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万見
- EMDB-51524: Maps from particle subsets of methylamine treated human complemen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51524
タイトルMaps from particle subsets of methylamine treated human complement C3 showing three distinct ANA positions
マップデータC3MA map showing ANA position #2
試料
  • 複合体: methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enabling dimer formation
    • 複合体: nanobody hC3Nb1 with mutation
    • 複合体: complement C3
キーワードComplement / nanobody / IMMUNE SYSTEM
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Joergensen MH / Andersen GR
資金援助 デンマーク, 3件
OrganizationGrant number国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0052105 デンマーク
Danish Council for Independent Research4181-00137B デンマーク
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM analysis of complement C3 reveals a reversible major opening of the macroglobulin ring.
著者: Trine Amalie Fogh Gadeberg / Martin Høgholm Jørgensen / Heidi Gytz Olesen / Josefine Lorentzen / Seandean Lykke Harwood / Ana Viana Almeida / Marlene Uglebjerg Fruergaard / Rasmus Kjeldsen ...著者: Trine Amalie Fogh Gadeberg / Martin Høgholm Jørgensen / Heidi Gytz Olesen / Josefine Lorentzen / Seandean Lykke Harwood / Ana Viana Almeida / Marlene Uglebjerg Fruergaard / Rasmus Kjeldsen Jensen / Philipp Kanis / Henrik Pedersen / Emil Tranchant / Steen Vang Petersen / Ida Buch Thøgersen / Birthe Brandt Kragelund / Joseph Anthony Lyons / Jan Johannes Enghild / Gregers Rom Andersen /
要旨: The C3 protein is the central molecule within the complement system and undergoes proteolytic activation to C3b in the presence of pathogens. Pattern-independent activation of C3 also occurs via ...The C3 protein is the central molecule within the complement system and undergoes proteolytic activation to C3b in the presence of pathogens. Pattern-independent activation of C3 also occurs via hydrolysis, resulting in C3(HO), but the structural details of C3 hydrolysis remain elusive. Here we show that the conformation of the C3(HO) analog, C3MA, is indistinguishable from C3b. In contrast, the reaction intermediate C3* adopts a conformation dramatically different from both C3 and C3MA. In C3*, unlocking of the macroglobulin (MG) 3 domain creates a large opening in the MG ring through which the anaphylatoxin (ANA) domain translocates through a transient opening. C3MA formation is inhibited by an MG3-specific nanobody and prevented by linking the ANA domain to the C3 β-chain. Our study reveals an unexpected dynamic behavior of C3 and forms the basis for elucidation of the in vivo contribution of C3 hydrolysis and for controlling complement upon intravascular hemolysis and surface-contact-induced activation.
履歴
登録2024年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51524.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51524.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C3MA map showing ANA position #2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 480 pix.
= 310.56 Å		0.65 Å/pix.
x 480 pix.
= 310.56 Å		0.65 Å/pix.
x 480 pix.
= 310.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.647 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.08336025 - 0.20146246
平均 (標準偏差)0.00024344432 (±0.00858295)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 310.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: C3MA map showing ANA position #1

ファイルemd_51524_additional_1.map
注釈C3MA map showing ANA position #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: C3MA map showing ANA position #1 half B

ファイルemd_51524_additional_2.map
注釈C3MA map showing ANA position #1 half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: C3MA map showing ANA position #1 half A

ファイルemd_51524_additional_3.map
注釈C3MA map showing ANA position #1 half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: C3MA map showing ANA position #3 half A

ファイルemd_51524_additional_4.map
注釈C3MA map showing ANA position #3 half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: C3MA map showing ANA position #3

ファイルemd_51524_additional_5.map
注釈C3MA map showing ANA position #3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: C3MA map showing ANA position #3 half B

ファイルemd_51524_additional_6.map
注釈C3MA map showing ANA position #3 half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: C3MA map showing ANA position #2 half B

ファイルemd_51524_half_map_1.map
注釈C3MA map showing ANA position #2 half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: C3MA map showing ANA position #2 half A

ファイルemd_51524_half_map_2.map
注釈C3MA map showing ANA position #2 half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enab...

全体名称: methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enabling dimer formation
要素
  • 複合体: methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enabling dimer formation
    • 複合体: nanobody hC3Nb1 with mutation
    • 複合体: complement C3

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超分子 #1: methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enab...

超分子名称: methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enabling dimer formation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 185 KDa

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超分子 #2: nanobody hC3Nb1 with mutation

超分子名称: nanobody hC3Nb1 with mutation / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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超分子 #3: complement C3

超分子名称: complement C3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 59.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.438 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.17 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16159
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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