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- EMDB-52074: Structure of the Xenorceptide A2-bound E. coli BAM complex (BamABCDE) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52074
タイトルStructure of the Xenorceptide A2-bound E. coli BAM complex (BamABCDE)
マップデータ
試料
  • 複合体: BAM complex
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
    • タンパク質・ペプチド: RSAM-modified RiPP, XyeA family
キーワードBeta-Barrel / outer membrane / protein insertion / protein folding / protein maturation / antibiotic / natural product / cyclized peptide / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Putative rSAM-modified RiPP, XyeA family / Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like ...Putative rSAM-modified RiPP, XyeA family / Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane protein assembly factor BamE domain / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RSAM-modified RiPP, XyeA family / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Jakob RP / Modaresi SM / Maier T / Hiller S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Antibiotics that Kill Gram-negative Bacteria by Restructuring the Outer Membrane Protein BamA
著者: Modaresi SM / Sugiyama R / Tram NDT / Jakob RP / Phan CS / Saei AA / Morishita Y / Muhlethaler T / Lim J / Ritz D / Long PSY / Lehner PA / Lim ZH / Degen M / Yao Z / Maier T / Hou Y / Lee JY ...著者: Modaresi SM / Sugiyama R / Tram NDT / Jakob RP / Phan CS / Saei AA / Morishita Y / Muhlethaler T / Lim J / Ritz D / Long PSY / Lehner PA / Lim ZH / Degen M / Yao Z / Maier T / Hou Y / Lee JY / Xu J / Yeat AYJ / Koh KTS / Goh WY / Ling SYH / Chua PWL / Yamazaki M / Ee PLR / Hiller S / Morinaka BI
履歴
登録2024年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.76 Å/pix.
x 384 pix.
= 291.456 Å		0.76 Å/pix.
x 384 pix.
= 291.456 Å		0.76 Å/pix.
x 384 pix.
= 291.456 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.759 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085
最小 - 最大-0.34186864 - 0.5390819
平均 (標準偏差)-0.0003386251 (±0.009822037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 291.456 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52074_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52074_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BAM complex

全体名称: BAM complex
要素
  • 複合体: BAM complex
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
    • タンパク質・ペプチド: RSAM-modified RiPP, XyeA family

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超分子 #1: BAM complex

超分子名称: BAM complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: five subunits: BamA, BamB, BamC, BamD, BamE
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: Outer membrane protein assembly factor BamA

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 90.643383 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAMKKLLIAS LLFSSATVYG AEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFATG NFEDVRVLRD GDTLLVQVK ERPTIASITF SGNKSVKDDM LKQNLEASGV RVGESLDRTT IADIEKGLED FYYSVGKYSA SVKAVVTPLP R NRVDLKLV ...文字列:
MAMKKLLIAS LLFSSATVYG AEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFATG NFEDVRVLRD GDTLLVQVK ERPTIASITF SGNKSVKDDM LKQNLEASGV RVGESLDRTT IADIEKGLED FYYSVGKYSA SVKAVVTPLP R NRVDLKLV FQEGVSAEIQ QINIVGNHAF TTDELISHFQ LRDEVPWWNV VGDRKYQKQK LAGDLETLRS YYLDRGYARF NI DSTQVSL TPDKKGIYVT VNITEGDQYK LSGVEVSGNL AGHSAEIEQL TKIEPGELYN GTKVTKMEDD IKKLLGRYGY AYP RVQSMP EINDADKTVK LRVNVDAGNR FYVRKIRFEG NDTSKDAVLR REMRQMEGAW LGSDLVDQGK ERLNRLGFFE TVDT DTQRV PGSPDQVDVV YKVKERNTGS FNFGIGYGTE SGVSFQAGVQ QDNWLGTGYA VGINGTKNDY QTYAELSVTN PYFTV DGVS LGGRLFYNDF QADDADLSDY TNKSYGTDVT LGFPINEYNS LRAGLGYVHN SLSNMQPQVA MWRYLYSMGE HPSTSD QDN SFKTDDFTFN YGWTYNKLDR GYFPTDGSRV NLTGKVTIPG SDNEYYKVTL DTATYVPIDD DHKWVVLGRT RWGYGDG LG GKEMPFYENF YAGGSSTVRG FQSNTIGPKA VYFPHQASNY DPDYDYECAT QDGAKDLCKS DDAVGGNAMA VASLEFIT P TPFISDKYAN SVRTSFFWDM GTVWDTNWDS SQYSGYPDYS DPSNIRMSAG IALQWMSPLG PLVFSYAQPF KKYDGDKAE QFQFNIGKTW

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamA

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分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamB

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 42.961086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MQLRKLLLPG LLSVTLLSGC SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALADN VVYAADRAGL VKALNADDG KEIWSVSLAE KDGWFSKEPA LLSGGVTVSG GHVYIGSEKA QVYALNTSDG TVAWQTKVAG EALSRPVVSD G LVLIHTSN ...文字列:
MQLRKLLLPG LLSVTLLSGC SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALADN VVYAADRAGL VKALNADDG KEIWSVSLAE KDGWFSKEPA LLSGGVTVSG GHVYIGSEKA QVYALNTSDG TVAWQTKVAG EALSRPVVSD G LVLIHTSN GQLQALNEAD GAVKWTVNLD MPSLSLRGES APTTAFGAAV VGGDNGRVSA VLMEQGQMIW QQRISQATGS TE IDRLSDV DTTPVVVNGV VFALAYNGNL TALDLRSGQI MWKRELGSVN DFIVDGNRIY LVDQNDRVMA LTIDGGVTLW TQS DLLHRL LTSPVLYNGN LVVGDSEGYL HWINVEDGRF VAQQKVDSSG FQTEPVAADG KLLIQAKDGT VYSITRWSHP QFEK

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamB

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分子 #3: Outer membrane protein assembly factor BamC

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 36.875277 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAYSVQKSRL AKVAGVSLVL LLAACSSDSR YKRQVSGDEA YLEAAPLAEL HAPAGMILPV TSGDYAIPVT NGSGAVGKAL DIRPPAQPL ALVSGARTQF TGDTASLLVE NGRGNTLWPQ VVSVLQAKNY TITQRDDAGQ TLTTDWVQWN RLDEDEQYRG R YQISVKPQ ...文字列:
MAYSVQKSRL AKVAGVSLVL LLAACSSDSR YKRQVSGDEA YLEAAPLAEL HAPAGMILPV TSGDYAIPVT NGSGAVGKAL DIRPPAQPL ALVSGARTQF TGDTASLLVE NGRGNTLWPQ VVSVLQAKNY TITQRDDAGQ TLTTDWVQWN RLDEDEQYRG R YQISVKPQ GYQQAVTVKL LNLEQAGKPV ADAASMQRYS TEMMNVISAG LDKSATDAAN AAQNRASTTM DVQSAADDTG LP MLVVRGP FNVVWQRLPA ALEKVGMKVT DSTRSQGNMA VTYKPLSDSD WQELGASDPG LASGDYKLQV GDLDNRSSLQ FID PKGHTL TQSQNDALVA VFQAAFSK

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamC

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分子 #4: Outer membrane protein assembly factor BamD

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 27.85835 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTRMKYLVAA ATLSLFLAGC SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQQ VQLDLIYAYY KNADLPLAQ AAIDRFIRLN PTHPNIDYVM YMRGLTNMAL DDSALQGFFG VDRSDRDPQH ARAAFSDFSK LVRGYPNSQY T TDATKRLV ...文字列:
MTRMKYLVAA ATLSLFLAGC SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQQ VQLDLIYAYY KNADLPLAQ AAIDRFIRLN PTHPNIDYVM YMRGLTNMAL DDSALQGFFG VDRSDRDPQH ARAAFSDFSK LVRGYPNSQY T TDATKRLV FLKDRLAKYE YSVAEYYTER GAWVAVVNRV EGMLRDYPDT QATRDALPLM ENAYRQMQMN AQAEKVAKII AA NSSNT

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamD

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分子 #5: Outer membrane protein assembly factor BamE

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.382195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MRCKTLTAAA AVLLMLTAGC STLERVVYRP DINQGNYLTA NDVSKIRVGM TQQQVAYALG TPLMSDPFGT NTWFYVFRQQ PGHEGVTQQ TLTLTFNSSG VLTNIDNKPA LSGNKLHHHH HH

UniProtKB: Outer membrane protein assembly factor BamE

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分子 #6: RSAM-modified RiPP, XyeA family

分子名称: RSAM-modified RiPP, XyeA family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.500701 KDa
配列文字列:
WVNAFARWSK SF

UniProtKB: RSAM-modified RiPP, XyeA family

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 25 mM NaPi, 100 mM NaCl, pH 7.0
グリッドモデル: Quantifoil Active R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3.5uL sample, blot time 3sec, Blotforce 1, Blot total 1,.
詳細MSP1D1 nanodiscs with DMPC 14:0 lipids

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7nri

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 93541
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9he1:
Structure of the Xenorceptide A2-bound E. coli BAM complex (BamABCDE)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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