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- EMDB-17103: Structure of methylamine treated human complement C3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17103
タイトルStructure of methylamine treated human complement C3
マップデータfull map of methylamine treated C3
試料
  • 複合体: methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enabling dimer formation
    • 複合体: nanobody hC3Nb1 with mutation
      • タンパク質・ペプチド: nanobody hC3Nb1 with mutation
    • 複合体: complement C3
      • タンパク質・ペプチド: Complement C3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinnate immune system / complement / activation / nanobody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / fatty acid metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / positive regulation of protein phosphorylation / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain ...Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gadeberg TAF / Andersen GR
資金援助 デンマーク, 3件
OrganizationGrant number国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0052105 デンマーク
Danish Council for Independent Research4181-00137B デンマーク
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM analysis of complement C3 reveals a reversible major opening of the macroglobulin ring.
著者: Trine Amalie Fogh Gadeberg / Martin Høgholm Jørgensen / Heidi Gytz Olesen / Josefine Lorentzen / Seandean Lykke Harwood / Ana Viana Almeida / Marlene Uglebjerg Fruergaard / Rasmus Kjeldsen ...著者: Trine Amalie Fogh Gadeberg / Martin Høgholm Jørgensen / Heidi Gytz Olesen / Josefine Lorentzen / Seandean Lykke Harwood / Ana Viana Almeida / Marlene Uglebjerg Fruergaard / Rasmus Kjeldsen Jensen / Philipp Kanis / Henrik Pedersen / Emil Tranchant / Steen Vang Petersen / Ida Buch Thøgersen / Birthe Brandt Kragelund / Joseph Anthony Lyons / Jan Johannes Enghild / Gregers Rom Andersen /
要旨: The C3 protein is the central molecule within the complement system and undergoes proteolytic activation to C3b in the presence of pathogens. Pattern-independent activation of C3 also occurs via ...The C3 protein is the central molecule within the complement system and undergoes proteolytic activation to C3b in the presence of pathogens. Pattern-independent activation of C3 also occurs via hydrolysis, resulting in C3(HO), but the structural details of C3 hydrolysis remain elusive. Here we show that the conformation of the C3(HO) analog, C3MA, is indistinguishable from C3b. In contrast, the reaction intermediate C3* adopts a conformation dramatically different from both C3 and C3MA. In C3*, unlocking of the macroglobulin (MG) 3 domain creates a large opening in the MG ring through which the anaphylatoxin (ANA) domain translocates through a transient opening. C3MA formation is inhibited by an MG3-specific nanobody and prevented by linking the ANA domain to the C3 β-chain. Our study reveals an unexpected dynamic behavior of C3 and forms the basis for elucidation of the in vivo contribution of C3 hydrolysis and for controlling complement upon intravascular hemolysis and surface-contact-induced activation.
履歴
登録2023年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17103.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full map of methylamine treated C3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 480 pix.
= 310.56 Å		0.65 Å/pix.
x 480 pix.
= 310.56 Å		0.65 Å/pix.
x 480 pix.
= 310.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.647 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.14612345 - 0.27055904
平均 (標準偏差)0.00023026997 (±0.0077695367)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 310.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A of methylamine treated C3

ファイルemd_17103_half_map_1.map
注釈half map A of methylamine treated C3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17103_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enab...

全体名称: methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enabling dimer formation
要素
  • 複合体: methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enabling dimer formation
    • 複合体: nanobody hC3Nb1 with mutation
      • タンパク質・ペプチド: nanobody hC3Nb1 with mutation
    • 複合体: complement C3
      • タンパク質・ペプチド: Complement C3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enab...

超分子名称: methylamine treated complement C3 in complex with a nanobody enabling dimer formation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 185 KDa

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超分子 #2: nanobody hC3Nb1 with mutation

超分子名称: nanobody hC3Nb1 with mutation / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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超分子 #3: complement C3

超分子名称: complement C3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Complement C3

分子名称: Complement C3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: this is a two chain protein, see uniprot entry co3_human. Compared to this entry, the signal peptide is missing and furin cleavage has removed residues 668-671. the remaining residues are in ...詳細: this is a two chain protein, see uniprot entry co3_human. Compared to this entry, the signal peptide is missing and furin cleavage has removed residues 668-671. the remaining residues are in the molecule but not modelled
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 185.173281 KDa
配列文字列: SPMYSIITPN ILRLESEETM VLEAHDAQGD VPVTVTVHDF PGKKLVLSSE KTVLTPATNH MGNVTFTIPA NREFKSEKGR NKFVTVQAT FGTQVVEKVV LVSLQSGYLF IQTDKTIYTP GSTVLYRIFT VNHKLLPVGR TVMVNIENPE GIPVKQDSLS S QNQLGVLP ...文字列:
SPMYSIITPN ILRLESEETM VLEAHDAQGD VPVTVTVHDF PGKKLVLSSE KTVLTPATNH MGNVTFTIPA NREFKSEKGR NKFVTVQAT FGTQVVEKVV LVSLQSGYLF IQTDKTIYTP GSTVLYRIFT VNHKLLPVGR TVMVNIENPE GIPVKQDSLS S QNQLGVLP LSWDIPELVN MGQWKIRAYY ENSPQQVFST EFEVKEYVLP SFEVIVEPTE KFYYIYNEKG LEVTITARFL YG KKVEGTA FVIFGIQDGE QRISLPESLK RIPIEDGSGE VVLSRKVLLD GVQNPRAEDL VGKSLYVSAT VILHSGSDMV QAE RSGIPI VTSPYQIHFT KTPKYFKPGM PFDLMVFVTN PDGSPAYRVP VAVQGEDTVQ SLTQGDGVAK LSINTHPSQK PLSI TVRTK KQELSEAEQA TRTMQALPYS TVGNSNNYLH LSVLRTELRP GETLNVNFLL RMDRAHEAKI RYYTYLIMNK GRLLK AGRQ VREPGQDLVV LPLSITTDFI PSFRLVAYYT LIGASGQREV VADSVWVDVK DSCVGSLVVK SGQSEDRQPV PGQQMT LKI EGDHGARVVL VAVDKGVFVL NKKNKLTQSK IWDVVEKADI GCTPGSGKDY AGVFSDAGLT FTSSSGQQTA QRAELQC PQ PAARRRRSVQ LTEKRMDKVG KYPKELRKCC EDGMRENPMR FSCQRRTRFI SLGEACKKVF LDCCNYITEL RRQHARAS H LGLARSNLDE DIIAEENIVS RSEFPESWLW NVEDLKEPPK NGISTKLMNI FLKDSITTWE ILAVSMSDKK GICVADPFE VTVMQDFFID LRLPYSVVRN EQVEIRAVLY NYRQNQELKV RVELLHNPAF CSLATTKRRH QQTVTIPPKS SLSVPYVIVP LKTGLQEVE VKAAVYHHFI SDGVRKSLKV VPEGIRMNKT VAVRTLDPER LGREGVQKED IPPADLSDQV PDTESETRIL L QGTPVAQM TEDAVDAERL KHLIVTPSGC GEQNMIGMTP TVIAVHYLDE TEQWEKFGLE KRQGALELIK KGYTQQLAFR QP SSAFAAF VKRAPSTWLT AYVVKVFSLA VNLIAIDSQV LCGAVKWLIL EKQKPDGVFQ EDAPVIHQEM IGGLRNNNEK DMA LTAFVL ISLQEAKDIC EEQVNSLPGS ITKAGDFLEA NYMNLQRSYT VAIAGYALAQ MGRLKGPLLN KFLTTAKDKN RWED PGKQL YNVEATSYAL LALLQLKDFD FVPPVVRWLN EQRYYGGGYG STQATFMVFQ ALAQYQKDAP DHQELNLDVS LQLPS RSSK ITHRIHWESA SLLRSEETKE NEGFTVTAEG KGQGTLSVVT MYHAKAKDQL TCNKFDLKVT IKPAPETEKR PQDAKN TMI LEICTRYRGD QDATMSILDI SMMTGFAPDT DDLKQLANGV DRYISKYELD KAFSDRNTLI IYLDKVSHSE DDCLAFK VH QYFNVELIQP GAVKVYAYYN LEESCTRFYH PEKEDGKLNK LCRDELCRCA EENCFIQKSD DKVTLEERLD KACEPGVD Y VYKTRLVKVQ LSNDFDEYIM AIEQTIKSGS DEVQVGQQRT FISPIKCREA LKLEEKKHYL MWGLSSDFWG EKPNLSYII GKDTWVEHWP EEDECQDEEN QKQCQDLGAF TESMVVFGCP N

UniProtKB: Complement C3

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分子 #2: nanobody hC3Nb1 with mutation

分子名称: nanobody hC3Nb1 with mutation / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.203742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVETGGG LVQAGGSLRL SCAASGSIFS INAMGWFRQA PGKEREFVAT INRSGGRTYY ADSVKGRFTI SRDNGKNMVY LQMHSLKPE DTAIYYCAAG TGWSPQTDCE YNYWGQGTQV TVSSHHHHHH

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 59.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.438 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.17 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 197438
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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