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万見
- EMDB-5200: 5.4-Angstrom cryoEM structure of the Bordetella Bacteriophage capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5200
タイトル5.4-Angstrom cryoEM structure of the Bordetella Bacteriophage capsid
マップデータThis is the cryoEM density map for half of the icosahedral capsid of a bacterial phage, BPP.
試料
  • 試料: Bordetella Bacteriophage
  • ウイルス: Bordetella Bacteriophage
キーワードBordetella Bacteriophage / capsid / cryoEM / structure / major capsid protein / cementing protein
生物種Bordetella Bacteriophage
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Jin L / Hodes A / Hui WH / Zhang X / Yu X / Miller JF / Zhou ZH
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 5.4-Angstrom cryoEM structure of the Bordetella Bacteriophage capsid
著者: Jin L / Hodes A / Hui WH / Zhang X / Zhang X / Yu X / Miller JF / Zhou ZH
履歴
登録2010年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年5月21日-
マップ公開2011年7月18日-
更新2011年8月2日-
現状2011年8月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5200_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 763 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the cryoEM density map for half of the icosahedral capsid of a bacterial phage, BPP.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 372 pix.
= 361.435 Å		0.97 Å/pix.
x 742 pix.
= 720.927 Å		0.97 Å/pix.
x 742 pix.
= 720.927 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9716 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 40.0 / ムービー #1: 30
最小 - 最大-135.647999999999996 - 180.231999999999999
平均 (標準偏差)2.82442 (±22.841200000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-371-3710
サイズ742742372
Spacing742742372
セルA: 720.927 Å / B: 720.927 Å / C: 361.435 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.971599730458220.971599730458220.97159946236559
M x/y/z742742372
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z720.927720.927361.435
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-371-3710
NC/NR/NS742742372
D min/max/mean-135.648180.2322.824

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bordetella Bacteriophage

全体名称: Bordetella Bacteriophage
要素
  • 試料: Bordetella Bacteriophage
  • ウイルス: Bordetella Bacteriophage

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超分子 #1000: Bordetella Bacteriophage

超分子名称: Bordetella Bacteriophage / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The whole phage (with portal and tail structures) were imaged initially. After icosahedral averaging in 3D reconstruction, the resulting density map covers only the capsid.
集合状態: Icosahedral particle made of the major capsid protein and the cementing protein
Number unique components: 2

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超分子 #1: Bordetella Bacteriophage

超分子名称: Bordetella Bacteriophage / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Bordetella phage / 生物種: Bordetella Bacteriophage / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Bordetella phage
宿主生物種: Bordetella (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 685 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris-HCl, 250mM NaCl
グリッド詳細: holey carbon films (Quantifoil, Germany) supported on 400-mesh copper grids
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: manual plunger. Vitrification was carried out using a house-made manual plunger.
手法: Blot for 2-3 seconds before plunging into liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 90 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
日付2006年10月20日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 97940 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.72 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 97940
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The partilces were imaged with a 4kx4k TVIPS CCD camera.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMIRS / 詳細: Focal pair method / 使用した粒子像数: 18524

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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