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万見
- EMDB-51507: Cryo-EM map of dimeric AvrSr35 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51507
タイトルCryo-EM map of dimeric AvrSr35
マップデータCryo-EM map of dimeric AvrSr35
試料
  • 複合体: Dimeric complex of wheat stem rust effector AvrSr35
    • タンパク質・ペプチド: Avirulence factor
キーワードDimer / plant immunity / ANTIFUNGAL PROTEIN
機能・相同性Avirulence factor
機能・相同性情報
生物種Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Macha A / Gunkel M / Lawson AW / Schulze-Lefert P / Behrmann E
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)INST 216/949-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 216/512/1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A versatile protocol for purifying recombinant proteins from Nicotiana benthamiana
著者: Lawson AW / Macha A / Neumann U / Gunkel M / Chai JJ / Behrmann E / Schulze-Lefert P
履歴
登録2024年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51507.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of dimeric AvrSr35
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.84 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.84 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.862 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.35
最小 - 最大-6.433984 - 9.234494
平均 (標準偏差)-0.00012976183 (±0.14955808)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 275.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhancer-sharpened cryo-EM map of dimeric AvrSr35

ファイルemd_51507_additional_1.map
注釈DeepEMhancer-sharpened cryo-EM map of dimeric AvrSr35
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM map of dimeric AvrSr35 - odd half-map

ファイルemd_51507_half_map_1.map
注釈Cryo-EM map of dimeric AvrSr35 - odd half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM map of dimeric AvrSr35 - even half-map

ファイルemd_51507_half_map_2.map
注釈Cryo-EM map of dimeric AvrSr35 - even half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric complex of wheat stem rust effector AvrSr35

全体名称: Dimeric complex of wheat stem rust effector AvrSr35
要素
  • 複合体: Dimeric complex of wheat stem rust effector AvrSr35
    • タンパク質・ペプチド: Avirulence factor

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超分子 #1: Dimeric complex of wheat stem rust effector AvrSr35

超分子名称: Dimeric complex of wheat stem rust effector AvrSr35 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: Avirulence factor

分子名称: Avirulence factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類)
分子量理論値: 71.213438 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MAMRNFAADR VHGVESVISG SKSSSNPMAL SKSMDKPDTS DLVDSNVQAK NDGSRYEEDF TAKYSEQVDH VSKILKEIEE QEPGTIIID HKAFPIQDKS PKQVVNFPFP KKMITESNSK DIREYLASTF PFEQQSTILD SVKSIAKVQI DDRKAFDLQL K FRQENLAE ...文字列:
MAMRNFAADR VHGVESVISG SKSSSNPMAL SKSMDKPDTS DLVDSNVQAK NDGSRYEEDF TAKYSEQVDH VSKILKEIEE QEPGTIIID HKAFPIQDKS PKQVVNFPFP KKMITESNSK DIREYLASTF PFEQQSTILD SVKSIAKVQI DDRKAFDLQL K FRQENLAE LKDQIILSLG ANNGNQNWQK LLDYTNKLDE LSNTKISPEE FIEEIQKVLY KVKLESTSTS KLYSQFNLSI QD FALQIIH SKYKSNQISQ NDLLKLITED EMLKILAKTK VLTYKMKYFD SASKMGINKY ISTEMMDLDW QFSHYKTFND ALK KNKASD SSYLGWLTHG YSIKYGLSPN NERSMFFQDG RKYAELYAFS KSPHRKIIPG EHLKDLLAKI NKSKGIFLDQ NALL DKRIY AFHELNTLET HFPGITSSFT DDLKSNYRKK MESVSLTCQV LQEIGNIHRF IESKVPYHSS TEYGLFSIPK IFSIP IDYK HGEKENLVSY VDFLYSTAHE RILQDNSINQ LCLDPLQESL NRIKSNIPVF FNLASHSSPI KPSNVHEGKL NPAFLY KVV DIKAADITSL YKKVGWSHPQ FEKGGGSGGG SGGGSWSHPQ FEKGTELGST MASYPYDVPD YA

UniProtKB: Avirulence factor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細monodisperse sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4004 / 平均露光時間: 43.0 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4190952
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / ソフトウェア - 詳細: patchCTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 250926
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / ソフトウェア - 詳細: ab initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7xds


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9gqn:
Cryo-EM map of dimeric AvrSr35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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