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万見
- EMDB-52021: Cryo-EM focused refined map of the canine distemper virus dimer I... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52021
タイトルCryo-EM focused refined map of the canine distemper virus dimer II region of the tetrameric attachment H glycoprotein in complex with two different Nanobodies
マップデータFocused refinement density map - dimer II: receptor-binding tetrameric attachment (H)-protein of canine distemper virus (CDV) bound with 2 nanobodies, designated NbH7 and NbH9
試料
  • 複合体: Purified CDV-solH in complex with Nb H7 and Nb H9
    • 複合体: Hemagglutinin glycoprotein
    • 複合体: Nanobodies H7 H9
キーワードcanine distemper virus / hemagglutinine / CDV / H-protein / Complex / Nanobody / VIRAL PROTEIN
生物種Morbillivirus canis (ウイルス) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Djabeur N / Jeckelmann JM / Fotiadis D
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationCRSII5_183481 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Protection against lethal canine distemper virus infection by a dual epitope-targeting synthetic antibody.
著者: Melanie Scherer / Nadia Djabeur / Oliver Siering / Jean-Marc Jeckelmann / Marianne Wyss / Marina Cresci / Morgane Di Palma Subran / Rainer Riedl / Patrick Chames / Christian K Pfaller / Bevan ...著者: Melanie Scherer / Nadia Djabeur / Oliver Siering / Jean-Marc Jeckelmann / Marianne Wyss / Marina Cresci / Morgane Di Palma Subran / Rainer Riedl / Patrick Chames / Christian K Pfaller / Bevan Sawatsky / Dimitrios Fotiadis / Philippe Plattet /
要旨: Despite vaccine availability, the morbilliviruses measles virus and canine distemper virus (CDV) are still causing major health impairments in human and animal populations. Here, we identified two ...Despite vaccine availability, the morbilliviruses measles virus and canine distemper virus (CDV) are still causing major health impairments in human and animal populations. Here, we identified two potent, neutralizing single domain antibodies directed against the tetrameric receptor binding (H) protein of CDV. Structural analyses spotlighted two vulnerable sites within the H protein. While the first overlaps with the receptor binding site, the second encompasses amino acid residues of two protomers located at the distal dimeric head interface, which supports distinct mechanisms of neutralization. Upon application of an engineered tetravalent and biparatopic antibody, ferrets were protected at a remarkably low antibody dose (1 mg/kg) administered intra-peritoneally on days 3 and 7 post-exposure of a lethal CDV challenge. Collectively, this study spotlights the power of integrating multiple mechanisms of neutralization in a single format and provides a roadmap to design next-generation therapeutics against morbilliviral infections as well as other infectious pathogens.
履歴
登録2024年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52021.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused refinement density map - dimer II: receptor-binding tetrameric attachment (H)-protein of canine distemper virus (CDV) bound with 2 nanobodies, designated NbH7 and NbH9
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 351.84 Å		0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 351.84 Å		0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 351.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.733 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.244
最小 - 最大-3.5091534 - 4.4141407
平均 (標準偏差)0.0021815775 (±0.031860005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 351.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Focused refinement density Half-map A (dimer II)

ファイルemd_52021_half_map_1.map
注釈Focused refinement density Half-map A (dimer II)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Focused refinement density Half-map B (dimer II)

ファイルemd_52021_half_map_2.map
注釈Focused refinement density Half-map B (dimer II)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Purified CDV-solH in complex with Nb H7 and Nb H9

全体名称: Purified CDV-solH in complex with Nb H7 and Nb H9
要素
  • 複合体: Purified CDV-solH in complex with Nb H7 and Nb H9
    • 複合体: Hemagglutinin glycoprotein
    • 複合体: Nanobodies H7 H9

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超分子 #1: Purified CDV-solH in complex with Nb H7 and Nb H9

超分子名称: Purified CDV-solH in complex with Nb H7 and Nb H9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
分子量理論値: 373.1 KDa

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超分子 #2: Hemagglutinin glycoprotein

超分子名称: Hemagglutinin glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #7-#8
由来(天然)生物種: Morbillivirus canis (ウイルス) / 株: A75/17

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超分子 #3: Nanobodies H7 H9

超分子名称: Nanobodies H7 H9 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: seperately purified
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
20.0 3.152Tris-HClTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
100.0 9NaClsodium chloride
8.55 2.5C14H28O6Octyl glycoside

詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.25% OG (w/v)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot Time: 4.5 sec Blot Force: -4 Drain Time: 0 Wait time: 0.
詳細Purified CDV-solH in complex with Nb H7 and Nb H9 in a molar ratio = 1/2.5/2.5

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 9162 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 304110
CTF補正ソフトウェア: (名称: Gctf (ver. 1.6), cryoSPARC (ver. 4))
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7zny

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
詳細: Focused refinement was performed by applying a mask around the dimer II region to enhance resolution in this specific area.
使用した粒子像数: 118721
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 3次元分類クラス数: 7 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7zny

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7zny

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7zny

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7zny

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: E, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: F, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: G, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: H, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: I, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: J, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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