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万見
- EMDB-51308: Cryo-EM Structure of Pentameric Outer Membrane Protein A from Bde... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51308
タイトルCryo-EM Structure of Pentameric Outer Membrane Protein A from Bdellovibrio bacteriovorus
マップデータOverall Map
試料
  • 複合体: Pentameric Outer Membrane protein A, PopA
    • タンパク質・ペプチド: Major outer membrane protein
  • リガンド: water
キーワードOuter membrane protein / porin / beta-barrel / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性Major outer membrane protein
機能・相同性情報
生物種Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Parr RJ / Ratkeviciute G / Lovering AL
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust209437/Z/17/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M01116X/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_PC_17136 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A porin-like protein used by bacterial predator defines a wider lipid-trapping superfamily
著者: Parr RJ / Lovering AL
履歴
登録2024年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51308.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51308.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Overall Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.5 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.5 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.29
最小 - 最大-1.0763147 - 1.5214568
平均 (標準偏差)0.0011521117 (±0.041213065)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 250.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51308_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51308_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51308_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pentameric Outer Membrane protein A, PopA

全体名称: Pentameric Outer Membrane protein A, PopA
要素
  • 複合体: Pentameric Outer Membrane protein A, PopA
    • タンパク質・ペプチド: Major outer membrane protein
  • リガンド: water

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超分子 #1: Pentameric Outer Membrane protein A, PopA

超分子名称: Pentameric Outer Membrane protein A, PopA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)

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分子 #1: Major outer membrane protein

分子名称: Major outer membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
分子量理論値: 37.092637 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SKARVEALAN SRHVLDFQTA FDRPYQFMAL SEQATIEWGN TGDANPHAEG GFVKRHGDDS AFGAYFGRRS ADFSEAVQTV RDASSHHHH HHGSSNPAFA DLMFEQNGLN LFYASKMGEW TWGVTAKYSN GKNEDPTVGT KATSAGVAVA ASNGTWDFEL V QGFTGKSE ...文字列:
SKARVEALAN SRHVLDFQTA FDRPYQFMAL SEQATIEWGN TGDANPHAEG GFVKRHGDDS AFGAYFGRRS ADFSEAVQTV RDASSHHHH HHGSSNPAFA DLMFEQNGLN LFYASKMGEW TWGVTAKYSN GKNEDPTVGT KATSAGVAVA ASNGTWDFEL V QGFTGKSE LDNGTVTAEV ESKGLTNVTV GYHMSPEMEV YGNVKMSKVE ADLNGTPIEV ETTSYKVGMV NTLAKSEEGN FF YGVEVAS TKVKDDSESL LLPVYMGVEH NAASWLVLRA SVAQNVILNE TKDDATGNKT DEDSTRMAAG AGIKFGKSVI DAS FAGSTT GVINANNLFS QVAYTYTF

UniProtKB: Major outer membrane protein

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 33 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMSodium ChlorideNaCl
0.03 (w/v) %n-dodecyl-beta-D-maltoside (DDM)C24H46O11
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 992500
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: Punjani et al., 2017 / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab-inition
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 365835
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other / 詳細: Crystallographic stucture
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9gf0:
Cryo-EM Structure of Pentameric Outer Membrane Protein A from Bdellovibrio bacteriovorus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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