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- EMDB-51369: Truncated MmpL4 in nanodiscs in the presence of desferrated mycobactin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51369
タイトルTruncated MmpL4 in nanodiscs in the presence of desferrated mycobactin
マップデータTruncated MmpL4 in nanodiscs bound to desferrated mycobactin and the E. coli acyl carrier protein at 3.5 A sharpened at -89.2 A^2.
試料
  • 複合体: Complex of truncated MmpL4 from M. tuberculosis bound to the E. coli acyl carrier protein and the substrate desferrated mycobactin.
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: Siderophore exporter MmpL4
  • リガンド: Mycobactin S
キーワードRND superfamily MmpL family Siderophore export Drug resistance Acyl carrier protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / membrane / plasma membrane ...lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Membrane transport protein MmpL family / : / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl carrier protein / Siderophore exporter MmpL4
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Earp JC / Garaeva AA / Seeger MA
資金援助European Union, スイス, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)772190European Union
University of ZurichFK-21-041 スイス
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI151239 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI137338 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of siderophore export and drug efflux by Mycobacterium tuberculosis.
著者: Jennifer C Earp / Alisa A Garaeva / Virginia Meikle / Michael Niederweis / Markus A Seeger /
要旨: To replicate and cause disease, Mycobacterium tuberculosis secretes siderophores called mycobactins to scavenge iron from the human host. Two closely related transporters, MmpL4 and MmpL5, are ...To replicate and cause disease, Mycobacterium tuberculosis secretes siderophores called mycobactins to scavenge iron from the human host. Two closely related transporters, MmpL4 and MmpL5, are required for mycobactin secretion and drug efflux. In clinical strains, overproduction of MmpL5 confers resistance towards bedaquiline and clofazimine, key drugs to combat multidrug resistant tuberculosis. Here, we present cryogenic-electron microscopy structures of MmpL4 and identify a mycobactin binding site, which is accessible from the cytosol and also required for bedaquiline efflux. An unusual coiled-coil domain predicted to extend 130 Å into the periplasm is essential for mycobactin and bedaquiline efflux by MmpL4 and MmpL5. The mycobacterial acyl carrier protein MbtL forms a complex with MmpL4, indicating that mycobactin synthesis and export are coupled. Thus, MmpL4 and MmpL5 constitute the core components of a unique multi-subunit machinery required for iron acquisition and drug efflux by M. tuberculosis.
履歴
登録2024年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51369.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51369.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Truncated MmpL4 in nanodiscs bound to desferrated mycobactin and the E. coli acyl carrier protein at 3.5 A sharpened at -89.2 A^2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 200 pix.
= 260. Å		1.3 Å/pix.
x 200 pix.
= 260. Å		1.3 Å/pix.
x 200 pix.
= 260. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.36
最小 - 最大-33.061084999999999 - 45.588709999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000009267 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 260.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51369_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 2 used for post processing step and...

ファイルemd_51369_half_map_1.map
注釈half-map 2 used for post processing step and FSC resolution calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 1 used for post processing step and...

ファイルemd_51369_half_map_2.map
注釈half-map 1 used for post processing step and FSC resolution calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of truncated MmpL4 from M. tuberculosis bound to the E. c...

全体名称: Complex of truncated MmpL4 from M. tuberculosis bound to the E. coli acyl carrier protein and the substrate desferrated mycobactin.
要素
  • 複合体: Complex of truncated MmpL4 from M. tuberculosis bound to the E. coli acyl carrier protein and the substrate desferrated mycobactin.
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: Siderophore exporter MmpL4
  • リガンド: Mycobactin S

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超分子 #1: Complex of truncated MmpL4 from M. tuberculosis bound to the E. c...

超分子名称: Complex of truncated MmpL4 from M. tuberculosis bound to the E. coli acyl carrier protein and the substrate desferrated mycobactin.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 113.8 KDa

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分子 #1: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
分子量理論値: 8.64546 KDa
配列文字列:
MSTIEERVKK IIGEQLGVKQ EEVTNNASFV EDLGADSLDT VELVMALEEE FDTEIPDEEA EKITTVQAAI DYINGHQA

UniProtKB: Acyl carrier protein

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分子 #2: Siderophore exporter MmpL4

分子名称: Siderophore exporter MmpL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: A coiled-coil domain of MmpL4 (S491-Y685), predicted by AlphaFold2, was deleted and replaced with a short GS linker.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 83.808508 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列: VSTKFANDSN TNARPEKPFI ARMIHAFAVP IILGWLAVCV VVTVFVPSLE AVGQERSVSL SPKDAPSFEA MGRIGMVFKE GDSDSFAMV IIEGNQPLGD AAHKYYDGLV AQLRADKKHV QSVQDLWGDP LTAAGVQSND GKAAYVQLSL AGNQGTPLAN E SVEAVRSI ...文字列:
VSTKFANDSN TNARPEKPFI ARMIHAFAVP IILGWLAVCV VVTVFVPSLE AVGQERSVSL SPKDAPSFEA MGRIGMVFKE GDSDSFAMV IIEGNQPLGD AAHKYYDGLV AQLRADKKHV QSVQDLWGDP LTAAGVQSND GKAAYVQLSL AGNQGTPLAN E SVEAVRSI VESTPAPPGI KAYVTGPSAL AADMHHSGDR SMARITMVTV AVIFIMLLLV YRSIITVVLL LITVGVELTA AR GVVAVLG HSGAIGLTTF AVSLLTSLAI AAGTDYGIFI IGRYQEARQA GEDKEAAYYT MYRGTAHVIL GSGLTIAGAT FCL SFARMP YFQTLGIPCA VGMLVAVAVA LTLGPAVLHV GSRFGLFDPK RLLKVRGWRR VGTVVVRWPL PVLVATCAIA LVGL LALPG YKTSYNDRDY LPDFIPANQG YAAADRHFSQ ARMKPEILMI ESDHDMRNPA DFLVLDKLAK GIFRVPGISR VQAIT RPEG TTMDHTGGSS SPPEVFKNKD FQRAMKSFLS SDGHAARFII LHRGDPQSPE GIKSIDAIRT AAEESLKGTP LEDAKI YLA GTAAVFHDIS EGAQWDLLIA AISSLCLIFI IMLIITRAFI AAAVIVGTVA LSLGASFGLS VLLWQHILAI HLHWLVL AM SVIVLLAVGS DYNLLLVSRF KQEIGAGLKT GIIRSMGGTG KVVTNAGLVF AVTMASMAVS DLRVIGQVGT TIGLGLLF D TLIVRSFMTP SIAALLGRWF WWPLRVRSRP ARTPTVPSET QPAGRPLAMS SDRLGALEVL FQ

UniProtKB: Siderophore exporter MmpL4, Siderophore exporter MmpL4

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分子 #3: Mycobactin S

分子名称: Mycobactin S / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: A1IL5
分子量理論値: 828.046 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl pH 7.5, 150mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 39.0 kPa / 詳細: at 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8423 / 平均露光時間: 1.3 sec. / 平均電子線量: 64.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2767608
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / 使用した粒子像数: 122605
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9gi0


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9gi3:
Truncated MmpL4 in nanodiscs in the presence of desferrated mycobactin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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