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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5213 | |||||||||
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タイトル | Molecular architecture of the yeast TRAPPII tethering complex - form1 | |||||||||
![]() | This is an image of a surface rendered top-view of the yeast TRAPPII complex | |||||||||
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![]() | tethering complex / guanine nucleotide exchange factor | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 32.0 Å | |||||||||
![]() | Yip CK / Berscheminski J / Walz T | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular architecture of the TRAPPII complex and implications for vesicle tethering. 著者: Calvin K Yip / Julia Berscheminski / Thomas Walz / ![]() 要旨: Multisubunit tethering complexes participate in the process of vesicle tethering--the initial interaction between transport vesicles and their acceptor compartments. TRAPPII (named for transport ...Multisubunit tethering complexes participate in the process of vesicle tethering--the initial interaction between transport vesicles and their acceptor compartments. TRAPPII (named for transport protein particle II) is a highly conserved tethering complex that functions in the late Golgi apparatus and consists of all of the subunits of TRAPPI and three additional, specific subunits. We have purified native yeast TRAPPII and characterized its structure and subunit organization by single-particle EM. Our data show that the nine TRAPPII components form a core complex that dimerizes into a three-layered, diamond-shaped structure. The TRAPPI subunits assemble into TRAPPI complexes that form the outer layers. The three TRAPPII-specific subunits cap the ends of TRAPPI and form the middle layer, which is responsible for dimerization. TRAPPII binds the Ypt1 GTPase and probably uses the TRAPPI catalytic core to promote guanine nucleotide exchange. We discuss the implications of the structure of TRAPPII for coat interaction and TRAPPII-associated human pathologies. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 130.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | This is an image of a surface rendered top-view of the yeast TRAPPII complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Yeast TRAPPII complex
+超分子 #1000: Yeast TRAPPII complex
+分子 #1: Bet3
+分子 #2: Bet5
+分子 #3: Trs20
+分子 #4: Trs23
+分子 #5: Trs31
+分子 #6: Trs33
+分子 #7: Kre11
+分子 #8: Trs120
+分子 #9: Trs130
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.005 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 10mM Tris-HCl 8.0, 150mM NaCl, 1mM Mg Acetate, 1mM imidazole, 20mM EGTA, 2mM beta-mercaptoethanol, 0.1% CHAPS |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Protein solution was adsorbed onto grids for 60 seconds before staining with 0.75% uranyl formate |
グリッド | 詳細: 400 mesh Quantifoil R1.2/1.3 overlaid with thin carbon |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER / 手法: Manual plunging into liquid nitrogen |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 100 K |
詳細 | Low dose imaging, same specimen area imaged twice |
日付 | 2009年9月4日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 21 µm / 実像数: 208 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 51159 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.4 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder.This holder operates in the temperature range from -175 C to ambient, and gives a resolution of at least 0.34 nm 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 45 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | The particles were selected manually. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: Final map was filtered to 32 Angstroms / 使用した粒子像数: 1993 |
最終 2次元分類 | クラス数: 2 |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body. The full TRAPPI model was generated based on the two pdb entries listed and a third pdb file 3CUE. This model was manually docked into density map and further refined using Chimera. | ||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |