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- EMDB-51689: Mycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51689
タイトルMycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor
マップデータmain map
試料
  • 複合体: cytochrome bc1:aa3
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 14種
キーワードmembrane protein / inhibitor complex / mycobacterium / cytochrome bc / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / electron transport coupled proton transport / superoxide dismutase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / electron transport coupled proton transport / superoxide dismutase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB ...Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 1 / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Transmembrane protein / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / cytochrome-c oxidase / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者lamers MH / Verma AK
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Innovative Medicines Initiative853903 スイス
引用
ジャーナル: NPJ Drug Discov / 年: 2025
タイトル: Structural and mechanistic study of a novel inhibitor analogue of cytochrome bc:aa.
著者: Amit K Verma / Robbert Q Kim / Dirk A Lamprecht / Clara Aguilar-Pérez / Sarah Wong / Nicolas Veziris / Alexandra Aubry / José M Bartolomé-Nebreda / Rodrigo J Carbajo / Jennefer Wetzel / Meindert H Lamers /
要旨: Drug-resistant tuberculosis (TB) continues to challenge treatment options, necessitating the exploration of new compounds of novel targets. The mycobacterial respiratory complex cytochrome bc:aa has ...Drug-resistant tuberculosis (TB) continues to challenge treatment options, necessitating the exploration of new compounds of novel targets. The mycobacterial respiratory complex cytochrome bc:aa has emerged as a promising target, exemplified by the success of first-in-class inhibitor Q203 in phase 2 clinical trials. However, to fully exploit the potential of this target and to identify the best-in-class inhibitor more compounds need evaluation. Here, we introduce JNJ-2901, a novel Q203 analogue, that demonstrates activity against multidrug-resistant clinical strains at sub-nanomolar concentration and 4-log reduction in bacterial burden in a mouse model of TB infection. Inhibitory studies on purified enzymes validate the nanomolar inhibitions observed in mycobacterial cells. Additionally, cryo-EM structure analysis of cytochrome bc:aa bound to JNJ-2901 reveals the binding pocket at the menaquinol oxidation site (Qp), akin to other substate analogue inhibitors like Q203 and TB47. Validation of the binding site is further achieved by generating and isolating the JNJ-2901 resistant mutations in , followed by purification and resistance analysis of the resistant cytochrome bc:aa complex. Our comprehensive work lays the foundation for further clinical validations of JNJ-2901.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic study of a novel inhibitor of M. tuberculosis cytochrome bc1:aa3
著者: Lamers M / Verma A / Kim R / Lamprecht D / Perez CA / Wong S / Veziris N / Aubry A / Bartolome-Nebreda JM / Carbajo R / Wetzel J
履歴
登録2024年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ファイルダウンロード / ファイル: emd_51689.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 351.12003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: halfmap 1

ファイルemd_51689_half_map_1.map
注釈halfmap 1
投影像・断面図
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ハーフマップ: halfmap 2

ファイルemd_51689_half_map_2.map
注釈halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : cytochrome bc1:aa3

全体名称: cytochrome bc1:aa3
要素
  • 複合体: cytochrome bc1:aa3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
    • タンパク質・ペプチド: Secreted protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF5130 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MENAQUINONE-7
  • リガンド: water

+
超分子 #1: cytochrome bc1:aa3

超分子名称: cytochrome bc1:aa3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 667 KDa

+
分子 #1: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 46.383066 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MDYRNGGRHR CGHVDRIASM SQDSPDIKGT DAPGQTGVPG QPTDAELAEM SREELVKLGG KIDGVETIFK EPRWPVPGTK AEKRTERLV AYWLMLGGLS GLALLLVFLF WPWEYQPFGS EGEFLYSLAT PLYGLTFGLS ILSIGIGAVL FQKKFIPEEI S VQDRHDGR ...文字列:
MDYRNGGRHR CGHVDRIASM SQDSPDIKGT DAPGQTGVPG QPTDAELAEM SREELVKLGG KIDGVETIFK EPRWPVPGTK AEKRTERLV AYWLMLGGLS GLALLLVFLF WPWEYQPFGS EGEFLYSLAT PLYGLTFGLS ILSIGIGAVL FQKKFIPEEI S VQDRHDGR SPEVHRKTVA ANLTDALEGS TLKRRKVIGL SLGIGLGAFG AGTLVAFIGG LIKNPWKPVV PTAEGKKAVL WT SGWTPRF KGETIYLARA TGRPGESPFV KMRPEDIDAG GMETVFPWRE SDGDGTTVES EHKLTEIAMG VRNPVMLIRI KPA DMHRVI KRKGQESFNF GELFAYTKVC SHLGCPSSLY EQQTYRILCP CHQSQFDALE FAKPIFGPAA RALAQLPITI DEDG YLVAN GDFVEPVGPA FWERKS

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

+
分子 #2: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: mutations: F156Y, I182M, M189L, D309E, I312A / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 60.262934 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MSPDFAKLAA AQGDAIDSRY HPSAAVRRQL NKVFPTHWSF LLGEIALYSF IILLLTGVWL TLFFDPSMAH VTYDGVYQPL RGVQMSRAY ETALDISFEV RGGLFVRQVH HWAALMFAAS IMVHLARIFF TGAFRRPREA NWVIGSLLLI LAMFEGYFGY S LPDDLLSG ...文字列:
MSPDFAKLAA AQGDAIDSRY HPSAAVRRQL NKVFPTHWSF LLGEIALYSF IILLLTGVWL TLFFDPSMAH VTYDGVYQPL RGVQMSRAY ETALDISFEV RGGLFVRQVH HWAALMFAAS IMVHLARIFF TGAFRRPREA NWVIGSLLLI LAMFEGYFGY S LPDDLLSG TGIRAALSGI TMGMPVIGTW LHWALFGGDF PGEILIPRLY ALHILLIPGI ILALIGAHLA LVWFQKHTQF PG PGRTETN VVGVRVMPVF AVKSGAFFAM ITGVLGLMGG LLTINPIWNL GPYKPSQVSA GSQPDFYMMW TEGLARLWPA WEF YPFGHT IPQGVWVAVG MGLVFALLIA YPFIEKKVTG DDAHHNLLQR PRDVPVRTAI GSMAIALYLL LTFACMNDII ALKF HISLN ATTWIGRIGM VVLPAIVYFV AYRWAISLQR SDREVLEHGV ETGIIKRLPH GAYVELHQPL GPVDEHGHPI PLEYA GAPL PKRMNKLGSG GAPGTGSFLF PDPAVEHEAL TEAAHASEHK SLTALKEHQD RIHGNGETNG HH

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

+
分子 #3: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 27.874547 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MTSKSRRRLR RRLSAGLLLL IGLAVAGGVA ATLTPQPQVA VADESQSALL RTGKQLFETS CVSCHGANLQ GVPDRGPSLI GTGEAAVYF QVSTGRMPAM RGEAQAPSKP PHFDESQIDA LGAYVQANGG GPTVPRDDHG AVAQESLIGG DVARGGDLFR L NCASCHNF ...文字列:
MTSKSRRRLR RRLSAGLLLL IGLAVAGGVA ATLTPQPQVA VADESQSALL RTGKQLFETS CVSCHGANLQ GVPDRGPSLI GTGEAAVYF QVSTGRMPAM RGEAQAPSKP PHFDESQIDA LGAYVQANGG GPTVPRDDHG AVAQESLIGG DVARGGDLFR L NCASCHNF TGKGGALSSG KYAPDLGDAN PAQIYTAMLT GPQNMPKFSD RQLTPDEKRD IVAYVRESAE TPSYGGYGLG GF GPAPEGM AMWIIGMVAA IGVAMWIGSR A

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

+
分子 #4: Transmembrane protein

分子名称: Transmembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.531069 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列:
MANTEVERHT GVDVEDVPSA EWGWSHMPIG VMHIGGLLSA AFLLVMMRGN HVGHVEDWFL IGFAAVIVAL VGRNWWLRRR GWIR

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 38.077465 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MTPRGFRVVA LSIVLGGSAL LLSGCSWSDA LALGWPTGIT PEAKLNRELW IGSVIASFAV GAIVWGLIFW TSAFHRKKAT DTELPRQFG YNMPLELTLT VIPFLIISVL FYFTVVVQER MMHKDPNPEV VIDVTAFQWN WKFGYQKIAF ADGSFDYDGA D PERKEAMT ...文字列:
MTPRGFRVVA LSIVLGGSAL LLSGCSWSDA LALGWPTGIT PEAKLNRELW IGSVIASFAV GAIVWGLIFW TSAFHRKKAT DTELPRQFG YNMPLELTLT VIPFLIISVL FYFTVVVQER MMHKDPNPEV VIDVTAFQWN WKFGYQKIAF ADGSFDYDGA D PERKEAMT SRPEGKDEHG IEKVGPIRGM TPEDRTYLNF DKIETLGTSS EIPVLVLPAG KRIEFVLNSA DVIHGFWVPE FL FKRDVLP EPKANNSDNV FQVSEIQQTG AFVGRCTEMC GTFHAMMNFE VRVVEPNDFK AYIDQRNAGK TNAEALAAIN QPP LAITTE PFESRRGELV PQASK

UniProtKB: cytochrome-c oxidase

+
分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 64.162965 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MVAEAPPIGE LEARRPFPER MGPKGNLIYK LITTTDHKLI GIMYCVVCFA FFLVGGLMAL FMRTELAMPG LQFLSNEQFN QLFTMHGTV MLLFYATPIV FGFANLVLPL QIGAPDVAFP RLNALSFWLF LFGALIAIAG FITPGGAADF GWTAYSPLTD A IHSPGAGG ...文字列:
MVAEAPPIGE LEARRPFPER MGPKGNLIYK LITTTDHKLI GIMYCVVCFA FFLVGGLMAL FMRTELAMPG LQFLSNEQFN QLFTMHGTV MLLFYATPIV FGFANLVLPL QIGAPDVAFP RLNALSFWLF LFGALIAIAG FITPGGAADF GWTAYSPLTD A IHSPGAGG DLWIMGLAVG GLGTILGGVN MITTVVCMRA PGMTMFRMPI FTWNILVTSI LVLIAFPILT AALFGLAADR HL GAHIYDP ANGGVLLWQH LFWFFGHPEV YIIALPFFGI VSEIFPVFSR KPIFGYTTLI YATLAIAALS VAVWAHHMYA TGA VLLPFF SFMTFLIAVP TGIKFFNWIG TMWKGQLTFE TPMLFSVGFL ITFLLGGLSG VLLASPPLDF HVTDSYFVIA HFHY VLFGT IVFATYAGIY FWFPKMTGRL LDERLGKLHF WLTFIGFHTT FLVQHWLGDE GMPRRYADYL PTDGFTTLNV ISTVG AFIL GVSMLPFVWN VFKSWRYGEP VTVDDPWGYG NSLEWATSCP PPRHNFTELP RIRSERPAFE LHYPHMVERM RAEAHV GRA HHPELETADK SS

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 22.196883 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS ...文字列:
MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS KFTPAQATAA IVVSYYWHFV DIVWIALFAT IYFVR

UniProtKB: Probable cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #8: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.177424 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列:
MHIEARLFEI LTAFFALAAV VYAVLTAMFA TGGVEWAGTT ALVLTTGLTL ITGTFFRFVA RRLDTRPEDY EDAEISDGAG ELGFFAPHS WWPILISLSF STAAVGAALW LPWLIAAGVA FVITSVCGLV FEYYWGPEKH

UniProtKB: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

+
分子 #9: Secreted protein

分子名称: Secreted protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.365549 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列:
MSTALTHGLI GGVPLVLFAV LALIFLTRKG PHPDTYKMSD PWTHAPILWA AEEPREHGHG GHGHDSHGVV IGGGASGKW

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #10: DUF5130 domain-containing protein

分子名称: DUF5130 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.910971 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列:
MASGDIATVA NAELDLPYGS ALTSSGRISA VTEPGELSVH YPFPTMDLVV LDDALKYGSR AAKARFAVYI GPLGADTAAT AREILANVP TPENAVLLAV SPDQRAIEVV YGADVKGRGI ESAAPLGVSA AAASFKEGNL IDGLISAVRV MSAGVSPA

UniProtKB: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575

+
分子 #11: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

分子名称: Superoxide dismutase [Cu-Zn] / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: superoxide dismutase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.232375 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MLKPVSVAVL FATPVLALSA CSPPGETASS EPGTTPAIWT GSPSPAAPSG EDHGGGHGAG AAGAGETLTA ELKTADGTSV ATADFQFAD GFATVTIETT TPGRLTPGFH GVHIHSVGKC EANSVAPTGG APGDFNSAGG HFQVSGHSGH PASGDLSSLQ V RADGSGKL ...文字列:
MLKPVSVAVL FATPVLALSA CSPPGETASS EPGTTPAIWT GSPSPAAPSG EDHGGGHGAG AAGAGETLTA ELKTADGTSV ATADFQFAD GFATVTIETT TPGRLTPGFH GVHIHSVGKC EANSVAPTGG APGDFNSAGG HFQVSGHSGH PASGDLSSLQ V RADGSGKL VTTTDAFTAE DLLDGAKTAI IIHEKADNFA NIPPERYQQV NGAPGPDQTT MATGDAGSRV ACGVISAG

UniProtKB: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

+
分子 #12: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #13: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3...

分子名称: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: 9YF
分子量理論値: 853.112 Da
Chemical component information

ChemComp-9YF:
(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate

+
分子 #14: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #15: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #16: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 17 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #17: 6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro...

分子名称: 6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: A1IRE
分子量理論値: 540.986 Da

+
分子 #18: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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分子 #19: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

+
分子 #20: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)...

分子名称: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 4 / 式: 9Y0
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-9Y0:
(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate

+
分子 #21: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 8 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #22: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 4 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #23: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #24: MENAQUINONE-7

分子名称: MENAQUINONE-7 / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: MQ7
分子量理論値: 648.999 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ7:
MENAQUINONE-7 / 2-メチル-3-(3,7,11,15,19,23,27-ヘプタメチル-2,6,10,14,18,22,26-オクタコサ(以下略)

+
分子 #25: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 211 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 42000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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