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万見
- EMDB-51702: In situ cryo-electron tomogram of a multi-lamellar vesicle in a N... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51702
タイトルIn situ cryo-electron tomogram of a multi-lamellar vesicle in a NPC2-/- HeLa cell. #2
マップデータ
試料
  • 細胞: HeLa TMEM192-3xHA NPC2-/-
キーワードLysosomal storage disorders / autophagy / Multi-lamellar vesicle / cholesterol export / endocytosis / cargo delivery / LIPID TRANSPORT
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Kraus F / He Y / Swarup S / Overmyer KA / Jiang Y / Brenner J / Capitanio C / Bieber A / Jen A / Nightingale NM ...Kraus F / He Y / Swarup S / Overmyer KA / Jiang Y / Brenner J / Capitanio C / Bieber A / Jen A / Nightingale NM / Anderson BJ / Lee C / Paulo JA / Smith IR / Plitzko JM / Gygi SP / Schulman BA / Wilfling F / Coon JJ / Harper JW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Aligning Science Across Parkinsons (ASAP)ASAP-000282 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Global cellular proteo-lipidomic profiling of diverse lysosomal storage disease mutants using nMOST.
著者: Felix Kraus / Yuchen He / Sharan Swarup / Katherine A Overmyer / Yizhi Jiang / Johann Brenner / Cristina Capitanio / Anna Bieber / Annie Jen / Nicole M Nightingale / Benton J Anderson / Chan ...著者: Felix Kraus / Yuchen He / Sharan Swarup / Katherine A Overmyer / Yizhi Jiang / Johann Brenner / Cristina Capitanio / Anna Bieber / Annie Jen / Nicole M Nightingale / Benton J Anderson / Chan Lee / Joao A Paulo / Ian R Smith / Jürgen M Plitzko / Steven P Gygi / Brenda A Schulman / Florian Wilfling / Joshua J Coon / J Wade Harper /
要旨: Lysosomal storage diseases (LSDs) comprise ~50 monogenic disorders marked by the buildup of cellular material in lysosomes, yet systematic global molecular phenotyping of proteins and lipids is ...Lysosomal storage diseases (LSDs) comprise ~50 monogenic disorders marked by the buildup of cellular material in lysosomes, yet systematic global molecular phenotyping of proteins and lipids is lacking. We present a nanoflow-based multiomic single-shot technology (nMOST) workflow that quantifies HeLa cell proteomes and lipidomes from over two dozen LSD mutants. Global cross-correlation analysis between lipids and proteins identified autophagy defects, notably the accumulation of ferritinophagy substrates and receptors, especially in and mutants, where lysosomes accumulate cholesterol. Autophagic and endocytic cargo delivery failures correlated with elevated lysophosphatidylcholine species and multilamellar structures visualized by cryo-electron tomography. Loss of mitochondrial cristae, MICOS complex components, and OXPHOS components rich in iron-sulfur cluster proteins in cells was largely alleviated when iron was provided through the transferrin system. This study reveals how lysosomal dysfunction affects mitochondrial homeostasis and underscores nMOST as a valuable discovery tool for identifying molecular phenotypes across LSDs.
履歴
登録2024年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51702.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51702.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 524 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.72 Å/pix.
x 131 pix.
= 1535.32 Å		11.72 Å/pix.
x 1024 pix.
= 12001.28 Å		11.72 Å/pix.
x 1024 pix.
= 12001.28 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-382.636000000000024 - 247.746800000000007
平均 (標準偏差)1.4198321 (±10.422770999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0017
サイズ10241024131
Spacing10241024131
セルA: 12001.28 Å / B: 12001.28 Å / C: 1535.3201 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HeLa TMEM192-3xHA NPC2-/-

全体名称: HeLa TMEM192-3xHA NPC2-/-
要素
  • 細胞: HeLa TMEM192-3xHA NPC2-/-

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超分子 #1: HeLa TMEM192-3xHA NPC2-/-

超分子名称: HeLa TMEM192-3xHA NPC2-/- / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Modified with CRISPR/CAS9 with target sites determined using CHOPCHOP.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1/4 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細HeLa (TMEM192-HA) NPC2-/- cells were cultured on Poly-L-Lysine coated gold grids over night. The next day, cells were starved for 6h in EBSS. 10% glycerol was added shortly before plunging.
Cryo protectant10% glycerol
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 3 / 集束イオンビーム - 時間: 120 / 集束イオンビーム - 温度: 80 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 130
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Thermo Fisher Arctis PFIB. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - バージョン: 1.3 / ソフトウェア - 詳細: Aretomo / 使用した粒子像数: 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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