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万見
- EMDB-51566: Cryo-EM structure of a contractile injection system in Streptomyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51566
タイトルCryo-EM structure of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor, the cap portion in extended state.
マップデータ
試料
  • 複合体: The cap module of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail sheath family protein
    • タンパク質・ペプチド: Pvc16 N-terminal domain-containing protein
キーワードContractile injection system / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Pvc16, N-terminal / Pvc16 N-terminal domain / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain ...Pvc16, N-terminal / Pvc16 N-terminal domain / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Pvc16 N-terminal domain-containing protein / Phage tail sheath family protein / Phage tail protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Casu B / Sallmen JW / Hass PE / Afanasyev P / Xu J / Schlimpert S / Pilhofer M
資金援助 スイス, European Union, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_179255 スイス
European Research Council (ERC)679209European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T015349/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01097X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Firing and cellular function of the Streptomyces coelicolor contractile injection system require the membrane protein CisA
著者: Casu B / Sallmen JW / Hass PE / Afanasyev P / Xu J / Schlimpert S / Pilhofer M
履歴
登録2024年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51566.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51566.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 420 pix.
= 447.3 Å		1.07 Å/pix.
x 420 pix.
= 447.3 Å		1.07 Å/pix.
x 420 pix.
= 447.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.421
最小 - 最大-1.8494335 - 3.2251318
平均 (標準偏差)0.0024821006 (±0.119147025)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 447.30002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51566_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51566_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51566_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The cap module of a contractile injection system in Streptomyces ...

全体名称: The cap module of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor
要素
  • 複合体: The cap module of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail sheath family protein
    • タンパク質・ペプチド: Pvc16 N-terminal domain-containing protein

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超分子 #1: The cap module of a contractile injection system in Streptomyces ...

超分子名称: The cap module of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)

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分子 #1: Phage tail protein

分子名称: Phage tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 16.493668 KDa
配列文字列:
MSLPKPEDVL VAPNFGIQID GVMVEYLNSV SNLQIEQDVI RYQQNQGTTG RNNVTLMPGV AKDGSVQVER GMSQSSVFTQ WINDSMAGR MATARKNATI IVMDYEDNPV KRWNLRNAWC SKVVAGTLKA GDTNALTETI TIVFEELVVE

UniProtKB: Phage tail protein

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分子 #2: Phage tail sheath family protein

分子名称: Phage tail sheath family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 57.465113 KDa
配列文字列: MPSYLSPGVY VEEVASGSRP IEGVGIEGVG TSVAAFVGLA PTGPLNEPTL VTNWTQYVAA FGDFTGGYYL AHSVYGFFNN GGSAAYVVR VGGSAEDAAA DGSVNGAAAP AAVTGSTAKA LPAAEPKQLG TFAVTATAAG QSGPLTVEVA DPEGEGPAER F KLIVKDGD ...文字列:
MPSYLSPGVY VEEVASGSRP IEGVGIEGVG TSVAAFVGLA PTGPLNEPTL VTNWTQYVAA FGDFTGGYYL AHSVYGFFNN GGSAAYVVR VGGSAEDAAA DGSVNGAAAP AAVTGSTAKA LPAAEPKQLG TFAVTATAAG QSGPLTVEVA DPEGEGPAER F KLIVKDGD KPVETFDVSA KKGNRSYVVT QVKERSKLIT VTEAAPSAQL VRPENQSLTL PAPPSAAPAV PAGQAESAHP GP AQYLGDS SDRTGFGGLE AIDEISMVAV PDLMAAYQRG AIDLEAVKAV QLGLIAHCEL MGDRVAIIDP PPNQNARQIR VWR QETAGY DSKYAALYYP WIKSFDPATG QSRLVPPSGH VAGIWARNDS ERGVHKAPAN EVVRGAVDLE LQITRGEQDL LNPI GVNCI RSFPGRGIRV WGARTLSSDP AWRYLNIRRY FNYLEESILI GTQWVVFEPN DHNLWARIRR NVSAFLVNEW RNGAL FGQS PDQAYYVKCD EETNPPESVD LGRVVCEIGI APVKPAEFVI FRLAQFSSGG GELDE

UniProtKB: Phage tail sheath family protein

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分子 #3: Pvc16 N-terminal domain-containing protein

分子名称: Pvc16 N-terminal domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 24.713115 KDa
配列文字列: MIHEVDEVLK ALLKGGALTD SGIDVAFEAP TRDWAARRNA PVVNAYLYDI REDVGRRHRG QVAVRDQDDI VVKRRQPPRW FRLSYLVTA WTKTPQDEHR LLSAVLATLL PREQLPPYEL PGALGAMNLP VPMTVAGVQT ESRSLAEIWS ALGGELKPSL D LVVTAPFP ...文字列:
MIHEVDEVLK ALLKGGALTD SGIDVAFEAP TRDWAARRNA PVVNAYLYDI REDVGRRHRG QVAVRDQDDI VVKRRQPPRW FRLSYLVTA WTKTPQDEHR LLSAVLATLL PREQLPPYEL PGALGAMNLP VPMTVAGVQT ESRSLAEIWS ALGGELKPSL D LVVTAPFP AYPEYDAGPP VTEGATVRIG GVEGDPPMSE GRSHRPHQVA AARAARKAVT DGRTKRQ

UniProtKB: Pvc16 N-terminal domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19218
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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