assembly machinery (BAM) complex catalyses the folding and membrane insertion of newly synthesized β-barrel outer membrane proteins. The BAM is structurally conserved, but most studies have focused on Gammaproteobacteria. Here, using single-particle cryogenic electron microscopy, quantitative proteomics and functional assays, we show that the BAM complex is distinct within the Bacteroidota. Cryogenic electron microscopy structures of BAM complexes from the human gut symbiont Bacteroides thetaiotaomicron (3.3 Å) and the human oral pathogen Porphyromonas gingivalis (3.2 Å) show similar, seven-component complexes of ~325 kDa. The complexes are mostly extracellular and comprise canonical BamA and BamD; an integral, essential outer membrane protein, BamG, that associates with BamA; and four surface-exposed lipoproteins: BamH-K. Absent from the BAM in Pseudomonadota, BamG-K form a large, extracellular dome that may confer additional functionality to enable the folding and assembly of β-barrel-surface-exposed lipoprotein complexes that are a hallmark of the Bacteroidota. Our findings develop our understanding of fundamental biological processes in an important bacterial phylum.
履歴
登録2024年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52200.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 448 pix.
= 331.52 Å		0.74 Å/pix.
x 448 pix.
= 331.52 Å		0.74 Å/pix.
x 448 pix.
= 331.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0881
最小 - 最大-0.18528089 - 0.3909175
平均 (標準偏差)0.0010868156 (±0.01019823)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 331.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52200_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: sharpened map

ファイルemd_52200_additional_1.map
注釈sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_52200_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_52200_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Extracellular components BamGHIJ of the Bacteroides thetaiotaomic...

全体名称: Extracellular components BamGHIJ of the Bacteroides thetaiotaomicron BAM complex
要素
  • 複合体: Extracellular components BamGHIJ of the Bacteroides thetaiotaomicron BAM complex
    • タンパク質・ペプチド: DUF4270 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF6242 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
    • タンパク質・ペプチド: DUF4827 domain-containing protein
  • リガンド: N-TRIDECANOIC ACID
  • リガンド: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate

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超分子 #1: Extracellular components BamGHIJ of the Bacteroides thetaiotaomic...

超分子名称: Extracellular components BamGHIJ of the Bacteroides thetaiotaomicron BAM complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4, #1-#3
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 153 KDa

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分子 #1: DUF6242 domain-containing protein

分子名称: DUF6242 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 55.108051 KDa
配列文字列: MRIKFLSIIA SFFMVSFVIT SCLDNDNEVN YSPDATIRAF ELDTIGYGVN YKFTIDQVSR LIYNVDSLPV NADTIINSIL IKTLTTASG IVTMKDQNDQ DSIVNINDSI DLTKYVNATE KNNFLVLKVW APNMEVQNEY KVNIRMHTMV PDSLSWGKDP I ANNPVRNT ...文字列:
MRIKFLSIIA SFFMVSFVIT SCLDNDNEVN YSPDATIRAF ELDTIGYGVN YKFTIDQVSR LIYNVDSLPV NADTIINSIL IKTLTTASG IVTMKDQNDQ DSIVNINDSI DLTKYVNATE KNNFLVLKVW APNMEVQNEY KVNIRMHTMV PDSLSWGKDP I ANNPVRNT AEKQKVVTLG DKILLFAQNN EIYSTAIPAG SPTDRLNYGQ KWDKETTGKL PDGADVTSII RFVDKLYLLT KN KEVYNSN DGLTWTKDEV LNSDGVSVTN LITSFSDSDG SNHKKINGIA GIVEINGEKY FSFAEKDVTW EKDIDKLTVV PAE FPINNL SADVYATESG TLNAIVVGNT EDGLDNDTAT VVWASEDGKA WIPMEIPSNN NCPKLVDPSI IHYNDAFYIC GKET KDDAK GFQKFYTSPT LLVWKGVDRM FMLPGILPPV KLEGGVTQHP SLHESSFKGK EVNYTMVVDR NHYIWMVGGQ GIDKI WRGR VNKLGFLIQ

UniProtKB: DUF6242 domain-containing protein

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分子 #2: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidylprolyl isomerase
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 21.884557 KDa
配列文字列: MSKKIYLFSL VLLALAFVSC SETEEVGKYD NWRARNEAFI DSLANVYATA SGRGGLERIE MLTAPGNYIY YKEMEPMTDH VVKAGNPKY TDYVKVYYKG TNILGEYFDG NFKGDNPVVD GKDPSEGDSP TTIFQVSGVI TGWGEVLQRM EVGDRWKVYI P WDYAYGSS ...文字列:
MSKKIYLFSL VLLALAFVSC SETEEVGKYD NWRARNEAFI DSLANVYATA SGRGGLERIE MLTAPGNYIY YKEMEPMTDH VVKAGNPKY TDYVKVYYKG TNILGEYFDG NFKGDNPVVD GKDPSEGDSP TTIFQVSGVI TGWGEVLQRM EVGDRWKVYI P WDYAYGSS GTTGILGYSA LVFDITLLDF ANTEAELK

UniProtKB: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

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分子 #3: DUF4827 domain-containing protein

分子名称: DUF4827 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 24.712709 KDa
配列文字列: MKKLVFLFLS LLAAGGIFQA CDDSKTYAEM LEDEKNAVNK FIKDKGIRII SQDEFEKNDT VTNLERNEYV ALSDGVYMQI VDRGSAENK TDTFANNNEI CVRYIEEDIM TRDTTCFNVF LEEWGDANQL YTNPAVFRYV AEGSYVYGTF IQMDYYWASY Y QSTAVPAG ...文字列:
MKKLVFLFLS LLAAGGIFQA CDDSKTYAEM LEDEKNAVNK FIKDKGIRII SQDEFEKNDT VTNLERNEYV ALSDGVYMQI VDRGSAENK TDTFANNNEI CVRYIEEDIM TRDTTCFNVF LEEWGDANQL YTNPAVFRYV AEGSYVYGTF IQMDYYWASY Y QSTAVPAG WLLALPFVRN YAHVRLIVPS KVGHSSAQQY VNPYYYDIWT FSKALN

UniProtKB: DUF4827 domain-containing protein

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分子 #4: DUF4270 domain-containing protein

分子名称: DUF4270 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 58.264816 KDa
配列文字列: CDDNTGGLGL GMFPGNDQNI KGKLSTFDVT TESVKTGDIY AKTNIGYIGK FTDETFGTYQ AGFLAQLNCP DGLTFPEPYK EVTDASGNV ISATGRMVVD DKDPENKDVT FIKDGNQIIG NIRAVELYLW YDSYFGDSLT ACRLSVYELG GNGKETLNLD N AYYTDINP ...文字列:
CDDNTGGLGL GMFPGNDQNI KGKLSTFDVT TESVKTGDIY AKTNIGYIGK FTDETFGTYQ AGFLAQLNCP DGLTFPEPYK EVTDASGNV ISATGRMVVD DKDPENKDVT FIKDGNQIIG NIRAVELYLW YDSYFGDSLT ACRLSVYELG GNGKETLNLD N AYYTDINP EDFYDSQNIL GTKAYTAVDL SVKDSIRNLS TYVPSVHIAF KEDIATRVGG NILTAARKAK NADKEFNSQL FR EAFQGIY VKSDYGDGTV LYIDQPQMNV VYKCYATDSI TGKKLQKKDG SGKDSTYYSY RVFATTREVI QANQLKNDPE RID ALIKED KNTYLKSPAG IFTEATLPIS DIQNELTGDT LNAVKLTFTN YNQTGDKKFG MAIPSTVMLV RKKFQDSFFK DNKL SDGVS SYLTSHTSST NQYVFSNITK LVNACIAEKE EAKKNAGSSW DETKWLQENP DWNKVVLIPV LVTYDSSNTT TGQAN IIRI QHDLKPGYVR LKGGSLGKTN PDYKLKLEVI STDFGLTTKS N

UniProtKB: DUF4270 domain-containing protein

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分子 #5: N-TRIDECANOIC ACID

分子名称: N-TRIDECANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: TDA
分子量理論値: 214.344 Da
Chemical component information

ChemComp-TDA:
N-TRIDECANOIC ACID

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分子 #6: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate

分子名称: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: Z41
分子量理論値: 568.911 Da
Chemical component information

ChemComp-Z41:
(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMHEPESHEPES
0.04 %DDMdodecyl maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13558 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2266553
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48834
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Non-uniform refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7-f1

chain_id: I, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

2-f1

chain_id: J, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

9-f1

chain_id: H, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

0-f1

chain_id: G, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
詳細AlphaFold2 models were docked using Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 58
得られたモデル

PDB-9his:
Extracellular components BamHIJK of the Bacteroides thetaiotaomicron BAM machinery

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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