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- EMDB-51939: Cryo-EM structure of the atovaquone-inhibited Complex III from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51939
タイトルCryo-EM structure of the atovaquone-inhibited Complex III from the Chlorocebus sabaeus respirasome
マップデータ
試料
  • 複合体: mitochondrial respirasome from Chlorocebus sabaeus Vero cells inhibited by atovaquone
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 10種
キーワードcomplex III / respirasome / mitochondria / green african monkey / atovaquone / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / thalamus development / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c ...subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / thalamus development / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hypothalamus development / midbrain development / hippocampus development / respiratory electron transport chain / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit ...Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome b
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Maclean A / Muhleip A
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structure, assembly and inhibition of the Toxoplasma gondii respiratory chain supercomplex.
著者: Andrew E MacLean / Shikha Shikha / Mariana Ferreira Silva / Max J Gramelspacher / Aaron Nilsen / Katherine M Liebman / Sovitj Pou / Rolf W Winter / Amit Meir / Michael K Riscoe / J Stone ...著者: Andrew E MacLean / Shikha Shikha / Mariana Ferreira Silva / Max J Gramelspacher / Aaron Nilsen / Katherine M Liebman / Sovitj Pou / Rolf W Winter / Amit Meir / Michael K Riscoe / J Stone Doggett / Lilach Sheiner / Alexander Mühleip /
要旨: The apicomplexan mitochondrial electron transport chain is essential for parasite survival and displays a divergent subunit composition. Here we report cryo-electron microscopy structures of an ...The apicomplexan mitochondrial electron transport chain is essential for parasite survival and displays a divergent subunit composition. Here we report cryo-electron microscopy structures of an apicomplexan III-IV supercomplex and of the drug target complex III. The supercomplex structure reveals how clade-specific subunits form an apicomplexan-conserved III-IV interface with a unique, kinked architecture, suggesting that supercomplexes evolved independently in different eukaryotic lineages. A knockout resulting in supercomplex disassembly challenges the proposed role of III-IV in electron transfer efficiency as suggested for mammals. Nevertheless, knockout analysis indicates that III-IV is critical for parasite fitness. The complexes from the model parasite Toxoplasma gondii were inhibited with the antimalarial atovaquone, revealing interactions underpinning species specificity. They were also inhibited with endochin-like quinolone (ELQ)-300, an inhibitor in late-stage preclinical development. Notably, in the apicomplexan binding site, ELQ-300 is flipped compared with related compounds in the mammalian enzyme. On the basis of the binding modes and parasite-specific interactions discovered, we designed more potent ELQs with subnanomolar activity against T. gondii. Our findings reveal critical evolutionary differences in the role of supercomplexes in mitochondrial biology and provide insight into cytochrome b inhibition, informing future drug discovery.
履歴
登録2024年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51939.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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x 600 pix.
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x 600 pix.
= 592.482 Å		0.99 Å/pix.
x 600 pix.
= 592.482 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.98747 Å
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表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-4.276048 - 8.553283
平均 (標準偏差)0.0012486359 (±0.15456647)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 592.482 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51939_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51939_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51939_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mitochondrial respirasome from Chlorocebus sabaeus Vero cells inh...

全体名称: mitochondrial respirasome from Chlorocebus sabaeus Vero cells inhibited by atovaquone
要素
  • 複合体: mitochondrial respirasome from Chlorocebus sabaeus Vero cells inhibited by atovaquone
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Complex III subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1
    • タンパク質・ペプチド: UQCRB
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: 2-[4-(4-CHLOROPHENYL)CYCLOHEXYLIDENE]-3,4-DIHYDROXY-1(2H)-NAPHTHALENONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: water

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超分子 #1: mitochondrial respirasome from Chlorocebus sabaeus Vero cells inh...

超分子名称: mitochondrial respirasome from Chlorocebus sabaeus Vero cells inhibited by atovaquone
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 株: Vero cell line

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分子 #1: Cytochrome c1

分子名称: Cytochrome c1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
分子量理論値: 35.268703 KDa
配列文字列: MAAAAASLRG VVLGPRGAGL PGARARGLLC SARPGQLPLR TPQAVALSSK SGLSRGRKVV LSALGMLAAG GAGLAVALHS AVSASDVAL HPPSYPWSHS GFLSSLDHTS IRRGFQVYKQ VCSSCHSMNF VAYRHLVGVC YTEDEAKALA AEVEVQDGPN E NGEMFMRP ...文字列:
MAAAAASLRG VVLGPRGAGL PGARARGLLC SARPGQLPLR TPQAVALSSK SGLSRGRKVV LSALGMLAAG GAGLAVALHS AVSASDVAL HPPSYPWSHS GFLSSLDHTS IRRGFQVYKQ VCSSCHSMNF VAYRHLVGVC YTEDEAKALA AEVEVQDGPN E NGEMFMRP GKLFDYFPKP YPNSEAARAA NNGALPPDLS YIARARHGGE DYIFSLLTGY CEPPTGVSLR EGLYFNPYFP GQ AIAMAPP IYTDVLEFDD GTPATMSQIA KDVCTFLRWA SEPEHDHRKR MALKMLTMMA LLIPLTYIMK RHKWSVLKSR KLA YRPPK

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

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分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
分子量理論値: 29.817166 KDa
配列文字列: MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QATVPATPEP PVLDLKRPFL SRESLSGQAV RRPLVASVGL NVPASVCYSH TDVKVPDFY DYRRLEVLDS TKSSRESSEA RKGFSYLVTA VTTVGVAYAA KNVVTQFISS MSASADVLAM AKIEINLSDI P EGKNMAFK ...文字列:
MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QATVPATPEP PVLDLKRPFL SRESLSGQAV RRPLVASVGL NVPASVCYSH TDVKVPDFY DYRRLEVLDS TKSSRESSEA RKGFSYLVTA VTTVGVAYAA KNVVTQFISS MSASADVLAM AKIEINLSDI P EGKNMAFK WRGKPLFVRH RTQKEIEQEA AVELSQLRDP QHDLDRVKKP EWVILIGVCT HLGCVPIANA GDFGGYYCPC HG SHYDASG RIRLGPAPLN LEVPPYEFTR DDMVVVG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

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分子 #3: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
分子量理論値: 13.54045 KDa
配列文字列:
MAGKQAVSAS GKWLDGIRKW YYNAAGFNKL GLLRDDTMYE DEDVKEAIRR LPDNLYNDRM FRIKRALDLN LKHQILPKEQ WTKYEEENF YLEPYLKEVI RERKEREEWA KK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #4: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
分子量理論値: 9.748262 KDa
配列文字列:
MGREFGNLTR IRHVISYSLS PLEQRALPHV LSKGVPNMLR RVRESFFRVV PQFVVFYLLY TWGTEEFEKS KRKNPAAYEN DK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

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分子 #5: Complex III subunit 9

分子名称: Complex III subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
分子量理論値: 7.320473 KDa
配列文字列:
MAAVAFTSKL YSLLFRRTST FALTIVVGVL FFERAFDQGA DAIYDHINEG KLWKHIKHKY ENK

UniProtKB: Complex III subunit 9

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
分子量理論値: 10.803954 KDa
配列文字列:
MGLEDERKML TESGDPEEEE EEEEELVDPL TTVREQCEQL EKCVKARERL ELCDERVSSR SHTEEDCMEE LLDFLYARDH CVAHKLFNN LK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

+
分子 #7: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
分子量理論値: 48.592984 KDa
配列文字列: MKLLTRAGSF SRFYSLKVAP KVKATAAPAG APPQPQDLEF TKLPNGLVIA SLENYAPLSR IGLFIKAGSR YEDSNNLGTT HLLRLASSL TTKGASSFKI TRGIEAVGSK LSVTATRETM AYTVECLRGD VDILMEFLLN VTTAPEFRRW EVADLQPQLK I DKAVAFQN ...文字列:
MKLLTRAGSF SRFYSLKVAP KVKATAAPAG APPQPQDLEF TKLPNGLVIA SLENYAPLSR IGLFIKAGSR YEDSNNLGTT HLLRLASSL TTKGASSFKI TRGIEAVGSK LSVTATRETM AYTVECLRGD VDILMEFLLN VTTAPEFRRW EVADLQPQLK I DKAVAFQN PQTHVIENLH AAAYRNALAN PLYCPDYRIG KVTSEELHYF VQNHFTSARM ALIGLGVSHP VLKQVAEQFL NM RGGFGLS GVKAKYRGGE IREQNGDSLV HAALVAESAV AGSAEANAFS VLQHVLGAGP HIKRGSNTTS HLYQAVAKAT QQP FDVSAF NANYSDSGLF GIYTISQATA AGDVIKAAYN QVKTIAQGNL SNTDVQAAKN KLKAGYLMSV ESSERFLEEV GSQA LVAGS YVPPSTVLQQ IDSVANADVI NAAKKFVSGQ KSMVASGNLG HTPFVDEL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #8: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
分子量理論値: 43.07077 KDa
配列文字列: MTPMRKSNPI MKMINHSLID LPTPSNISMW WNFGSLLAFC LILQIITGLF LAMHYSPDTS SAFSSIAHIT RDVNHGWIIR YLHANGASM FFICLFLHVG RGLYYGSFLL LKTWNTGIML LFLTMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTD L VQWIWGGY ...文字列:
MTPMRKSNPI MKMINHSLID LPTPSNISMW WNFGSLLAFC LILQIITGLF LAMHYSPDTS SAFSSIAHIT RDVNHGWIIR YLHANGASM FFICLFLHVG RGLYYGSFLL LKTWNTGIML LFLTMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTD L VQWIWGGY SIGNPTLSRF FTLHFILPFI ITALTMVHLL FLHETGSNNP CGISSDSDKI PFHPYYTIKD ILGLVLLLFI LT TLTLLSP NLLNDPDNYI PADPLNTPPH IKPEWYFLFA YAILRSVPNK LGGVLALFLS ILILSIIPTL HNSKQQSMMF RPL SQFLFW FLITTLLTLT WIGSQPVSQP FIFIGQLAST MYFTTVLILM PLTSLIENNL LKWT

UniProtKB: Cytochrome b

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分子 #9: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
分子量理論値: 52.885816 KDa
配列文字列: MAASVVCRAA TSGAQVLLRA RRSPTLLRTP ALRSTATFAQ ALQFVPETQV SLLDNGLRVA SEQSSQPTCT VGVWIDVGSR FETEKNNGA GYFLEHLAFK GTKNRPGSAL EKEVESMGAH LNAYSTREHT AYYIKALSKD LPKVVELLGD IVQNCSLEDS Q IEKERDVI ...文字列:
MAASVVCRAA TSGAQVLLRA RRSPTLLRTP ALRSTATFAQ ALQFVPETQV SLLDNGLRVA SEQSSQPTCT VGVWIDVGSR FETEKNNGA GYFLEHLAFK GTKNRPGSAL EKEVESMGAH LNAYSTREHT AYYIKALSKD LPKVVELLGD IVQNCSLEDS Q IEKERDVI LREMQENDAS MRDVVFDYLH ATAFQGTPLA QTVEGPSENV RKLSRADLTE YLSTHYKAPR MVLAAAGGVE HQ QLLDLAQ KHLGDIPWTY AEDTMPALTP CRFTGSEIRH RDDALPFAHV AIAVEGPGWA SPDNVALQVA NAIIGHYDCT YGG GVHLSS PLASGAVANK LCQSFQTFSI CYADTGLLGA HFVCDRMKID DMMFVLQGQW MRLCTSATES EVARGKNILR NALV SHLDG TTPVCEDIGR SLLTYGRRIP LAEWESRIAE VDASVVREIC SKYIYDQCPA VAGYGPIEQL PDYNRIRSGM FWLRF

+
分子 #10: UQCRB

分子名称: UQCRB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
分子量理論値: 6.62371 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
配列文字列:
MMTRFLGPRY RQLVKNWIPT AYTWGAVGTL GLAWAADWRL ILDWVPYVNG RFKKDD

+
分子 #11: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #13: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #14: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #15: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #16: 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione

分子名称: 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: AOQ
分子量理論値: 366.837 Da
Chemical component information

ChemComp-AOQ:
2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione / アトバコン / 薬剤, Antimicrobial*YM

+
分子 #17: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 6 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #18: 2-[4-(4-CHLOROPHENYL)CYCLOHEXYLIDENE]-3,4-DIHYDROXY-1(2H)-NAPHTHA...

分子名称: 2-[4-(4-CHLOROPHENYL)CYCLOHEXYLIDENE]-3,4-DIHYDROXY-1(2H)-NAPHTHALENONE
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: AFI
分子量理論値: 366.837 Da
Chemical component information

ChemComp-AFI:
2-[4-(4-CHLOROPHENYL)CYCLOHEXYLIDENE]-3,4-DIHYDROXY-1(2H)-NAPHTHALENONE

+
分子 #19: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #20: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 14 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 301 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 637526
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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