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万見
- EMDB-52145: HSV-1 Origin Binding Protein in complex with double-stranded DNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52145
タイトルHSV-1 Origin Binding Protein in complex with double-stranded DNA recognition sequence OriS and non-hydrolyzable ATP analog
マップデータ
試料
  • 複合体: HSV-1 Origin Binding Protein in complex with double-stranded DNA recognition sequence OriS and non-hydrolyzable ATP analog
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3')
  • タンパク質・ペプチド: Replication origin-binding protein
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードDNA / Helicase / Complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication origin binding / helicase activity / DNA replication / host cell nucleus / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Replication origin-binding protein / Origin of replication binding protein / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication origin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Gustavsson E / Grunewald K / Elias P / Hallberg BM
資金援助 スウェーデン, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2017-06702 スウェーデン
German Research Foundation (DFG)152/772-1|152/774-1|152/775-1|152/776-1|152/777-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: The Herpes simplex Origin Binding Protein: Mechanisms for sequence specific DNA binding and dimerization revealed by Cryo-EM
著者: Gustavsson E / Grunewald K / Elias P / Hallberg BM
履歴
登録2024年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52145.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 432 pix.
= 367.2 Å		0.85 Å/pix.
x 432 pix.
= 367.2 Å		0.85 Å/pix.
x 432 pix.
= 367.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.22729097 - 0.50776386
平均 (標準偏差)0.0002955744 (±0.009987751)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 367.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52145_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_52145_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52145_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52145_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HSV-1 Origin Binding Protein in complex with double-stranded DNA ...

全体名称: HSV-1 Origin Binding Protein in complex with double-stranded DNA recognition sequence OriS and non-hydrolyzable ATP analog
要素
  • 複合体: HSV-1 Origin Binding Protein in complex with double-stranded DNA recognition sequence OriS and non-hydrolyzable ATP analog
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3')
  • タンパク質・ペプチド: Replication origin-binding protein
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: HSV-1 Origin Binding Protein in complex with double-stranded DNA ...

超分子名称: HSV-1 Origin Binding Protein in complex with double-stranded DNA recognition sequence OriS and non-hydrolyzable ATP analog
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: Replication origin-binding protein

分子名称: Replication origin-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 94.887219 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MWSHPQFEKS AMPFVGGAES GDPLGAGRPI GDDECEQYTS SVSLARMLYG GDLAEWVPRV HPKTTIERQQ HGPVTFPNAS APTARCVTV VRAPMGSGKT TALIRWLREA IHSPDTSVLV VSCRRSFTQT LATRFAESGL VDFVTYFSST NYIMNDRPFH R LIVQVESL ...文字列:
MWSHPQFEKS AMPFVGGAES GDPLGAGRPI GDDECEQYTS SVSLARMLYG GDLAEWVPRV HPKTTIERQQ HGPVTFPNAS APTARCVTV VRAPMGSGKT TALIRWLREA IHSPDTSVLV VSCRRSFTQT LATRFAESGL VDFVTYFSST NYIMNDRPFH R LIVQVESL HRVGPNLLNN YDVLVLDEVM STLGQLYSPT MQQLGRVDAL MLRLLRTCPR IIAMDATANA QLVDFLCGLR GE KNVHVVV GEYAMPGFSA RRCLFLPRLG TELLQAALRP PGPPSGPSPD ASPDARGATF FGELEARLGG GDNICIFSST VSF AEIVAR FCRQFTDRVL LLHSLTPLGD VTTWGQYRVV IYTTVVTVGL SFDPLHFDGM FAYVKPMNYG PDMVSVYQSL GRVR TLRKG ELLIYMDGSG ARSEPVFTPM LLNHVVSSCG QWPAQFSQVT NLLCRRFKGR CDASACDTSL GRGSRIYNKF RYKHY FERC TLACLSDSLN ILHMLLTLNC IRVRFWGHDD TLTPKDFCLF LRGVHFDALR AQRDLRELRC RDPEASLPAQ AAETEE VGL FVEKYLRSDV APAEIVALMR NLNSLMGRTR FIYLALLEAC LRVPMATRSS AIFRRIYDHY ATGVIPTINV TGELELV AL PPTLNVTPVW ELLCLCSTMA ARLHWDSAAG GSGRTFGPDD VLDLLTPHYD RYMQLVFELG HCNVTDGLLL SEEAVKRV A DALSGCPPRG SVSETDHAVA LFKIIWGELF GVQMAKSTQT FPGAGRVKNL TKQTIVGLLD AHHIDHSACR THRQLYALL MAHKREFAGA RFKLRVPAWG RCLRTHSSSA NPNADIILEA ALSELPTEAW PMMQ

UniProtKB: Replication origin-binding protein

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分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*CP*GP*AP...

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.55368 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DG) ...文字列:
(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC) (DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT) (DT)(DT)(DT)

GENBANK: GENBANK: OR428170.1

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分子 #3: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*CP...

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.785898 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA) (DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA) (DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DC) (DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG)(DC)(DC)

GENBANK: GENBANK: OR428170.1

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分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
2.0 mMC4H10O2S2DTT
5.0 vol%C3H8O3Glycerol

詳細: 20mM HEPES pH7.8, 150mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM DTT, 5vol% Glycerol
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 226401
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9hgi


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9hgj:
HSV-1 Origin Binding Protein in complex with double-stranded DNA recognition sequence OriS and non-hydrolyzable ATP analog

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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