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万見
- EMDB-51663: Subtomogram average of three fascins in complex with two actin fi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51663
タイトルSubtomogram average of three fascins in complex with two actin filaments
マップデータ
試料
  • 複合体: Purified fascin mixed with purified actin filaments
    • 細胞器官・細胞要素: fascin protein
      • Other: fascin protein
    • 細胞器官・細胞要素: actin filament
      • Other: actin filament
キーワードfascin / actin-binding protein / actin filaments / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Song X / Corbalan-Garcia S / Huiskonen JT
資金援助 フィンランド, 1件
OrganizationGrant number国
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2025
タイトル: The mechanism underlying fascin-mediated bundling of actin filaments unveiled by cryo-electron tomography.
著者: Xiyong Song / Jesús Baltanás-Copado / Muniyandi Selvaraj / Shrikant B Kokate / Esa-Pekka Kumpula / Senena Corbalán-García / Juha T Huiskonen /
要旨: Fascins are crucial actin-binding proteins linked to carcinomas, such as cancer metastasis. Fascins crosslink unipolar actin filaments into linear and rigid parallel bundles, which play essential ...Fascins are crucial actin-binding proteins linked to carcinomas, such as cancer metastasis. Fascins crosslink unipolar actin filaments into linear and rigid parallel bundles, which play essential roles in the formation of filopodia, stereocilia and other membrane protrusions. However, the mechanism of how fascin bundles actin filaments has remained elusive. Here, we studied the organization of reconstituted fascin-actin bundles by cryo-electron tomography and determined the structure of the fascin-actin complex at 9 Å resolution by subtomogram averaging. Consistent with earlier findings, fascin molecules decorate adjacent actin filaments, positioned at regular intervals corresponding to the half-pitch of actin filaments. The fascin-actin complex structure allows us to verify the binding orientation of fascin between the two actin filaments. Fitting of the previously solved fascin crystal structure facilitates the analysis of the interaction surfaces. Our structural models serve as a blueprint to understand the detailed interactions between fascin and actins and provide new insights for the development of drugs targeting fascin proteins.
履歴
登録2024年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51663.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51663.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 925.8 Å		3.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 925.8 Å		3.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 925.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.086 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-2.2990992 - 6.529788
平均 (標準偏差)0.0065893303 (±0.3386008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 925.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51663_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51663_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51663_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Purified fascin mixed with purified actin filaments

全体名称: Purified fascin mixed with purified actin filaments
要素
  • 複合体: Purified fascin mixed with purified actin filaments
    • 細胞器官・細胞要素: fascin protein
      • Other: fascin protein
    • 細胞器官・細胞要素: actin filament
      • Other: actin filament

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超分子 #1: Purified fascin mixed with purified actin filaments

超分子名称: Purified fascin mixed with purified actin filaments / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: fascin protein

超分子名称: fascin protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: actin filament

超分子名称: actin filament / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: fascin protein

分子名称: fascin protein / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTANGTAEAV QIQFGLINCG NKYLTAEAFG FKVNASASSL KKKQIWTLEQ PPDEAGSAAV CLRSHLGRYL AADKDGNVTC EREVPGPDCR FLIVAHDDGR WSLQSEAHRR YFGGTEDRLS CFAQTVSPAE KWSVHIAMH PQVNIYSVTR EEYAHLSARP ADEIAVDRDV ...文字列:
MTANGTAEAV QIQFGLINCG NKYLTAEAFG FKVNASASSL KKKQIWTLEQ PPDEAGSAAV CLRSHLGRYL AADKDGNVTC EREVPGPDCR FLIVAHDDGR WSLQSEAHRR YFGGTEDRLS CFAQTVSPAE KWSVHIAMH PQVNIYSVTR EEYAHLSARP ADEIAVDRDV PWGVDSLITL AFQDQRYSVQ TADHRFLRHD GRLVARPEPA TGYTLEFRSG KVAFRDCEGR YLAPSGPSGT LKAGKATKVG KDELFALEQS CAQVVLQAA NERNVSTRQG MDLSANQDEE TDQETFQLEI DRDTKKCAFR THTGEYWTLT ATGGVQSTAS SKNASCYFDI EWRDRRITLR ASNGKFVTSK KNGQLAASVE TAGDSELFLM KLINRPIIVF RGEHGFIGC RKVTGTLDAN RSSYDVFQLE FNDGAYNIKD STGKYWTVGS DSAVTSSGDT PVDFFFEFCD YNKVAIKVGG RYLKGDHAGV LKASAETVDP ASLWEY
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: actin filament

分子名称: actin filament / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHTF YNELRVAPEE HPVLL TEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV THTVPIYEGY ...文字列:
MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHTF YNELRVAPEE HPVLL TEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV THTVPIYEGY ALPHAILRLD LAGRDLTDYL MKILTERGYS FTTTAEREIV R DIKEKLCY VALDFEQEMA TAASSSSLEK SYELPDGQVI TIGNERFRCP EALFQPSFLG MESCGIHETT FNSIMKCDVD IRKDLYANTV LSGGTTMYPG IADRMQK EI TALAPSTMKI KIIAPPERKY SVWIGGSILA SLSTFQQMWI SKQEYDESGP SIVHRKCF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用したサブトモグラム数: 6535
抽出トモグラム数: 202 / 使用した粒子像数: 6535 / ソフトウェア - 名称: Warp
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. v1.1.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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