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- EMDB-5210: The structure of the recombinant alphavirus, Western equine encep... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5210
タイトルThe structure of the recombinant alphavirus, Western equine encephalitis virus, revealed by cryoelectron microscopy
マップデータThis is a 3D map of Western equine encephalitis virus
試料
  • 試料: Western equine encephalitis virus
  • ウイルス: Western equine encephalomyelitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
キーワードalphavirus / cryoEM / structure / 3D reconstruction
生物種Western equine encephalomyelitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Sherman MB / Weaver SC
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: Structure of the recombinant alphavirus Western equine encephalitis virus revealed by cryoelectron microscopy.
著者: Michael B Sherman / Scott C Weaver /
要旨: Western equine encephalitis virus (WEEV; Togaviridae, Alphavirus) is an enveloped RNA virus that is typically transmitted to vertebrate hosts by infected mosquitoes. WEEV is an important cause of ...Western equine encephalitis virus (WEEV; Togaviridae, Alphavirus) is an enveloped RNA virus that is typically transmitted to vertebrate hosts by infected mosquitoes. WEEV is an important cause of viral encephalitis in humans and horses in the Americas, and infection results in a range of disease, from mild flu-like illnesses to encephalitis, coma, and death. In addition to spreading via mosquito vectors, human WEEV infections can potentially occur directly via aerosol transmission. Due to its aerosol infectivity and virulence, WEEV is thus classified as a biological safety level 3 (BSL-3) agent. Because of its highly infectious nature and containment requirements, it has not been possible to investigate WEEV's structure or assembly mechanism using standard structural biology techniques. Thus, to image WEEV and other BSL-3 agents, we have constructed a first-of-its-kind BSL-3 cryoelectron microscopy (cryoEM) containment facility. cryoEM images of WEEV were used to determine the first three-dimensional structure of this important human pathogen. The overall organization of WEEV is similar to those of other alphaviruses, consistent with the high sequence similarity among alphavirus structural proteins. Surprisingly, the nucleocapsid of WEEV, a New World virus, is more similar to the Old World alphavirus Sindbis virus than to other New World alphaviruses.
履歴
登録2010年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年7月16日-
マップ公開2010年9月9日-
更新2012年4月2日-
現状2012年4月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 80
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 80
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5210_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 175.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 3D map of Western equine encephalitis virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.3 Å/pix.
x 361 pix.
= 830.3 Å		2.3 Å/pix.
x 361 pix.
= 830.3 Å		2.3 Å/pix.
x 361 pix.
= 830.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 80.0 / ムービー #1: 80
最小 - 最大-298.084136960000023 - 340.75912476000002
平均 (標準偏差)9.37805367 (±57.561008450000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-180-180-180
サイズ361361361
Spacing361361361
セルA=B=C: 830.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.32.32.3
M x/y/z361361361
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z830.300830.300830.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-99-99-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-180-180-180
NC/NR/NS361361361
D min/max/mean-298.084340.7599.378

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Western equine encephalitis virus

全体名称: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
要素
  • 試料: Western equine encephalitis virus
  • ウイルス: Western equine encephalomyelitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)

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超分子 #1000: Western equine encephalitis virus

超分子名称: Western equine encephalitis virus / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 80 trimers of E1-E2 glycoproteins, 240 copies of capsid protein, vRNA
Number unique components: 4

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超分子 #1: Western equine encephalomyelitis virus

超分子名称: Western equine encephalomyelitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: WEEV / NCBI-ID: 11039 / 生物種: Western equine encephalomyelitis virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: WEEV
宿主生物種: Equus caballus (ウマ) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 52 MDa / 理論値: 52 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製 #1

Preparation ID1
緩衝液pH: 7.4
詳細: TEN buffer: 0.05 M Tris-HCl, pH 7.4, 0.1 M NaCl, 0.001 M EDTA
グリッド詳細: R2/2 Quantifoil grids, C-flat grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual plunger / 手法: Blot for 2s

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試料調製 #2

Preparation ID2
緩衝液pH: 7.4
詳細: TEN buffer: 0.05 M Tris-HCl, pH 7.4, 0.1 M NaCl, 0.001 M EDTA
グリッド詳細: R2/2 Quantifoil grids, C-flat grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual plunger / 手法: Blot for 2s

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 89 K / 最高: 95 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: 300,000x magnification / Legacy - Electron beam tilt params: 0
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2007年11月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 2.1 µm / 実像数: 49 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 0.9 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 51200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.85 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric, side entry Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PIF / 使用した粒子像数: 4586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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