[日本語] English
万見
- EMDB-5215: Anthrax toxin PA63 in complex with 1G3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5215
タイトルAnthrax toxin PA63 in complex with 1G3
マップデータAnthrax toxin component PA63 in complex with neutralizing antibody 1G3
試料
  • 試料: Anthrax toxin component PA63 in complex with 1G3
  • タンパク質・ペプチド: toxin
キーワードanthrax toxin protective antigen neutralizing antibody
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Radjainia M / Hyun J / Leysath CE / Leppla SH / Mitra AK
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Anthrax toxin-neutralizing antibody reconfigures the protective antigen heptamer into a supercomplex.
著者: Mazdak Radjainia / Jae-Kyung Hyun / Clinton E Leysath / Stephen H Leppla / Alok K Mitra /
要旨: The tripartite protein exotoxin secreted by Bacillus anthracis, a major contributor to its virulence and anthrax pathogenesis, consists of binary complexes of the protective antigen (PA) heptamer ...The tripartite protein exotoxin secreted by Bacillus anthracis, a major contributor to its virulence and anthrax pathogenesis, consists of binary complexes of the protective antigen (PA) heptamer (PA63h), produced by proteolytic cleavage of PA, together with either lethal factor or edema factor. The mouse monoclonal anti-PA antibody 1G3 was previously shown to be a potent antidote that shares F(C) domain dependency with the human monoclonal antibody MDX-1303 currently under clinical development. Here we demonstrate that 1G3 instigates severe perturbation of the PA63h structure and creates a PA supercomplex as visualized by electron microscopy. This phenotype, produced by the unconventional mode of antibody action, highlights the feasibility for optimization of vaccines based on analogous structural modification of PA63h as an additional strategy for future remedies against anthrax.
履歴
登録2010年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年7月28日-
マップ公開2010年8月12日-
更新2010年11月2日-
現状2010年11月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0416
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0416
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5215_1.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5215.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Anthrax toxin component PA63 in complex with neutralizing antibody 1G3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5 Å/pix.
x 80 pix.
= 400. Å		5 Å/pix.
x 80 pix.
= 400. Å		5 Å/pix.
x 80 pix.
= 400. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0416 / ムービー #1: 0.0416
最小 - 最大-0.207713 - 0.187278
平均 (標準偏差)-0.0000258488 (±0.014702)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 400 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z555
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.000400.000400.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-99-99-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.2080.187-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Anthrax toxin component PA63 in complex with 1G3

全体名称: Anthrax toxin component PA63 in complex with 1G3
要素
  • 試料: Anthrax toxin component PA63 in complex with 1G3
  • タンパク質・ペプチド: toxin

-
超分子 #1000: Anthrax toxin component PA63 in complex with 1G3

超分子名称: Anthrax toxin component PA63 in complex with 1G3 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 1.1 MDa / 手法: Size-exclusion chromatography

-
分子 #1: toxin

分子名称: toxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: protective antigen / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) / 別称: bacillus anthracis
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 9 / 詳細: 150mM NaCl, 50mM CHES
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Holey grids with samples negatively stained across holes with 1% uranyl acetate
グリッド詳細: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 97000 times magnification
日付2008年9月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 13 µm / 実像数: 40 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダー: single-tilt / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 45

-
画像解析

詳細The particles were manually selected.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP / 使用した粒子像数: 3459
最終 2次元分類クラス数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る