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万見
- EMDB-52055: Cryo-tomogram of Dictyostelium discoideum cell - hypoosmotic stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52055
タイトルCryo-tomogram of Dictyostelium discoideum cell - hypoosmotic stress condition (distilled water), related to Figure 1b
マップデータcryo-tomogram D. discoideum - hypoosmotic stress, tomogram 068
試料
  • 細胞: Cryo-tomogram of cryo-FIB milled D. discoideum cell in hypoosmotic stress condition
キーワードin situ tomogram / nuclear pore complex / hypoosmotic stress / NUCLEAR PROTEIN
生物種Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Hoffmann PC / Kim H / Obarska-Kosinska A / Kreysing JP / Andino-Frydman E / Cruz-Leon S / Margiotta E / Cernikova L / Kosinski J / Turonova B ...Hoffmann PC / Kim H / Obarska-Kosinska A / Kreysing JP / Andino-Frydman E / Cruz-Leon S / Margiotta E / Cernikova L / Kosinski J / Turonova B / Hummer G / Beck M
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)101054823European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 33-2021European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: Nuclear pore permeability and fluid flow are modulated by its dilation state.
著者: Patrick C Hoffmann / Hyuntae Kim / Agnieszka Obarska-Kosinska / Jan Philipp Kreysing / Eli Andino-Frydman / Sergio Cruz-León / Erica Margiotta / Lenka Cernikova / Jan Kosinski / Beata ...著者: Patrick C Hoffmann / Hyuntae Kim / Agnieszka Obarska-Kosinska / Jan Philipp Kreysing / Eli Andino-Frydman / Sergio Cruz-León / Erica Margiotta / Lenka Cernikova / Jan Kosinski / Beata Turoňová / Gerhard Hummer / Martin Beck /
要旨: Changing environmental conditions necessitate rapid adaptation of cytoplasmic and nuclear volumes. We use the slime mold Dictyostelium discoideum, known for its ability to tolerate extreme changes in ...Changing environmental conditions necessitate rapid adaptation of cytoplasmic and nuclear volumes. We use the slime mold Dictyostelium discoideum, known for its ability to tolerate extreme changes in osmolarity, to assess which role nuclear pore complexes (NPCs) play in achieving nuclear volume adaptation and relieving mechanical stress. We capitalize on the unique properties of D. discoideum to quantify fluid flow across NPCs. D. discoideum has an elaborate NPC structure in situ. Its dilation state affects NPC permeability for nucleocytosolic flow. Based on mathematical concepts adapted from hydrodynamics, we conceptualize this phenomenon as porous flow across NPCs, which is distinct from canonically characterized modes of nucleocytoplasmic transport because of its dependence on pressure. Viral NPC blockage decreased nucleocytosolic flow. Our results may be relevant for any biological conditions that entail rapid nuclear size adaptation, including metastasizing cancer cells, migrating cells, or differentiating tissues.
履歴
登録2024年11月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52055.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 336.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈cryo-tomogram D. discoideum - hypoosmotic stress, tomogram 068
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.704 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)16.301613 (±24.298658)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-9897-115
サイズ14401016241
Spacing10161440241
セルA: 8843.265 Å / B: 12533.761 Å / C: 2097.664 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-tomogram of cryo-FIB milled D. discoideum cell in hypoosmoti...

全体名称: Cryo-tomogram of cryo-FIB milled D. discoideum cell in hypoosmotic stress condition
要素
  • 細胞: Cryo-tomogram of cryo-FIB milled D. discoideum cell in hypoosmotic stress condition

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超分子 #1: Cryo-tomogram of cryo-FIB milled D. discoideum cell in hypoosmoti...

超分子名称: Cryo-tomogram of cryo-FIB milled D. discoideum cell in hypoosmotic stress condition
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Hypoosmotic stress in distilled water applied for approx. 1 min prior to plunge freezing
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 3600 / 集束イオンビーム - 温度: 91 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 5000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: for details please see material and methods section of the paper. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos2 cryo-FIB/SEM. This is not in a ...集束イオンビーム - 詳細: for details please see material and methods section of the paper. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos2 cryo-FIB/SEM. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成詳細: alignment with patch-tracking and reconstruction in etomo, bin4 backprojection with SIRT-like filtering
使用した粒子像数: 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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