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- EMDB-51813: YnaI in its open conformation purified in DDM showing ligand-fill... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51813
タイトルYnaI in its open conformation purified in DDM showing ligand-filled pockets
マップデータ
試料
  • 複合体: E. coli YnaI in its open conformation
    • タンパク質・ペプチド: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
  • リガンド: DODECANE
キーワードYnaI / mechanosensitive ion channel of E. coli / MscS-like / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic ion channel activity / cellular response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mechanosensitive ion channel protein YnaI-like / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS ...Mechanosensitive ion channel protein YnaI-like / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Low conductance mechanosensitive channel YnaI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Flegler VJ / Bottcher B / Rasmussen T / Rasmussen A / Hedrich R
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)343886090 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanosensitive channel engineering: A study on the mixing and matching of YnaI and MscS sensor paddles and pores.
著者: Vanessa J Flegler / Akiko Rasmussen / Rainer Hedrich / Tim Rasmussen / Bettina Böttcher /
要旨: Osmotically varying environments are challenging for bacterial cells. Sudden drops in osmolytes cause an increased membrane tension and rupture the cells in the absence of protective mechanisms. One ...Osmotically varying environments are challenging for bacterial cells. Sudden drops in osmolytes cause an increased membrane tension and rupture the cells in the absence of protective mechanisms. One family of protective proteins are mechanosensitive channels of small conductance that open in response to membrane tension. Although these channels have a common architecture, they vary widely in the number of transmembrane helices, conductivity, and gating characteristics. Although there are various structures of channels in the open and closed state, the underlying common principles of the gating mechanism remain poorly understood. Here we show that YnaI opens by radial relocation of the transmembrane sensor paddles together with a shortening of the pore, which contrasts the prototypic smaller MscS. A chimera of both channels with the YnaI sensor paddles and the pore containing C-terminal part of MscS is functional and has the tension response of the paddle donor. Our research shows that elements with different structural opening mechanisms can be mixed and matched within one channel as long as they support the common area expansion on the periplasmic side.
履歴
登録2024年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51813.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 242.176 Å		0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 242.176 Å		0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 242.176 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.946 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5
最小 - 最大-12.448727 - 27.313113999999999
平均 (標準偏差)0.00000000000397 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 242.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51813_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51813_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51813_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. coli YnaI in its open conformation

全体名称: E. coli YnaI in its open conformation
要素
  • 複合体: E. coli YnaI in its open conformation
    • タンパク質・ペプチド: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
  • リガンド: DODECANE

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超分子 #1: E. coli YnaI in its open conformation

超分子名称: E. coli YnaI in its open conformation / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Low conductance mechanosensitive channel YnaI

分子名称: Low conductance mechanosensitive channel YnaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 37.45373 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AELFTNNALN LVIIFGSCAA LILMSFWFRR GNRKRKGFLF HAVQFLIYTI IISAVGSIIN YVIENYKLKF ITPGVIDFIC TSLIAVILT IKLFLLINQF EKQQAAKGRD ITSARIMSRI IKITIIVVLV LLYGEHFGMS LSGLLTFGGI GGLAVGMAGK D ILSNFFSG ...文字列:
AELFTNNALN LVIIFGSCAA LILMSFWFRR GNRKRKGFLF HAVQFLIYTI IISAVGSIIN YVIENYKLKF ITPGVIDFIC TSLIAVILT IKLFLLINQF EKQQAAKGRD ITSARIMSRI IKITIIVVLV LLYGEHFGMS LSGLLTFGGI GGLAVGMAGK D ILSNFFSG IMLYFDRPFS IGDWIRSPDR NIEGTVAEIG WRITKITTFD NRPLYVPNSL FSSISVENPG RMTNRRITTT IG LRYEDAA KVGVIVEAVR EMLKNHPAID QRQTLLVYFN QFADSSLNIM VYCFTKTTVW AEWLAAQQDV YLKIIDIVQS HGA DFAFPS QTLYMD

UniProtKB: Low conductance mechanosensitive channel YnaI

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分子 #2: DODECANE

分子名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 42 / 式: D12
分子量理論値: 170.335 Da
Chemical component information

ChemComp-D12:
DODECANE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium chloride
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
0.03 %C24H46O11DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4 s blotting, blot force +25.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 5 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 9866 / 平均露光時間: 3.39 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2829312
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: closed YnaI obtained in same study
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 180381
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: heterogeneous refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 37
得られたモデル

PDB-9h2p:
YnaI in its open conformation purified in DDM showing ligand-filled pockets

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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