[日本語] English
万見
- EMDB-51510: Structure of a Ca2+ bound phosphoenzyme intermediate in the inwar... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51510
タイトルStructure of a Ca2+ bound phosphoenzyme intermediate in the inward-to-outward transition of Ca2+-ATPase 1 from Listeria monocytogenes
マップデータ
試料
  • 複合体: Ca2+-ATPase 1 from Listeria monocytogenes (LMCA1) with Ca2+, PO4- and Mg2+.
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-transporting ATPase lmo0841
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードMembrane Protein / Intermediate / P-type ATPase / Calcium Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type ion transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N ...Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-transporting ATPase lmo0841
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Hansen SB / Flygaard RF / Kjaergaard M / Nissen P
資金援助 ドイツ, デンマーク, 4件
OrganizationGrant number国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
Danish Council for Independent Research7014-00328B デンマーク
LundbeckfondenR310-2018-3713 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF20OC0060483 デンマーク
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2025
タイトル: Structure of the [Ca]E2P intermediate of Ca-ATPase 1 from Listeria monocytogenes.
著者: Sara Basse Hansen / Rasmus Kock Flygaard / Magnus Kjaergaard / Poul Nissen /
要旨: Active transport by P-type Ca-ATPases maintain internal calcium stores and a low cytosolic calcium concentration. Structural studies of mammalian sarco/endoplasmic reticulum Ca-ATPases (SERCA) have ...Active transport by P-type Ca-ATPases maintain internal calcium stores and a low cytosolic calcium concentration. Structural studies of mammalian sarco/endoplasmic reticulum Ca-ATPases (SERCA) have revealed several steps of the transport cycle, but a calcium-releasing intermediate has remained elusive. Single-molecule FRET studies of the bacterial Ca-ATPase LMCA1 revealed an intermediate of the transition between so-called [Ca]E1P and E2P states and suggested that calcium release from this intermediate was the essentially irreversible step of transport. Here, we present a 3.5 Å resolution cryo-EM structure for a four-glycine insertion mutant of LMCA1 in a lipid nanodisc obtained under conditions with calcium and ATP and adopting such an intermediate state, denoted [Ca]E2P. The cytosolic domains are positioned in the E2P-like conformation, while the calcium-binding transmembrane (TM) domain adopts a calcium-bound E1P-ADP-like conformation. Missing density for the E292 residue at the calcium site (the equivalent of SERCA1a E309) suggests flexibility and a site poised for calcium release and proton uptake. The structure suggests a mechanism where ADP release and re-organization of the cytoplasmic domains precede calcium release.
履歴
登録2024年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_51510.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.29 Å/pix.
x 240 pix.
= 310.56 Å		1.29 Å/pix.
x 240 pix.
= 310.56 Å		1.29 Å/pix.
x 240 pix.
= 310.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.294 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.225
最小 - 最大-0.1149608 - 0.78842133
平均 (標準偏差)0.0003421209 (±0.019822842)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 310.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51510_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51510_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Ca2+-ATPase 1 from Listeria monocytogenes (LMCA1) with Ca2+, PO4-...

全体名称: Ca2+-ATPase 1 from Listeria monocytogenes (LMCA1) with Ca2+, PO4- and Mg2+.
要素
  • 複合体: Ca2+-ATPase 1 from Listeria monocytogenes (LMCA1) with Ca2+, PO4- and Mg2+.
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-transporting ATPase lmo0841
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: Ca2+-ATPase 1 from Listeria monocytogenes (LMCA1) with Ca2+, PO4-...

超分子名称: Ca2+-ATPase 1 from Listeria monocytogenes (LMCA1) with Ca2+, PO4- and Mg2+.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)

-
分子 #1: Calcium-transporting ATPase lmo0841

分子名称: Calcium-transporting ATPase lmo0841 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type Ca2+ transporter
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)
分子量理論値: 99.416422 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAEIYRKSAA ETFTQLEATE KGLTTSEVTK RQEKYGFNEL KNKKKGGGGD PLWKLFLETF KDPMVIVLVI AALVQLVLGE VVESLIIFL VLIVNSIISV VQTRKAESSL DALREMSAPV AKVIRDGSKQ SIHARELVPG DVVILDAGDF VPADGRLFES G SLKIDEGM ...文字列:
MAEIYRKSAA ETFTQLEATE KGLTTSEVTK RQEKYGFNEL KNKKKGGGGD PLWKLFLETF KDPMVIVLVI AALVQLVLGE VVESLIIFL VLIVNSIISV VQTRKAESSL DALREMSAPV AKVIRDGSKQ SIHARELVPG DVVILDAGDF VPADGRLFES G SLKIDEGM LTGESEAVEK YIDTIPDEVG LGDRVNMVFS GSLVVYGRGM FVVTGTASET EIGKIAGLLE TAEAKQTPLQ RK LESFSKK LGLGILALCV LIFAVEAGRV LLGDNSADMA TAILNAFMFA VAVAVAAIPE ALSSIVTIVL AVGTNKMAKQ HAI IRKLPA VETLGSTSVI CT(PHD)KTGTLTQ NKMTVVDYYL PDGTKENFPE SPENWSEGER RLIHIAVLCN DSNINSEGKE LGDPTEVAL IAFSNKNNQD YNEIREKFIR EGEIPFDSDR KLMSTLHTFN ENKAMLTKGG PDVMFARCSY VFLDGEEKPM T EEILAKLK ETNEEFSNQA LRVLAYGYKR MPADTTELKL EDEQDIVLVG LTAMIDPPRE AVYASIEESK KAGIRTVMIT GD HKTTAQA IGRDIGLMDA DDIALTGQEL DAMPEEELDK KLEHIAVYAR VSPENKIRIV KAWQKKGKIT AMTGDGVNDA PAL KQADIG VAMGSGTDVA KDSAAMILTD DNFVSIVDAV GVGRTVFDNI KKSIAYLFAG NLGAIIAILF ALVLDWINPF TALQ LLFIN LVNDSLPAIA LGMEKAEPDV MKRKPRDINE GIFAGGTMRA VISRGVLIGI AVIISQYIGM QISPEMSVAM AFTTL ILAR TLQTFAARSN VQTAFGAGFF SNKYVIGAVL LCFVLYGITV LPGAREIFSI PASFGLHEWS IAAGLALAAV VMMEII KVV QNKFFKDYDI PTTENLYFQG LEHHHHHHHH HH

UniProtKB: Calcium-transporting ATPase lmo0841

-
分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 58.75 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6zhh

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 101034
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る