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- EMDB-51401: OCCM maturation intermediate stalled with an Arginine Finger muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51401
タイトルOCCM maturation intermediate stalled with an Arginine Finger mutation in Mcm5: Conformer 2. Composite map.
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: ORC-Cdt1-MCM complex
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
    • DNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードAAA+ ATPase / DNA translocase / ATPase switch / DNA replication / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / premeiotic DNA replication ...CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / premeiotic DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / nucleosome organization / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / replication fork protection complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / single-stranded DNA helicase activity / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA strand elongation involved in DNA replication / Orc1 removal from chromatin / nuclear replication fork / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / nucleosome binding / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / cell division / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Origin recognition complex, subunit 6, fungi / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 ...DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Origin recognition complex, subunit 6, fungi / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / : / MCM3 winged helix domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / EF-Hand 1, calcium-binding site / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM7 / Origin recognition complex subunit 6 / Cell division cycle protein CDT1 / Origin recognition complex subunit 5 / DNA replication licensing factor MCM6 ...DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM7 / Origin recognition complex subunit 6 / Cell division cycle protein CDT1 / Origin recognition complex subunit 5 / DNA replication licensing factor MCM6 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Butryn A / Costa A
資金援助European Union, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)820102European Union
The Francis Crick InstituteCC2009 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Unidirectional MCM translocation away from ORC drives origin licensing.
著者: Agata Butryn / Julia F Greiwe / Alessandro Costa /
要旨: The MCM motor of the eukaryotic replicative helicase is loaded as a double hexamer onto DNA by the Origin Recognition Complex (ORC), Cdc6, and Cdt1. ATP binding supports formation of the ORC-Cdc6- ...The MCM motor of the eukaryotic replicative helicase is loaded as a double hexamer onto DNA by the Origin Recognition Complex (ORC), Cdc6, and Cdt1. ATP binding supports formation of the ORC-Cdc6-Cdt1-MCM (OCCM) helicase-recruitment complex where ORC-Cdc6 and one MCM hexamer form two juxtaposed rings around duplex DNA. ATP hydrolysis by MCM completes MCM loading but the mechanism is unknown. Here, we used cryo-EM to characterise helicase loading with ATPase-dead Arginine Finger variants of the six MCM subunits. We report the structure of two MCM complexes with different DNA grips, stalled as they mature to loaded MCM. The Mcm2 Arginine Finger-variant stabilises DNA binding by Mcm2 away from ORC/Cdc6. The Arginine Finger-variant of the neighbouring Mcm5 subunit stabilises DNA engagement by Mcm5 downstream of the Mcm2 binding site. Cdc6 and Orc1 progressively disengage from ORC as MCM translocates along DNA. We observe that duplex DNA translocation by MCM involves a set of leading-strand contacts by the pre-sensor 1 ATPase hairpins and lagging-strand contacts by the helix-2-insert hairpins. Mutating any of the MCM residues involved impairs high-salt resistant DNA binding in vitro and double-hexamer formation assessed by electron microscopy. Thus, ATPase-powered duplex DNA translocation away from ORC underlies MCM loading.
履歴
登録2024年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 440 pix.
= 418. Å		0.95 Å/pix.
x 440 pix.
= 418. Å		0.95 Å/pix.
x 440 pix.
= 418. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.21565671 - 0.8917211
平均 (標準偏差)0.0053241085 (±0.024608612)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 418.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
追加マップ: Composite map density-modified in EMReady

ファイルemd_51401_additional_1.map
注釈Composite map density-modified in EMReady
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : ORC-Cdt1-MCM complex

全体名称: ORC-Cdt1-MCM complex
要素
  • 複合体: ORC-Cdt1-MCM complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle protein CDT1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • DNA: DNA (42-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: ORC-Cdt1-MCM complex

超分子名称: ORC-Cdt1-MCM complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.1 MDa

+
分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 98.911539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL ...文字列:
MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL LSDMDIDPLR EELTLESLSN VKANSYSEWI TQPNVSRTIA RELKSFLLEY TDETGRSVYG ARIRTLGEMN SE SLEVNYR HLAESKAILA LFLAKCPEEM LKIFDLVAME ATELHYPDYA RIHSEIHVRI SDFPTIYSLR ELRESNLSSL VRV TGVVTR RTGVFPQLKY VKFNCLKCGS ILGPFFQDSN EEIRISFCTN CKSKGPFRVN GEKTVYRNYQ RVTLQEAPGT VPPG RLPRH REVILLADLV DVSKPGEEVE VTGIYKNNYD GNLNAKNGFP VFATIIEANS IKRREGNTAN EGEEGLDVFS WTEEE EREF RKISRDRGII DKIISSMAPS IYGHRDIKTA VACSLFGGVP KNVNGKHSIR GDINVLLLGD PGTAKSQILK YVEKTA HRA VFATGQGASA VGLTASVRKD PITKEWTLEG GALVLADKGV CLIDEFDKMN DQDRTSIHEA MEQQSISISK AGIVTTL QA RCSIIAAANP NGGRYNSTLP LAQNVSLTEP ILSRFDILCV VRDLVDEEAD ERLATFVVDS HVRSHPENDE DREGEELK N NGESAIEQGE DEINEQLNAR QRRLQRQRKK EEEISPIPQE LLMKYIHYAR TKIYPKLHQM DMDKVSRVYA DLRRESIST GSFPITVRHL ESILRIAESF AKMRLSEFVS SYDLDRAIKV VVDSFVDAQK VSVRRQLRRS FAIYTLGH

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

+
分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 111.720242 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMEGST GFDGDATTFF APDAVFGDRV RRFQEFLDTF TSYRDSVRSI QVYNSNNAA NYNDDQDDAD ERDLLGDDDG DDLEKEKKAA SSTSLNILPH RIIISLDDLR EFDRSFWSGI LVEPAYFIPP A EKALTDLA ...文字列:
MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMEGST GFDGDATTFF APDAVFGDRV RRFQEFLDTF TSYRDSVRSI QVYNSNNAA NYNDDQDDAD ERDLLGDDDG DDLEKEKKAA SSTSLNILPH RIIISLDDLR EFDRSFWSGI LVEPAYFIPP A EKALTDLA DSMDDVPHPN ASAVSSRHPW KLSFKGSFGA HALSPRTLTA QHLNKLVSVE GIVTKTSLVR PKLIRSVHYA AK TGRFHYR DYTDATTTLT TRIPTPAIYP TEDTEGNKLT TEYGYSTFID HQRITVQEMP EMAPAGQLPR SIDVILDDDL VDK TKPGDR VNVVGVFKSL GAGGMNQSNS NTLIGFKTLI LGNTVYPLHA RSTGVAARQM LTDFDIRNIN KLSKKKDIFD ILSQ SLAPS IYGHDHIKKA ILLMLMGGVE KNLENGSHLR GDINILMVGD PSTAKSQLLR FVLNTASLAI ATTGRGSSGV GLTAA VTTD RETGERRLEA GAMVLADRGV VCIDEFDKMT DVDRVAIHEV MEQQTVTIAK AGIHTTLNAR CSVIAAANPV FGQYDV NRD PHQNIALPDS LLSRFDLLFV VTDDINEIRD RSISEHVLRT HRYLPPGYLE GEPVRERLNL SLAVGEDADI NPEEHSN SG AGVENEGEDD EDHVFEKFNP LLQAGAKLAK NKGNYNGTEI PKLVTIPFLR KYVQYAKERV IPQLTQEAIN VIVKNYTD L RNDDNTKKSP ITARTLETLI RLATAHAKVR LSKTVNKVDA KVAANLLRFA LLGEDIGNDI DEEESEYEEA LSKRSPQKS PKKRQRVRQP ASNSGSPIKS TPRRSTASSV NATPSSARRI LRFQDDEQNA GEDDNDIMSP LPADEEAELQ RRLQLGLRVS PRRREHLHA PEEGSSGPLT EVGTPRLPNV SSAGQDDEQQ QSVISFDNVE PGTISTGRLS LISGIIARLM QTEIFEEESY P VASLFERI NEELPEEEKF SAQEYLAGLK IMSDRNNLMV ADDKVWRV

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 105.138375 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA ...文字列:
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UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4

+
分子 #4: Minichromosome maintenance protein 5

分子名称: Minichromosome maintenance protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 86.419617 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS ...文字列:
MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS TSVLSSRATY LSIMCRNCRH TTSITINNFN SITGNTVSLP RSCLSTIESE SSMANESNIG DESTKKNCGP DP YIIIHES SKFIDQQFLK LQEIPELVPV GEMPRNLTMT CDRYLTNKVI PGTRVTIVGI YSIYNSKNGA GSGRSGGGNG GSG VAIRTP YIKILGIQSD VETSSIWNSV TMFTEEEEEE FLQLSRNPKL YEILTNSIAP SIFGNEDIKK AIVCLLMGGS KKIL PDGMR LRGDINVLLL GDPGTAKSQL LKFVEKVSPI AVYTSGKGSS AAGLTASVQR DPMTREFYLE GGAMVLADGG VVCID EFDK MRDEDRVAIH EAMEQQTISI AKAGITTVLN SRTSVLAAAN PIYGRYDDLK SPGDNIDFQT TILSAFDMIF IVKDDH NEE RDISIANHVI NIHTGNANAM QNQQEENGSE ISIEKMKRYI TYCRLKCAPR LSPQAAEKLS SNFVTIRKQL LINELES TE RSSIPITIRQ LEAIIRITES LAKLELSPIA QERHVDEAIR LFQASTMDAA SQDPIGGLNQ ASGTSLSEIR RFEQELKR R LPIGWSTSYQ TLRREFVDTH RFSQLALDKA LYALEKHETI QLRHQGQNIY RSGV

UniProtKB: Minichromosome maintenance protein 5

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 113.110211 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM ...文字列:
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UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM6

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 95.049875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD ...文字列:
MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD TTMDPPSSMN DALREVVEDE TELFPPNLTR RYFLYFKPLS QNCARRYRKK AISSKPLSVR QIKGDFLGQL IT VRGIITR VSDVKPAVEV IAYTCDQCGY EVFQEVNSRT FTPLSECTSE ECSQNQTKGQ LFMSTRASKF SAFQECKIQE LSQ QVPVGH IPRSLNIHVN GTLVRSLSPG DIVDVTGIFL PAPYTGFKAL KAGLLTETYL EAQFVRQHKK KFASFSLTSD VEER VMELI TSGDVYNRLA KSIAPEIYGN LDVKKALLLL LVGGVDKRVG DGMKIRGDIN VCLMGDPGVA KSQLLKAICK ISPRG VYTT GKGSSGVGLT AAVMKDPVTD EMILEGGALV LADNGICCID EFDKMDESDR TAIHEVMEQQ TISISKAGIN TTLNAR TSI LAAANPLYGR YNPRLSPLDN INLPAALLSR FDILFLMLDI PSRDDDEKLA EHVTYVHMHN KQPDLDFTPV EPSKMRE YI AYAKTKRPVM SEAVNDYVVQ AYIRLRQDSK REMDSKFSFG QATPRTLLGI IRLSQALAKL RLADMVDIDD VEEALRLV R VSKESLYQET NKSKEDESPT TKIFTIIKKM LQETGKNTLS YENIVKTVRL RGFTMLQLSN CIQEYSYLNV WHLINEGNT LKFVDDGTMD TDQEDSLVST PKLAPQTTAS ANVSAQDSDI DLQDA

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

+
分子 #7: Cell division cycle protein CDT1

分子名称: Cell division cycle protein CDT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 68.486055 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSGTANSRRK EVLRVPVIDL NRVSDEEQLL PVVRAILLQH DTFLLKNYAN KAVLDALLAG LTTKDLPDTS QGFDANFTGT LPLEDDVWL EQYIFDTDPQ LRFDRKCRNE SLCSIYSRLF KLGLFFAQLC VKSVVSSAEL QDCISTSHYA TKLTRYFNDN G STHDGADA ...文字列:
MSGTANSRRK EVLRVPVIDL NRVSDEEQLL PVVRAILLQH DTFLLKNYAN KAVLDALLAG LTTKDLPDTS QGFDANFTGT LPLEDDVWL EQYIFDTDPQ LRFDRKCRNE SLCSIYSRLF KLGLFFAQLC VKSVVSSAEL QDCISTSHYA TKLTRYFNDN G STHDGADA GATVLPTGDD FQYLFERDYV TFLPTGVLTI FPCAKAIRYK PSTMATTDNS WVSIDEPDCL LFHTGTLLAR WS QGMHTTS PLQIDPRANI VSLTIWPPLT TPISSKGEGT IANHLLEQQI KAFPKVAQQY YPRELSILRL QDAMKFVKEL FTV CETVLS LNALSRSTGV PPELHVLLPQ ISSMMKRKIV QDDILKLLTI WSDAYVVELN SRGELTMNLP KRDNLTTLTN KSRT LAFVE RAESWYQQVI ASKDEIMTDV PAFKINKRRS SSNSKTVLSS KVQTKSSNAN ALNNSRYLAN SKENFMYKEK MPDSQ ANLM DRLRERERRS AALLSQRQKR YQQFLAMKMT QVFDILFSLT RGQPYTETYL SSLIVDSLQD SNNPIGTKEA SEILAG LQG ILPMDISVHQ VDGGLKVYRW NSLDKNRFSK LLQIHKSKQQ D

UniProtKB: Cell division cycle protein CDT1

+
分子 #8: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 108.612922 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMAKTL KDLQGWEIIT TDEQGNIIDG GQKRLRRRGA KTEHYLKRSS DGIKLGRGD SVVMHNEAAG TYSVYMIQEL RLNTLNNVVE LWALTYLRWF EVNPLAHYRQ FNPDANILNR PLNYYNKLFS E TANKNELY ...文字列:
MKRRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALENL YFQGEMAKTL KDLQGWEIIT TDEQGNIIDG GQKRLRRRGA KTEHYLKRSS DGIKLGRGD SVVMHNEAAG TYSVYMIQEL RLNTLNNVVE LWALTYLRWF EVNPLAHYRQ FNPDANILNR PLNYYNKLFS E TANKNELY LTAELAELQL FNFIRVANVM DGSKWEVLKG NVDPERDFTV RYICEPTGEK FVDINIEDVK AYIKKVEPRE AQ EYLKDLT LPSKKKEIKR GPQKKDKATQ TAQISDAETR ATDITDNEDG NEDESSDYES PSDIDVSEDM DSGEISADEL EEE EDEEED EDEEEKEARH TNSPRKRGRK IKLGKDDIDA SVQPPPKKRG RKPKDPSKPR QMLLISSCRA NNTPVIRKFT KKNV ARAKK KYTPFSKRFK SIAAIPDLTS LPEFYGNSSE LMASRFENKL KTTQKHQIVE TIFSKVKKQL NSSYVKEEIL KSANF QDYL PARENEFASI YLSAYSAIES DSATTIYVAG TPGVGKTLTV REVVKELLSS SAQREIPDFL YVEINGLKMV KPTDCY ETL WNKVSGERLT WAASMESLEF YFKRVPKNKK KTIVVLLDEL DAMVTKSQDI MYNFFNWTTY ENAKLIVIAV ANTMDLP ER QLGNKITSRI GFTRIMFTGY THEELKNIID LRLKGLNDSF FYVDTKTGNA ILIDAAGNDT TVKQTLPEDV RKVRLRMS A DAIEIASRKV ASVSGDARRA LKVCKRAAEI AEKHYMAKHG YGYDGKTVIE DENEEQIYDD EDKDLIESNK AKDDNDDDD DNDGVQTVHI THVMKALNET LNSHVITFMT RLSFTAKLFI YALLNLMKKN GSQEQELGDI VDEIKLLIEV NGSNKFVMEI AKTLFQQGS DNISEQLRII SWDFVLNQLL DAGILFKQTM KNDRICCVKL NISVEEAKRA MNEDETLRNL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 1

+
分子 #9: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 71.34218 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE ...文字列:
MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE PPEPATPSKK SLTTNHDFTS PLKQIIMNNL KEYKDSTSPG KLTLSRNFTP TPVPKNKKLY QTSETKSASS FL DTFEGYF DQRKIVRTNA KSRHTMSMAP DVTREEFSLV SNFFNENFQK RPRQKLFEIQ KKMFPQYWFE LTQGFSLLFY GVG SKRNFL EEFAIDYLSP KIAYSQLAYE NELQQNKPVN SIPCLILNGY NPSCNYRDVF KEITDLLVPA ELTRSETKYW GNHV ILQIQ KMIDFYKNQP LDIKLILVVH NLDGPSIRKN TFQTMLSFLS VIRQIAIVAS TDHIYAPLLW DNMKAQNYNF VFHDI SNFE PSTVESTFQD VMKMGKSDTS SGAEGAKYVL QSLTVNSKKM YKLLIETQMQ NMGNLSANTG PKRGTQRTGV ELKLFN HLC AADFIASNEI ALRSMLREFI EHKMANITKN NSGMEIIWVP YTYAELEKLL KTVLNTL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 2

+
分子 #10: Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 72.161766 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN ...文字列:
MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN DEDGDFTEQN NDVSYDLSLV ENFKRLFGKD LAMVFNFKDV DSINFNTLDN FIILLKSAFK YDHVKISLIF NI NTNLSNI EKNLRQSTIR LLKRNYHKLD VSSNKGFKYG NQIFQSFLDT VDGKLNLSDR FVEFILSKMA NNTNHNLQLL TKM LDYSLM SYFFQNAFSV FIDPVNVDFL NDDYLKILSR CPTFMFFVEG LIKQHAPADE ILSLLTNKNR GLEEFFVEFL VREN PINGH AKFVARFLEE ELNITNFNLI ELYHNLLIGK LDSYLDRWSA CKEYKDRLHF EPIDTIFQEL FTLDNRSGLL TQSIF PSYK SNIEDNLLSW EQVLPSLDKE NYDTLSGDLD KIMAPVLGQL FKLYREANMT INIYDFYIAF RETLPKEEIL NFIRKD PSN TKLLELAETP DAFDKVALIL FMQAIFAFEN MGLIKFQSTK SYDLVEKCVW RGI

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 3

+
分子 #11: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 60.772152 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEKI IFTYLQDCQQ EIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL QQSYKEQFIT IRLNGFIHSE QTAINGIATQ LEQQLQKIHG S EEKIDDTS ...文字列:
MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEKI IFTYLQDCQQ EIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL QQSYKEQFIT IRLNGFIHSE QTAINGIATQ LEQQLQKIHG S EEKIDDTS LETISSGSLT EVFEKILLLL DSTTKTRNED SGEVDRESIT KITVVFIFDE IDTFAGPVRQ TLLYNLFDMV EH SRVPVCI FGCTTKLNIL EYLEKRVKSR FSQRVIYMPQ IQNLDDMVDA VRNLLTVRSE ISPWVSQWNE TLEKELSDPR SNL NRHIRM NFETFRSLPT LKNSIIPLVA TSKNFGSLCT AIKSCSFLDI YNKNQLSNNL TGRLQSLSDL ELAILISAAR VALR AKDGS FNFNLAYAEY EKMIKAINSR IPTVAPTTNV GTGQSTFSID NTIKLWLKKD VKNVWENLVQ LDFFTEKSAV GLRDN ATAA FYASNYQFQG TMIPFDLRSY QMQIILQELR RIIPKSNMYY SWTQL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 4

+
分子 #12: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 55.347168 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY ...文字列:
MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY TMLETSFLQR YSTHCIPTVM FPRYNVDEVS TILVMSRCGE LMEDSCLRKR IIEEQITDCT DDQFQNVAAN FI HLIVQAF HSYTGNDIFA LNDLIDFKWP KYVSRITKEN IFEPLALYKS AIKLFLSTDD NLSENGQGES AITTNRDDLE NSQ TYDLSI ISKYLLIASY ICSYLEPRYD ASIFSRKTRI IQGRAAYGRR KKKEVNPRYL QPSLFAIERL LAIFQAIFPI QGKA ESGSL SALREESLMK ANIEVFQNLS ELHTLKLIAT TMNKNIDYLS PKVRWKVNVP WEIIKEISES VHFNISDYFS DIHE

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 5

+
分子 #13: Origin recognition complex subunit 6

分子名称: Origin recognition complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.369531 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKMN EKHMPDLCYY IDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK NKRSPVKNGG RFTSSDPKEL RNQLFGTPTK VRKSQNNDSF V IPELPPMQ ...文字列:
MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKMN EKHMPDLCYY IDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK NKRSPVKNGG RFTSSDPKEL RNQLFGTPTK VRKSQNNDSF V IPELPPMQ TNESPSITRR KLAFEEDEDE DEEEPGNDGL SLKSHSNKSI TGTRNVDSDE YENHESDPTS EEEPLGVQES RS GRTKQNK AVGKPQSELK TAKALRKRGR IPNSLLVKKY CKMTTEEIIR LCNDFELPRE VAYKIVDEYN INASRLVCPW QLV CGLVLN CTFIVFNERR RKDPRIDHFI VSKMCSLMLT SKVDDVIECV KLVKELIIGE KWFRDLQIRY DDFDGIRYDE IIFR KLGSM LQTTNILVTD DQYNIWKKRI EMDLALTEPL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 6

+
分子 #14: DNA (42-MER)

分子名称: DNA (42-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.931301 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG) (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC) (DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA) (DT) (DC)(DG)

+
分子 #15: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #17: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 30.34 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 151030
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る