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万見
- EMDB-52073: Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52073
タイトルHuman LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with EN domain resolved
マップデータLINE-1 ORF2p TPRT Complex EN Resolved Sharpened Map
試料
  • 複合体: Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with EN domain resolved
    • 複合体: ORF2p
      • タンパク質・ペプチド: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
    • 複合体: Target DNA
      • DNA: Target DNA strand 1
      • DNA: Target DNA strand 2
      • DNA: Target DNA strand 3
      • DNA: Target DNA strand 4
    • RNA: Template P(A)30 RNA
    • DNA: Unassigned Nucleic Acid
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードLINE-1 / L1 / ORF2p / Reverse transcriptase / endonuclease / DNA / RNA / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid metabolic process / retrotransposition / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring ...nucleic acid metabolic process / retrotransposition / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / type II site-specific deoxyribonuclease activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / RNA-directed DNA polymerase activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / condensed nuclear chromosome / cell chemotaxis / RNA-directed DNA polymerase / protein tag activity / telomerase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA recombination / periplasmic space / DNA damage response / RNA binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein ...Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ghanim GE / Hu H / Nguyen THD
資金援助 英国, 米国, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/19 英国
Jane Coffin Childs (JCC) Fund 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Structural mechanism of LINE-1 target-primed reverse transcription.
著者: George E Ghanim / Hongmiao Hu / Jerome Boulanger / Thi Hoang Duong Nguyen /
要旨: Long interspersed element-1 (LINE-1) retrotransposons are the only active autonomous transposable elements in humans. They propagate by reverse transcribing their messenger RNA into new genomic ...Long interspersed element-1 (LINE-1) retrotransposons are the only active autonomous transposable elements in humans. They propagate by reverse transcribing their messenger RNA into new genomic locations by a process called target-primed reverse transcription (TPRT). In this work, we present four cryo-electron microscopy structures of the human LINE-1 TPRT complex, revealing the conformational dynamics of open reading frame 2 protein (ORF2p) and its extensive remodeling of the target DNA for TPRT initiation. We observe nicking of the DNA second strand during reverse transcription of the first strand. Structure prediction identifies high-confidence binding sites for LINE-1-associated factors-namely proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and cytoplasmic poly(A)-binding protein 1 (PABPC1)-on ORF2p. Together with our structural data, this suggests a mechanism by which these factors regulate retrotransposition and supports a model for TPRT that accounts for retrotransposition outcomes observed in cells.
履歴
登録2024年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52073.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈LINE-1 ORF2p TPRT Complex EN Resolved Sharpened Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 267.4 Å		0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 267.4 Å		0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 267.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.955 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0055
最小 - 最大-0.023121584 - 0.044023164
平均 (標準偏差)0.00003786686 (±0.0011610179)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 267.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52073_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: LINE-1 ORF2p TPRT Complex EN Resolved Map

ファイルemd_52073_additional_1.map
注釈LINE-1 ORF2p TPRT Complex EN Resolved Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: LINE-1 ORF2p TPRT Complex EN Resolved half-map 1

ファイルemd_52073_half_map_1.map
注釈LINE-1 ORF2p TPRT Complex EN Resolved half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: LINE-1 ORF2p TPRT Complex EN Resolved half-map 2

ファイルemd_52073_half_map_2.map
注釈LINE-1 ORF2p TPRT Complex EN Resolved half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex wi...

全体名称: Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with EN domain resolved
要素
  • 複合体: Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with EN domain resolved
    • 複合体: ORF2p
      • タンパク質・ペプチド: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
    • 複合体: Target DNA
      • DNA: Target DNA strand 1
      • DNA: Target DNA strand 2
      • DNA: Target DNA strand 3
      • DNA: Target DNA strand 4
    • RNA: Template P(A)30 RNA
    • DNA: Unassigned Nucleic Acid
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex wi...

超分子名称: Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with EN domain resolved
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: The human LINE-1 retrotransposon mobilizes using the encoded ORF2p protein by a mechanism called target-primed reverse transcription.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52 KDa

+
超分子 #2: ORF2p

超分子名称: ORF2p / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: LINE-1 ORF2p protein
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Target DNA

超分子名称: Target DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3, #5-#6
詳細: Target DNA idealized from a de novo LINE-1 insertion into the FVIII gene
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein

分子名称: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 206.717625 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVHHHHHHHH GGSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKGGSEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV EHPDKLEEK FPQVAATGDG PDIIFWAHDR FGGYAQSGLL AEITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEALSLI Y NKDLLPNP ...文字列:
MVHHHHHHHH GGSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKGGSEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV EHPDKLEEK FPQVAATGDG PDIIFWAHDR FGGYAQSGLL AEITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEALSLI Y NKDLLPNP PKTWEEIPAL DKELKAKGKS ALMFNLQEPY FTWPLIAADG GYAFKYENGK YDIKDVGVDN AGAKAGLTFL VD LIKNKHM NADTDYSIAE AAFNKGETAM TINGPWAWSN IDTSKVNYGV TVLPTFKGQP SKPFVGVLSA GINAASPNKE LAK EFLENY LLTDEGLEAV NKDKPLGAVA LKSYEEELVK DPRIAATMEN AQKGEIMPNI PQMSAFWYAV RTAVINAASG RQTV DEALK DAQTNSSSNN NNNNNNNNLG SDSEVNQEAK PEVKPEVKPE THINLKVSDG SSEIFFKIKK TTPLRRLMEA FAKRQ GKEM DSLTFLYDGI EIQADQTPED LDMEDNDIIE AHREQIGGMT GSTSHITILT LNINGLNSAI KRHRLASWIK SQDPSV CCI QETHLTCRDT HRLKIKGWRK IYQANGKQKK AGVAILVSDK TDFKPTKIKR DKEGHYIMVK GSIQQEELTI LNIYAPN TG APRFIKQVLS DLQRDLDSHT LIMGDFNTPL STLDRSTRQK VNKDTQELNS ALHQADLIDI YRTLHPKSTE YTFFSAPH H TYSKIDHIVG SKALLSKCKR TEIITNYLSD HSAIKLELRI KNLTQSRSTT WKLNNLLLND YWVHNEMKAE IKMFFETNE NKDTTYQNLW DAFKAVCRGK FIALNAYKRK QERSKIDTLT SQLKELEKQE QTHSKASRRQ EITKIRAELK EIETQKTLQK INESRSWFF ERINKIDRPL ARLIKKKREK NQIDTIKNDK GDITTDPTEI QTTIREYYKH LYANKLENLE EMDTFLDTYT L PRLNQEEV ESLNRPITGS EIVAIINSLP TKKSPGPDGF TAEFYQRYKE ELVPFLLKLF QSIEKEGILP NSFYEASIIL IP KPGRDTT KKENFRPISL MNIDAKILNK ILANRIQQHI KKLIHHDQVG FIPGMQGWFN IRKSINVIQH INRAKDKNHM IIS IDAEKA FDKIQQPFML KTLNKLGIDG TYFKIIRAIY DKPTANIILN GQKLEAFPLK TGTRQGCPLS PLLFNIVLEV LARA IRQEK EIKGIQLGKE EVKLSLFADD MIVYLENPIV SAQNLLKLIS NFSKVSGYKI NVQKSQAFLY TNNRQTESQI MGELP FTIA SKRIKYLGIQ LTRDVKDLFK ENYKPLLKEI KEETNKWKNI PCSWVGRINI VKMAILPKVI YRFNAIPIKL PMTFFT ELE KTTLKFIWNQ KRARIAKSIL SQKNKAGGIT LPDFKLYYKA TVTKTAWYWY QNRDIDQWNR TEPSEIMPHI YNYLIFD KP EKNKQWGKDS LFNKWCWENW LAICRKLKLD PFLTPYTKIN SRWIKDLNVK PKTIKTLEEN LGITIQDIGV GKDFMSKT P KAMATKDKID KWDLIKLKSF CTAKETTIRV NRQPTTWEKI FATYSSDKGL ISRIYNELKQ IYKKKTNNPI KKWAKDMNR HFSKEDIYAA KKHMKKCSSS LAIREMQIKT TMRYHLTPVR MAIIKKSGNN RCWRGCGEIG TLLHCWWDCK LVQPLWKSVW RFLRDLELE IPFDPAIPLL GIYPNEYKSC CYKDTCTRMF IAALFTIAKT WNQPKCPTMI DWIKKMWHIY TMEYYAAIKN D EFISFVGT WMKLETIILS KLSQEQKTKH RIFSLIGGN

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Ubiquitin-like protein SMT3, LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein

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分子 #2: Target DNA strand 1

分子名称: Target DNA strand 1 / タイプ: dna / ID: 2
詳細: Modified from de novo LINE-1 insertion event into the FVIII gene
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.424341 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #3: Target DNA strand 2

分子名称: Target DNA strand 2 / タイプ: dna / ID: 3
詳細: Modified from de novo LINE-1 insertion event into the FVIII gene
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.144987 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT) (DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA) (DA)

+
分子 #5: Target DNA strand 3

分子名称: Target DNA strand 3 / タイプ: dna / ID: 5
詳細: Modified from de novo LINE-1 insertion event into the FVIII gene
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.900112 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)

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分子 #6: Target DNA strand 4

分子名称: Target DNA strand 4 / タイプ: dna / ID: 6
詳細: Modified from de novo LINE-1 insertion event into the FVIII gene
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.905973 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

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分子 #7: Unassigned Nucleic Acid

分子名称: Unassigned Nucleic Acid / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.20787 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)

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分子 #4: Template P(A)30 RNA

分子名称: Template P(A)30 RNA / タイプ: rna / ID: 4
詳細: Chemically synthesized 30 nucleotide Poly(A) sequence
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.831217 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #10: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: D3T
分子量理論値: 466.169 Da
Chemical component information

ChemComp-23T:
2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
500.0 mMCH3CO2Kpotassium acetate
1.5 mMMg(CH3COO)2magnesium acetate
10.0 uMZn(CH3COO)2zinc acetate
1.0 mMC4H10O2S2DTT
0.5 mMC7H7FO2SPMSF
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 2 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均露光時間: 5.82 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 22.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細All images were processed using RELION5.0 and CryoSPARC 4.5.3
粒子像選択選択した数: 4568277
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 121941
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-1275 / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細: Initial model was an alphaFold 2 prediction and was rebuilt into the density.
得られたモデル

PDB-9hdr:
Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with EN domain resolved

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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