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- EMDB-51636: MUC5AC mucin amino acids 28 to 1483 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51636
タイトルMUC5AC mucin amino acids 28 to 1483
マップデータmap resulting from local refinement around one bead of the MUC5AC two-start helix
試料
  • 複合体: filament of the MUC5AC amino-terminal segment
    • タンパク質・ペプチド: Mucin-5AC
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: water
キーワードmucin / lung / filament / polymer / disulfide / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


mucus layer / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / extracellular matrix structural constituent / Dectin-2 family / extracellular matrix / Golgi lumen ...mucus layer / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / extracellular matrix structural constituent / Dectin-2 family / extracellular matrix / Golgi lumen / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain ...WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Haberman M / Kamyshinsky R / Fass D
資金援助European Union, イスラエル, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101097867European Union
Israel Science Foundation2660/20 イスラエル
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: MUC5AC filaments illuminate the structural diversification of respiratory and intestinal mucins.
著者: Meital Haberman / Roman Kamyshinsky / Nava Reznik / Noa Yeshaya / Lev Khmelnitsky / Elizabeth G Plender / Evan E Eichler / Deborah Fass /
要旨: Secreted mucins are multimegadalton glycoprotein polymers that share the function of protecting mucosal tissues but diversified for activities in different organs of the body. Structural studies of ...Secreted mucins are multimegadalton glycoprotein polymers that share the function of protecting mucosal tissues but diversified for activities in different organs of the body. Structural studies of secreted mucins are complicated by the enormous sizes, flexibility, and complex supramolecular assembly modes of these glycoproteins. The two major respiratory mucins are MUC5AC and MUC5B. Here, we present structures of a large amino-terminal segment of MUC5AC in the form of helical filaments. These filaments differ from filamentous and tubular structures observed previously for the intestinal mucin MUC2 and the partial mucin homolog VWF. Nevertheless, the MUC5AC helical filaments support the proposed mechanism, based on MUC2 and VWF, for how noncovalent interactions between mucin monomers guide disulfide crosslinking to form polymers. The high-resolution MUC5AC structures show how local and limited changes in amino acid sequence can profoundly affect higher-order assembly while preserving the overall folds and polymerization activity of mucin glycoproteins. Differences in supramolecular assembly are likely to be functionally significant considering the divergence of mechanical properties and physiological requirements between respiratory and intestinal mucins. Determining the high-resolution structures of respiratory mucins provides a foundation for understanding the mechanisms by which they clean and protect the lungs. Moreover, the MUC5AC structure enables visualization of the sites of human amino acid sequence variation and disease-associated mutations.
履歴
登録2024年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51636.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51636.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 634.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map resulting from local refinement around one bead of the MUC5AC two-start helix
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 550 pix.
= 453.31 Å		0.82 Å/pix.
x 550 pix.
= 453.31 Å		0.82 Å/pix.
x 550 pix.
= 453.31 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8242 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.256
最小 - 最大-0.92513466 - 1.3125702
平均 (標準偏差)0.001104921 (±0.031936783)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ550550550
Spacing550550550
セルA=B=C: 453.31 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51636_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51636_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : filament of the MUC5AC amino-terminal segment

全体名称: filament of the MUC5AC amino-terminal segment
要素
  • 複合体: filament of the MUC5AC amino-terminal segment
    • タンパク質・ペプチド: Mucin-5AC
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: filament of the MUC5AC amino-terminal segment

超分子名称: filament of the MUC5AC amino-terminal segment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: lung / 細胞中の位置: secreted

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分子 #1: Mucin-5AC

分子名称: Mucin-5AC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 157.080688 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QDGSSESSYK HHPALSPIAR GPSGVPLRGA TVFPSLRTIP VVRASNPAHN GRVCSTWGSF HYKTFDGDVF RFPGLCNYVF SEHCGAAYE DFNIQLRRSQ ESAAPTLSRV LMKVDGVVIQ LTKGSVLVNG HPVLLPFSQS GVLIQQSSSY TKVEARLGLV L MWNHDDSL ...文字列:
QDGSSESSYK HHPALSPIAR GPSGVPLRGA TVFPSLRTIP VVRASNPAHN GRVCSTWGSF HYKTFDGDVF RFPGLCNYVF SEHCGAAYE DFNIQLRRSQ ESAAPTLSRV LMKVDGVVIQ LTKGSVLVNG HPVLLPFSQS GVLIQQSSSY TKVEARLGLV L MWNHDDSL LLELDTKYAN KTCGLCGDFN GMPVVSELLS HNTKLTPMEF GNLQKMDDPT DQCQDPVPEP PRNCSTGFGI CE ELLHGQL FSGCVALVDV GSYLEACRQD LCFCEDTDLL SCVCHTLAEY SRQCTHAGGL PQDWRGPDFC PQKCPNNMQY HEC RSPCAD TCSNQEHSRA CEDHCVAGCF CPEGTVLDDI GQTGCVPVSK CACVYNGAAY APGATYSTDC TNCTCSGGRW SCQE VPCPG TCSVLGGAHF STFDGKQYTV HGDCSYVLTK PCDSSAFTVL AELRRCGLTD SETCLKSVTL SLDGAQTVVV IKASG EVFL NQIYTQLPIS AANVTIFRPS TFFIIAQTSL GLQLNLQLVP TMQLFMQLAP KLRGQTCGLC GNFNSIQADD FRTLSG VVE ATAAAFFNTF KTQAACPNIR NSFEDPCSLS VENEKYAQHW CSQLTDADGP FGRCHAAVKP GTYYSNCMFD TCNCERS ED CLCAALSSYV HACAAKGVQL GGWRDGVCTK PMTTCPKSMT YHYHVSTCQP TCRSLSEGDI TCSVGFIPVD GCICPKGT F LDDTGKCVQA SNCPCYHRGS MIPNGESVHD SGAICTCTHG KLSCIGGQAP APVCAAPMVF FDCRNATPGD TGAGCQKSC HTLDMTCYSP QCVPGCVCPD GLVADGEGGC ITAEDCPCVH NEASYRAGQT IRVGCNTCTC DSRMWRCTDD PCLATCAVYG DGHYLTFDG QSYSFNGDCE YTLVQNHCGG KDSTQDSFRV VTENVPCGTT GTTCSKAIKI FLGGFELKLS HGKVEVIGTD E SQEVPYTI RQMGIYLVVD TDIGLVLLWD KKTSIFINLS PEFKGRVCGL CGNFDDIAVN DFATRSRSVV GDVLEFGNSW KL SPSCPDA LAPKDPCTAN PFRKSWAQKQ CSILHGPTFA ACHAHVEPAR YYEACVNDAC ACDSGGDCEC FCTAVAAYAQ ACH EVGLCV SWRTPSICPL FCDYYNPEGQ CEWHYQPCGV PCLRTCRNPR GDCLRDVRGL EGCYPKCPPE APIFDEDKMQ CVAT CPTPP LPPRCHVHGK SYRPGAVVPS DKNCQSCLCT ERGVECTYKA EACVCTYNGQ RFHPGDVIYH TTDGTGGCIS ARCGA NGTI ERRVYPCSPT TPVPPTTFSF STPPLVVSST HTPSNGPSSA HTGPPSSAWP TTAGTSPRTR LPTASASLPP VCGEKC LWS PWMDVSRPGR GTDSGDFDTL ENLRAHGYRV CESPRSVECR AEDAPGVPLR ALGQRVQCSP DVGLTCRNRE QASGLCY NY QIRVQCCTPL PCST

UniProtKB: Mucin-5AC

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 177 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 5.2
構成要素:
濃度名称式
100.0 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid
1.0 Msodium chlorideNaCl
10.0 mMcalcium chlorideCaCl2
45.0 micromolarzinc chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 198256
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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