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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Full gamma-tubulin ring complex composed of the Candida albicans gamma-tubulin small complex in complex with Spc72 CM1 | |||||||||||||||||||||
![]() | Consensus map for cryo-EM reconstruction of a full, 14-spokes gamma-tubulin ring complex formed by the Candida albicans gamma-tubulin small complex in complex with Spc72 and Stu2 | |||||||||||||||||||||
![]() |
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![]() | cytoskeleton / microtubule / microtubule nucleation / complex / template / cap / gamma-tubulin / gamma-tubulin ring complex / gamma-tubulin small complex / Spc72 / CM1 / CM1 motif / GCP2 / GCP3 / Spc97 / Spc98 / Candida / albicans / CELL CYCLE / gamma-TuRC / gamma-TuSC / yeast / fungi | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle pole body / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / meiotic cell cycle / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule ...gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle pole body / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / meiotic cell cycle / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule / GTP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Vermeulen BJA / Pfeffer S | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the interplay between microtubule polymerases, γ-tubulin complexes and their receptors. 著者: Anjun Zheng / Bram J A Vermeulen / Martin Würtz / Annett Neuner / Nicole Lübbehusen / Matthias P Mayer / Elmar Schiebel / Stefan Pfeffer / ![]() 要旨: The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is a structural template for controlled nucleation of microtubules from α/β-tubulin heterodimers. At the cytoplasmic side of the yeast spindle pole body, the ...The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is a structural template for controlled nucleation of microtubules from α/β-tubulin heterodimers. At the cytoplasmic side of the yeast spindle pole body, the CM1-containing receptor protein Spc72 promotes γ-TuRC assembly from seven γ-tubulin small complexes (γ-TuSCs) and recruits the microtubule polymerase Stu2, yet their molecular interplay remains unclear. Here, we determine the cryo-EM structure of the Candida albicans cytoplasmic nucleation unit at 3.6 Å resolution, revealing how the γ-TuRC is assembled and conformationally primed for microtubule nucleation by the dimerised Spc72 CM1 motif. Two coiled-coil regions of Spc72 interact with the conserved C-terminal α-helix of Stu2 and thereby position the α/β-tubulin-binding TOG domains of Stu2 in the vicinity of the microtubule assembly site. Collectively, we reveal the function of CM1 motifs in γ-TuSC oligomerisation and the recruitment of microtubule polymerases to the γ-TuRC. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 283.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 30 KB 30 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 97.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 475.9 MB 478 MB 475.9 MB 410.3 MB 410.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1009.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1008.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Consensus map for cryo-EM reconstruction of a full, 14-spokes gamma-tubulin ring complex formed by the Candida albicans gamma-tubulin small complex in complex with Spc72 and Stu2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Multi-body refinement, body 3 for cryo-EM reconstruction of...
ファイル | emd_51972_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi-body refinement, body 3 for cryo-EM reconstruction of a full, 14-spokes gamma-tubulin ring complex formed by the Candida albicans gamma-tubulin small complex in complex with Spc72 and Stu2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multi-body refinement, body 1 for cryo-EM reconstruction of...
ファイル | emd_51972_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi-body refinement, body 1 for cryo-EM reconstruction of a full, 14-spokes gamma-tubulin ring complex formed by the Candida albicans gamma-tubulin small complex in complex with Spc72 and Stu2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multi-body refinement, body 2 for cryo-EM reconstruction of...
ファイル | emd_51972_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi-body refinement, body 2 for cryo-EM reconstruction of a full, 14-spokes gamma-tubulin ring complex formed by the Candida albicans gamma-tubulin small complex in complex with Spc72 and Stu2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 for the cryo-EM reconstruction of...
ファイル | emd_51972_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 for the cryo-EM reconstruction of a full, 14-spokes gamma-tubulin ring complex formed by the Candida albicans gamma-tubulin small complex in complex with Spc72 and Stu2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 for the cryo-EM reconstruction of...
ファイル | emd_51972_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 for the cryo-EM reconstruction of a full, 14-spokes gamma-tubulin ring complex formed by the Candida albicans gamma-tubulin small complex in complex with Spc72 and Stu2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Full gamma-tubulin ring complex composed of the Candida albicans ...
全体 | 名称: Full gamma-tubulin ring complex composed of the Candida albicans gamma-tubulin small complex in complex with Spc72 CM1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Full gamma-tubulin ring complex composed of the Candida albicans ...
超分子 | 名称: Full gamma-tubulin ring complex composed of the Candida albicans gamma-tubulin small complex in complex with Spc72 CM1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Tubulin gamma chain
分子 | 名称: Tubulin gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 56.228242 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPGETITLQV GQCGNQVGLQ YWQQLATEHG IQSDGSSTPY PKDINDLQLQ ELNNSGSSPQ SYPQQTKPNG KYRNDHPELF FTLSDSNTY TPRSILIDME PSVIAKSTSA LPMFNPRNVH LSNQGNGAAN NWINGYKYGT EEEETLLNLI DREVDKCDNL S NFQLFHSV ...文字列: MPGETITLQV GQCGNQVGLQ YWQQLATEHG IQSDGSSTPY PKDINDLQLQ ELNNSGSSPQ SYPQQTKPNG KYRNDHPELF FTLSDSNTY TPRSILIDME PSVIAKSTSA LPMFNPRNVH LSNQGNGAAN NWINGYKYGT EEEETLLNLI DREVDKCDNL S NFQLFHSV AGGTGSGVGS KMLEVISDRY GHKKLLNTFS IFPSNEDTSD VVVQPYNTIL TLKRLIDYSD ATFVFHNDSL NR IENILFN NNSNIQHDDN DLFLGANKLI ALVSASVSNP LRFPGYMYSS MESIVSNLIP TPDLKFLTSS IAPFSTQKHN YLN EYDMLL ELSNDRYKTN RVSGDTSYIS MLNYLIGDNL DQREIRKGIL KSQQRISFVP WVARSVLVVH GKKSPYLKNT NLEG IQVTN NTSMIDVFTK ILKQFDLLIK RKAYLNRYYS SVEEENEVME MFNESRESVK SIIDEYKACK EITYLDDDDE DDLED GGGN GNGYNNIDDA DMGI UniProtKB: Tubulin gamma chain |
-分子 #2: Spindle pole body component
分子 | 名称: Spindle pole body component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 104.692742 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GAMDPMNTFS SPPNVIREYN DSTYQSPLNS QFHQSPFLQT QSPDYVSLRE EEDDNNDKNL DIMSSCIVD SVIYKSQKIA GPLLSQISNL NIQQALIIRE LLFTLLGHEG HYIQYSKRYD PTSQISRIEG PDYKIAKNLD I SLKVITKK ...文字列: MHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GAMDPMNTFS SPPNVIREYN DSTYQSPLNS QFHQSPFLQT QSPDYVSLRE EEDDNNDKNL DIMSSCIVD SVIYKSQKIA GPLLSQISNL NIQQALIIRE LLFTLLGHEG HYIQYSKRYD PTSQISRIEG PDYKIAKNLD I SLKVITKK LVKFGKFYSG LKSFIQVFDN NKFGKIVQKF CSEVRKFLSS YQQVLINVEH EFKFNKNFNL NMLDSLLHQE IS NEMTHLY QIGIEISRIT EERQKMSQAE IMGNFEPTTL ANTSMNGINS EPNLYYGKFD CCKGGLLLQV IQERMVYYKG DPT SLDFLT QLFDIVSSDY IGMLNQWLLE GVINDPFDEF MIREKRVPDS FMEIFQSKSE YYWNELFLIK IDGLLNQFQN STIQ SKILN TGKYLNIFKR CTGLHNFESL KEKLTTITSL AAPDLELKID EFYHRANKML MKLLFDGYNF PSVVNIFQRL FLFAD SFQI DNFIDSTFSE LKRGKLKISV SRLQKQYDDI FKEKIENKVG VRPSVYDVLK KNQKLSVTSE SLYKVVEELM EKNSDY LIS DNNLRGIFHR VASLRDDSRL TISSTADSAT ENVKDEPTIT SVDLTIPLPF PLNLVLNQQL SYQYEIMFKL LINIKFI SK YNSSNWQEMN YSKIWTNSHF NSSVKKWILR CRVLHSRICS FIHELENYIV HDVIEHNFEE IKNLIHTTAT NLATSELG S DINDEGDNIF NGSLIRGTFN NNSIFDSKVH KHRTTTYVEG ISTVEQLIQK FLDYSSTLLN DSLLTREESL RQLRKMLDF IFHFNNYIVQ VKKVLVLLNH ELFNEYSKEF PTKFEKPMDQ ESIDKRFANL SDTFLMQYEK FGENLVTFLA TIKQVGEREN QGLLELSNR LELCFPE UniProtKB: Spindle pole body component |
-分子 #3: Spc98p
分子 | 名称: Spc98p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 95.318438 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GAMDPMALNK VQLIKLYSNR LVKSLVPVEF GEAFIQSIIN DLQTTLLNTS SEEQNLSIII NKLKMQFLS NNLKNEWVEF QNIVNSLSKF KSLDQICNYL AFLDALRDEK PEDILSTSTA SLSPGKQNVM INTVNTALTL S QLIEPYYD ...文字列: MHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GAMDPMALNK VQLIKLYSNR LVKSLVPVEF GEAFIQSIIN DLQTTLLNTS SEEQNLSIII NKLKMQFLS NNLKNEWVEF QNIVNSLSKF KSLDQICNYL AFLDALRDEK PEDILSTSTA SLSPGKQNVM INTVNTALTL S QLIEPYYD TLSEQTILTY LPYTMLGSDS KIFTFSNNYT RLEIPKDINN SFSSLLREVF EFAILYKQLA IVVDRYKGTL VS AIKTAYI AILEAQLNKY VNDINNIFNN KPNSILVVYN SIFPWISILR FLYRVSNRLN RLDGYEFLTF IYSFTNHGDP KIR GIAVTA FTEVVKPYYN IVEHWIVKGE LIDNNNEFFI IFDQEQNEFN SIIKLLPKKI PAFIKSSDKI FQIGKTLIFL NKYC RELKW VNQYNVKYSA ILFNNHQGLA SMTTNEMIKL IDSQYNEILT FLTQIIQGNN KLFTHVYNFK RFYFMETNDF IDAIM VKGK DVFNESSVNI SSTYLRKVLQ DAIQISSVKN FEYVDRLDSR VLNPQHGNLG WESFTIEYKI DDLPMSYLFE GHQHLQ YLK MFHFLWKLRQ LNNLLNWHFE MFNELNHNVV TKLSSRNRRP LAKSLSIITS IRFHFTQFLN ELIAYLSYDV IEENFQQ HI VRKLFYNKND QDLLLNKSFM NLSEIDPNND LPKFNVNLLT IDELVELHGT YIDSIINSSL LNEKLKGNET NISYIDQI F NILQTIFNFI NTSQEFYSLV CTFGLLVRSD SNANKIELEQ DQEDLEFQLH KIKRKIYKDI YQHDYKRQLN DLKNDLNRD YNLKDLSKLL UniProtKB: Spindle pole body component |
-分子 #4: Mto2p-binding domain-containing protein
分子 | 名称: Mto2p-binding domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 70.622578 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSNLSINESN DNSNVSILSN KSGAQSSTNS SPNLIVFKQP EDLSIQLQQQ QQGTQEDTPE EEEEEEEEME QITQLEVQQE NQPDTLSSS PFISRPNSPL DDIIRPQGTS SPSLTIRDSY SSQVDINISN LHKSLNEMRL STDPVDNNNN NNKVNKNNPT N SDISNDDI ...文字列: MSNLSINESN DNSNVSILSN KSGAQSSTNS SPNLIVFKQP EDLSIQLQQQ QQGTQEDTPE EEEEEEEEME QITQLEVQQE NQPDTLSSS PFISRPNSPL DDIIRPQGTS SPSLTIRDSY SSQVDINISN LHKSLNEMRL STDPVDNNNN NNKVNKNNPT N SDISNDDI ITIDNLTPSR IQPKNISPWR QFRPTLRGSP ESTPRSLFQN KPNLKFNNGL SPTNGSRDMV TNNIATTTKS RE EELNKRI VNYKIQLKLM KNFLQELIDR NNLDPHEFHT LLRRNNNNIM NNENNPLSTS LSQTSTLEIQ HQNLQIELDE ALE LNKQLY NKIETANKEI SDKDLQISNY ESRINLINYS VDELIYILIN EYDKNNYSHG GSNTTSPGKE TLQQSISAQL EVKL NVLKL ELMTRLDQSH QYNNKPHDLF TPPYTSSEYG VSTNNVANKN DLEGYIHIIE DLIKTVDELE LTCENYKANK NELQN QLVE QINESIRIKN NFQIMSNKFN QLRQSLSEKE NDKNLDEFSK NNHQQQQQQQ IQQLEQKLIE YEKCITILQD ELDQYK QPS DTTNTTNNNN NNNNNNNRSS YSSYNNHRNS SLNELNGSGS GSEQKLISEE DL UniProtKB: Mto2p-binding domain-containing protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 33781 / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 8261 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-9h9r: |