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万見
- EMDB-5133: 17 angstrom of wild Rabbit Hemorrhagic DiseaseVirus core-like par... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5133
タイトル17 angstrom of wild Rabbit Hemorrhagic DiseaseVirus core-like particle cryomicroscopy structure
マップデータThis is the cryo-electron microscopy reconstruction of the wild rabbit hemorrhagic disease virus core-like particles.
試料
  • 試料: wild Rabbit Hemorrhagic Disease Viruses core-like particles
  • ウイルス: rabbit hemorrhagic disease virus core like particles (ウイルス)
キーワードRHDV / vp60 / vp10 / core-like particles
生物種rabbit hemorrhagic disease virus core like particles (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Hu Z / Tian X / Zhai Y / Xu W / Zheng D / Sun F
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2010
タイトル: Cryo-electron microscopy reconstructions of two types of wild rabbit hemorrhagic disease viruses characterized the structural features of Lagovirus.
著者: Zhongjun Hu / Xiaojuan Tian / Yujia Zhai / Wei Xu / Dong Zheng / Fei Sun /
要旨: Rabbit hemorrhagic disease was described in China in 1984 and can cause hemorrhagic necrosis of the liver within two or three days after infection. The etiological agent, rabbit hemorrhagic disease ...Rabbit hemorrhagic disease was described in China in 1984 and can cause hemorrhagic necrosis of the liver within two or three days after infection. The etiological agent, rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV), belongs to the Lagovirus genus in the Caliciviridae family. Compared to other calicivirus, such as rNV and SMSV, the structure of Lagovirus members is not well characterized. In this report, structures of two types of wild RHDV particles, the intact virion and the core-like particle (CLP), were reconstructed by cryo-electron microscopy at 11 &0A and 17 &0A, respectively. This is the first time the 3D structure of wild caliciviruses CLP has been provided, and the 3D structure of intact RHDV virion is the highest resolution structure in Lagovirus. Comparison of the intact virion and CLP structures clearly indicated that CLP was produced from the intact virion with the protrusion dissociated. In contrast with the crystal structures of recombinant Norovirus and San Miguel sea lion virus, the capsomers of RHDV virion exhibited unique structural features and assembly modes. Both P1 and P2 subdomains have interactions inside the AB capsomer, while only P2 subdomains have interaction inside CC capsomer. The pseudo atomic models of RHDV capsomers were constructed by homology modeling and density map fitting, and the rotation of RHDV VP60 P domain with respect to its S domain, compared with SMSV, was observed. Collectively, our cryo-electron microscopic studies of RHDV provide close insight into the structure of Lagovirus, which is important for functional analysis and better vaccine development in the future.
履歴
登録2009年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年10月15日-
マップ公開2010年8月12日-
更新2011年1月10日-
現状2011年1月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5133_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the cryo-electron microscopy reconstruction of the wild rabbit hemorrhagic disease virus core-like particles.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.54 Å/pix.
x 160 pix.
= 406.4 Å		2.54 Å/pix.
x 160 pix.
= 406.4 Å		2.54 Å/pix.
x 160 pix.
= 406.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.7 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.95755 - 3.63758
平均 (標準偏差)0.0550003 (±0.848303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 406.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.400406.400406.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-1.9583.6380.055

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : wild Rabbit Hemorrhagic Disease Viruses core-like particles

全体名称: wild Rabbit Hemorrhagic Disease Viruses core-like particles
要素
  • 試料: wild Rabbit Hemorrhagic Disease Viruses core-like particles
  • ウイルス: rabbit hemorrhagic disease virus core like particles (ウイルス)

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超分子 #1000: wild Rabbit Hemorrhagic Disease Viruses core-like particles

超分子名称: wild Rabbit Hemorrhagic Disease Viruses core-like particles
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 3
分子量理論値: 7.2 MDa

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超分子 #1: rabbit hemorrhagic disease virus core like particles

超分子名称: rabbit hemorrhagic disease virus core like particles
タイプ: virus / ID: 1
Name.synonym: rabbit hemorrhagic disease virus core like particles
生物種: rabbit hemorrhagic disease virus core like particles
データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIROID / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
Syn species name: rabbit hemorrhagic disease virus core like particles
宿主生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 7.2 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: S / 直径: 320 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: 300 mesh holygrid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER
手法: Embeded in thin layer of vitreous ice on freshly carbon-coated home-made holey EM grid by manually blotting the grids with filter paper and then plunging into liquid ethane cooled by liquid nitrogen

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 105 K
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 230 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Eman spider / 使用した粒子像数: 895
最終 2次元分類クラス数: 21

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2gh8

ソフトウェア名称: chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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