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- EMDB-51980: a5b3 GABAA Receptor resting state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51980
タイトルa5b3 GABAA Receptor resting state
マップデータsharpened map of resting a5b3 GABAA receptor
試料
  • 複合体: a5b3 GABAA receptor in resting state bound to zinc and butyrate
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Green fluorescent protein
  • リガンド: butanoic acid
  • リガンド: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードGABA receptor / pentameric ligand gated ion channel / cys-loop receptor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor binding / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly ...circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor binding / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / innervation / response to anesthetic / postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neuronal cell body membrane / synaptic transmission, GABAergic / inhibitory postsynaptic potential / cellular response to zinc ion / motor behavior / roof of mouth development / exploration behavior / Signaling by ERBB4 / cochlea development / associative learning / social behavior / chloride channel complex / behavioral fear response / dendrite membrane / cytoplasmic vesicle membrane / cerebellum development / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / bioluminescence / chloride transmembrane transport / learning / generation of precursor metabolites and energy / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA-ergic synapse / memory / signaling receptor activity / presynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / cell surface / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 5 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 5 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Green fluorescent protein, GFP / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Cowgill J / Fan C / Howard RJ / Lindahl E
資金援助European Union, スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 542-2021European Union
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for activation and potentiation in a human a5b3 GABAA receptor
著者: Cowgill J / Fan C / Howard RJ / Lindahl E
履歴
登録2024年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51980.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51980.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map of resting a5b3 GABAA receptor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.65 Å/pix.
x 440 pix.
= 286. Å		0.65 Å/pix.
x 440 pix.
= 286. Å		0.65 Å/pix.
x 440 pix.
= 286. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5
最小 - 最大-25.209309000000001 - 39.450629999999997
平均 (標準偏差)0.000000000003969 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 286.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: unfiltered half map 2

ファイルemd_51980_half_map_1.map
注釈unfiltered half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: unfiltered half map 1

ファイルemd_51980_half_map_2.map
注釈unfiltered half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : a5b3 GABAA receptor in resting state bound to zinc and butyrate

全体名称: a5b3 GABAA receptor in resting state bound to zinc and butyrate
要素
  • 複合体: a5b3 GABAA receptor in resting state bound to zinc and butyrate
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Green fluorescent protein
  • リガンド: butanoic acid
  • リガンド: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: a5b3 GABAA receptor in resting state bound to zinc and butyrate

超分子名称: a5b3 GABAA receptor in resting state bound to zinc and butyrate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Green fluorescent protein,Gamma-aminobutyric acid receptor subuni...

分子名称: Green fluorescent protein,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.207281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRKSPGLSDC LWAWILLLST LTGRSYGQMS KGEELFTGVV PILVELDGDV NGHKFSVRGE GEGDATNGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLV TTLTYGVQCF SRYPDHMKRH DFFKSAMPEG YVQERTISFK DDGTYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK E DGNILGHK ...文字列:
MRKSPGLSDC LWAWILLLST LTGRSYGQMS KGEELFTGVV PILVELDGDV NGHKFSVRGE GEGDATNGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLV TTLTYGVQCF SRYPDHMKRH DFFKSAMPEG YVQERTISFK DDGTYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK E DGNILGHK LEYNFNSHNV YITADKQKNG IKANFKIRHN VEDGSVQLAD HYQQNTPIGD GPVLLPDNHY LSTQSVLSKD PN EKRDHMV LLEFVTAAGI THGMDELYKA ANALAAWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWSHP QFEKSSSNNN NNENLYFQAM PTS SVKDET NDNITIFTRI LDGLLDGYDN RLRPGLGERI TQVRTDIYVT SFGPVSDTEM EYTIDVFFRQ SWKDERLRFK GPMQ RLPLN NLLASKIWTP DTFFHNGKKS IAHNMTTPNK LLRLEDDGTL LYTMRLTISA ECPMQLEDFP MDAHACPLKF GSYAY PNSE VVYVWTNGST KSVVVAEDGS RLNQYHLMGQ TVGTENISTS TGEYTIMTAH FHLKRKIGYF VIQTYLPCIM TVILSQ VSF WLNRESVPAR TVFGVTTVLT MTTLSISARN SLPKVAYATA MDWFIAVCYA FVFSALIEFA TVNYFTKSQP ARAASIS KI DKMSRIVFPV LFGTFNLVYW ATYLNREPVI KGAASPK

UniProtKB: Green fluorescent protein, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5

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分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Green fluorescent...

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Green fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.07343 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MWGLAGGRLF GIFSAPVLVA VVCCAQSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS FVHGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA A CMMDLRRY ...文字列:
MWGLAGGRLF GIFSAPVLVA VVCCAQSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS FVHGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA A CMMDLRRY PLDEQNCTLE IESYGYTTDD IEFYWRGGDK AVTGVERIEL PQFSIVEHRL VSRNVVFATG AYPRLSLSFR LK RNIGYFI LQTYMPSILI TILSWVSFWI NYDASAARVA LGITTVLTMT TINTHLRETL PKIPYVKAID MYLMGCFVFV FLA LLEYAF VNYIFFSQPG RAMVSKGEEL FTGVVPILVE MDGDVNGRKF SVRGVGEGDA THGKLTLKFI CTSGKLPVPW PTLV TTLSY GVQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGSY KTRAEVKFEG DTLVNRIVLK GTDFKEDGNI LGHKL EYNM NVGNVYITAD KQKNGIKANF EIRHNVEDGG VQLADHYQQN TPIGDGSVLL PDNHYLSVQV KLSKDPNEKR DHMVLL EFR TAAGITPGMD ELYKGRAAAI DRWSRIVFPF TFSLFNLVYW LYYVNSRENL YFQAHHHHHH

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3, Green fluorescent protein, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

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分子 #9: butanoic acid

分子名称: butanoic acid / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: BUA
分子量理論値: 88.105 Da
Chemical component information

ChemComp-BUA:
butanoic acid

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分子 #10: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID

分子名称: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: EPE
分子量理論値: 238.305 Da
Chemical component information

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / pH緩衝剤*YM

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分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPES

詳細: 20 mM HEPES, 100 mM NaCl, 2 mM Fluorinated Fos-choline 8, 0.005% LMNG, 0.0005% CHS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was monodisprese and prepared

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 58.65 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 68589
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9haa:
a5b3 GABAA Receptor resting state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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