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- EMDB-51249: DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51249
タイトルDNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4
マップデータ
試料
  • 複合体: Ku80 mediated dimer of DNA-PK bound to Polymerase Lambda and XRCC4/DNA ligase IV
    • タンパク質・ペプチド: DNA ligase 4
    • タンパク質・ペプチド: X-ray repair cross-complementing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Protein PAXX
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein XRCC4
    • タンパク質・ペプチド: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: X-ray repair cross-complementing protein 6
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase lambda
キーワードKinase / complex / DNA-binding / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


FHA domain binding / positive regulation of chromosome organization / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / positive regulation of platelet formation / DNA ligase activity / Ku70:Ku80 complex / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of t-circle formation / DNA ligase (ATP) ...FHA domain binding / positive regulation of chromosome organization / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / positive regulation of platelet formation / DNA ligase activity / Ku70:Ku80 complex / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of t-circle formation / DNA ligase (ATP) / T cell receptor V(D)J recombination / DNA end binding / pro-B cell differentiation / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA ligase (ATP) activity / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / immature B cell differentiation / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / single strand break repair / regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / cellular response to X-ray / V(D)J recombination / nuclear telomere cap complex / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / regulation of epithelial cell proliferation / telomere capping / isotype switching / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of neurogenesis / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of telomere maintenance / recombinational repair / U3 snoRNA binding / protein localization to chromosome, telomeric region / DNA biosynthetic process / maturation of 5.8S rRNA / T cell lineage commitment / cellular response to lithium ion / cellular hyperosmotic salinity response / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation / telomeric DNA binding / B cell lineage commitment / hematopoietic stem cell proliferation / ligase activity / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of protein kinase activity / site of DNA damage / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / peptidyl-threonine phosphorylation / somatic stem cell population maintenance / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / response to X-ray / hematopoietic stem cell differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / ectopic germ cell programmed cell death / chromosome organization / telomere maintenance via telomerase / somitogenesis / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / condensed chromosome / base-excision repair, gap-filling / DNA polymerase binding / neurogenesis / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / telomere maintenance / DNA helicase activity / activation of innate immune response / cyclin binding / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of translation / cellular response to leukemia inhibitory factor / central nervous system development / stem cell proliferation / double-strand break repair via homologous recombination / response to gamma radiation / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / small-subunit processome / enzyme activator activity / cellular response to gamma radiation / regulation of circadian rhythm / protein destabilization / protein-DNA complex / base-excision repair / brain development / peptidyl-serine phosphorylation / protein modification process
類似検索 - 分子機能
Protein PAXX / : / PAXX, PAralog of XRCC4 and XLF, also called C9orf142 / DNA ligase IV domain / DNA ligase IV / DNA ligase 4 / DNA Ligase 4, adenylation domain / XRCC4, N-terminal domain superfamily / DNA repair protein XRCC4 / : ...Protein PAXX / : / PAXX, PAralog of XRCC4 and XLF, also called C9orf142 / DNA ligase IV domain / DNA ligase IV / DNA ligase 4 / DNA Ligase 4, adenylation domain / XRCC4, N-terminal domain superfamily / DNA repair protein XRCC4 / : / : / : / XRCC4 N-terminal domain / XRCC4 coiled-coil / XRCC4 C-terminal region / XRCC4-like, N-terminal domain superfamily / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, catalytic domain / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC5 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-PKcs, CC5 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / NUC194 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / Ku80 / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / SAP domain superfamily / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / breast cancer carboxy-terminal domain / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
X-ray repair cross-complementing protein 6 / X-ray repair cross-complementing protein 5 / DNA ligase 4 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / DNA repair protein XRCC4 / Protein PAXX / DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Chaplin AK / Amin H / Zahid S / Hardwick SW
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/X00029X/1 英国
The Lister Institute of Preventive Medicine 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ku70/80 anchors DNA polymerase Lambda at sites of DNA synapsis during NHEJ
著者: Chaplin AK / Amin H / Zahid S / Hardwick SW
履歴
登録2024年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51249.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 320 pix.
= 417.28 Å		1.3 Å/pix.
x 320 pix.
= 417.28 Å		1.3 Å/pix.
x 320 pix.
= 417.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.304 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.211
最小 - 最大-0.17788844 - 0.6955113
平均 (標準偏差)0.0019756726 (±0.034080233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 417.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51249_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Locally refined composite map

ファイルemd_51249_additional_1.map
注釈Locally refined composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51249_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51249_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ku80 mediated dimer of DNA-PK bound to Polymerase Lambda and XRCC...

全体名称: Ku80 mediated dimer of DNA-PK bound to Polymerase Lambda and XRCC4/DNA ligase IV
要素
  • 複合体: Ku80 mediated dimer of DNA-PK bound to Polymerase Lambda and XRCC4/DNA ligase IV
    • タンパク質・ペプチド: DNA ligase 4
    • タンパク質・ペプチド: X-ray repair cross-complementing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Protein PAXX
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein XRCC4
    • タンパク質・ペプチド: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: X-ray repair cross-complementing protein 6
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase lambda

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超分子 #1: Ku80 mediated dimer of DNA-PK bound to Polymerase Lambda and XRCC...

超分子名称: Ku80 mediated dimer of DNA-PK bound to Polymerase Lambda and XRCC4/DNA ligase IV
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 800 KDa

+
分子 #1: DNA ligase 4

分子名称: DNA ligase 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA ligase (ATP)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 104.124953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAASQTSQTV ASHVPFADLC STLERIQKSK GRAEKIRHFR EFLDSWRKFH DALHKNHKDV TDSFYPAMRL ILPQLERERM AYGIKETML AKLYIELLNL PRDGKDALKL LNYRTPTGTH GDAGDFAMIA YFVLKPRCLQ KGSLTIQQVN DLLDSIASNN S AKRKDLIK ...文字列:
MAASQTSQTV ASHVPFADLC STLERIQKSK GRAEKIRHFR EFLDSWRKFH DALHKNHKDV TDSFYPAMRL ILPQLERERM AYGIKETML AKLYIELLNL PRDGKDALKL LNYRTPTGTH GDAGDFAMIA YFVLKPRCLQ KGSLTIQQVN DLLDSIASNN S AKRKDLIK KSLLQLITQS SALEQKWLIR MIIKDLKLGV SQQTIFSVFH NDAAELHNVT TDLEKVCRQL HDPSVGLSDI SI TLFSAFK PMLAAIADIE HIEKDMKHQS FYIETKLDGE RMQMHKDGDV YKYFSRNGYN YTDQFGASPT EGSLTPFIHN AFK ADIQIC ILDGEMMAYN PNTQTFMQKG TKFDIKRMVE DSDLQTCYCV FDVLMVNNKK LGHETLRKRY EILSSIFTPI PGRI EIVQK TQAHTKNEVI DALNEAIDKR EEGIMVKQPL SIYKPDKRGE GWLKIKPEYV SGLMDELDIL IVGGYWGKGS RGGMM SHFL CAVAEKPPPG EKPSVFHTLS RVGSGCTMKE LYDLGLKLAK YWKPFHRKAP PSSILCGTEK PEVYIEPCNS VIVQIK AAE IVPSDMYKTG CTLRFPRIEK IRDDKEWHEC MTLDDLEQLR GKASGKLASK HLYIGGDDEP QEKKRKAAPK MKKVIGI IE HLKAPNLTNV NKISNIFEDV EFCVMSGTDS QPKPDLENRI AEFGGYIVQN PGPDTYCVIA GSENIRVKNI ILSNKHDV V KPAWLLECFK TKSFVPWQPR FMIHMCPSTK EHFAREYDCY GDSYFIDTDL NQLKEVFSGI KNSNEQTPEE MASLIADLE YRYSWDCSPL SMFRRHTVYL DSYAVINDLS TKNEGTRLAI KALELRFHGA KVVSCLAEGV SHVIIGEDHS RVADFKAFRR TFKRKFKIL KESWVTDSID KCELQEENQY LI

UniProtKB: DNA ligase 4

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分子 #2: X-ray repair cross-complementing protein 5

分子名称: X-ray repair cross-complementing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.812438 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MVRSGNKAAV VLCMDVGFTM SNSIPGIESP FEQAKKVITM FVQRQVFAEN KDEIALVLFG TDGTDNPLSG GDQYQNITVH RHLMLPDFD LLEDIESKIQ PGSQQADFLD ALIVSMDVIQ HETIGKKFEK RHIEIFTDLS SRFSKSQLDI IIHSLKKCDI S LQFFLPFS ...文字列:
MVRSGNKAAV VLCMDVGFTM SNSIPGIESP FEQAKKVITM FVQRQVFAEN KDEIALVLFG TDGTDNPLSG GDQYQNITVH RHLMLPDFD LLEDIESKIQ PGSQQADFLD ALIVSMDVIQ HETIGKKFEK RHIEIFTDLS SRFSKSQLDI IIHSLKKCDI S LQFFLPFS LGKEDGSGDR GDGPFRLGGH GPSFPLKGIT EQQKEGLEIV KMVMISLEGE DGLDEIYSFS ESLRKLCVFK KI ERHSIHW PCRLTIGSNL SIRIAAYKSI LQERVKKTWT VVDAKTLKKE DIQKETVYCL NDDDETEVLK EDIIQGFRYG SDI VPFSKV DEEQMKYKSE GKCFSVLGFC KSSQVQRRFF MGNQVLKVFA ARDDEAAAVA LSSLIHALDD LDMVAIVRYA YDKR ANPQV GVAFPHIKHN YECLVYVQLP FMEDLRQYMF SSLKNSKKYA PTEAQLNAVD ALIDSMSLAK KDEKTDTLED LFPTT KIPN PRFQRLFQCL LHRALHPREP LPPIQQHIWN MLNPPAEVTT KSQIPLSKIK TLFPLIEAKK KDQVTAQEIF QDNHED GPT AKKLKTEQGG AHFSVSSLAE GSVTSVGSVN PAENFRVLVK QKKASFEEAS NQLINHIEQF LDTNETPYFM KSIDCIR AF REEAIKFSEE QRFNNFLKAL QEKVEIKQLN HFWEIVVQDG ITLITKEEAS GSSVTAEEAK KFLAPKDKPS GDTAAVFE E GGDVDDLLDM I

UniProtKB: X-ray repair cross-complementing protein 5

+
分子 #3: Protein PAXX

分子名称: Protein PAXX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.663498 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDPLSPPLCT LPPGPEPPRF VCYCEGEESG EGDRGGFNLY VTDAAELWST CFTPDSLAAL KARFGLSAAE DITPRFRAAC EQQAVALTL QEDRASLTLS GGPSALAFDL SKVPGPEAAP RLRALTLGLA KRVWSLERRL AAAEETAVSP RKSPRPAGPQ L FLPDPDPQ ...文字列:
MDPLSPPLCT LPPGPEPPRF VCYCEGEESG EGDRGGFNLY VTDAAELWST CFTPDSLAAL KARFGLSAAE DITPRFRAAC EQQAVALTL QEDRASLTLS GGPSALAFDL SKVPGPEAAP RLRALTLGLA KRVWSLERRL AAAEETAVSP RKSPRPAGPQ L FLPDPDPQ RGGPGPGVRR RCPGESLINP GFKSKKPAGG VDFDET

UniProtKB: Protein PAXX

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分子 #4: DNA repair protein XRCC4

分子名称: DNA repair protein XRCC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.337703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MERKISRIHL VSEPSITHFL QVSWEKTLES GFVITLTDGH SAWTGTVSES EISQEADDMA MEKGKYVGEL RKALLSGAGP ADVYTFNFS KESCYFFFEK NLKDVSFRLG SFNLEKVENP AEVIRELICY CLDTIAENQA KNEHLQKENE RLLRDWNDVQ G RFEKCVSA ...文字列:
MERKISRIHL VSEPSITHFL QVSWEKTLES GFVITLTDGH SAWTGTVSES EISQEADDMA MEKGKYVGEL RKALLSGAGP ADVYTFNFS KESCYFFFEK NLKDVSFRLG SFNLEKVENP AEVIRELICY CLDTIAENQA KNEHLQKENE RLLRDWNDVQ G RFEKCVSA KEALETDLYK RFILVLNEKK TKIRSLHNKL LNAAQEREKD IKQEGETAIC SEMTADRDPV YDESTDEESE NQ TDLSGLA SAAVSKDDSI ISSLDVTDIA PSRKRRQRMQ RNLGTEPKMA PQENQLQEKE NSRPDSSLPE TSKKEHISAE NMS LETLRN SSPEDLFDEI

UniProtKB: DNA repair protein XRCC4

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分子 #5: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

分子名称: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 469.673219 KDa
配列文字列: MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFVR KSLNSIEFRE CREEILKFL CIFLEKMGQK IAPYSVEIKN TCTSVYTKDR AAKCKIPALD LLIKLLQTFR SSRLMDEFKI GELFSKFYGE L ALKKKIPD ...文字列:
MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFVR KSLNSIEFRE CREEILKFL CIFLEKMGQK IAPYSVEIKN TCTSVYTKDR AAKCKIPALD LLIKLLQTFR SSRLMDEFKI GELFSKFYGE L ALKKKIPD TVLEKVYELL GLLGEVHPSE MINNAENLFR AFLGELKTQM TSAVREPKLP VLAGCLKGLS SLLCNFTKSM EE DPQTSRE IFNFVLKAIR PQIDLKRYAV PSAGLRLFAL HASQFSTCLL DNYVSLFEVL LKWCAHTNVE LKKAALSALE SFL KQVSNM VAKNAEMHKN KLQYFMEQFY GIIRNVDSNN KELSIAIRGY GLFAGPCKVI NAKDVDFMYV ELIQRCKQMF LTQT DTGDD RVYQMPSFLQ SVASVLLYLD TVPEVYTPVL EHLVVMQIDS FPQYSPKMQL VCCRAIVKVF LALAAKGPVL RNCIS TVVH QGLIRICSKP VVLPKGPESE SEDHRASGEV RTGKWKVPTY KDYVDLFRHL LSSDQMMDSI LADEAFFSVN SSSESL NHL LYDEFVKSVL KIVEKLDLTL EIQTVGEQEN GDEAPGVWMI PTSDPAANLH PAKPKDFSAF INLVEFCREI LPEKQAE FF EPWVYSFSYE LILQSTRLPL ISGFYKLLSI TVRNAKKIKY FEGVSPKSLK HSPEDPEKYS CFALFVKFGK EVAVKMKQ Y KDELLASCLT FLLSLPHNII ELDVRAYVPA LQMAFKLGLS YTPLAEVGLN ALEEWSIYID RHVMQPYYKD ILPCLDGYL KTSALSDETK NNWEVSALSR AAQKGFNKVV LKHLKKTKNL SSNEAISLEE IRIRVVQMLG SLGGQINKNL LTVTSSDEMM KSYVAWDRE KRLSFAVPFR EMKPVIFLDV FLPRVTELAL TASDRQTKVA ACELLHSMVM FMLGKATQMP EGGQGAPPMY Q LYKRTFPV LLRLACDVDQ VTRQLYEPLV MQLIHWFTNN KKFESQDTVA LLEAILDGIV DPVDSTLRDF CGRCIREFLK WS IKQITPQ QQEKSPVNTK SLFKRLYSLA LHPNAFKRLG ASLAFNNIYR EFREEESLVE QFVFEALVIY MESLALAHAD EKS LGTIQQ CCDAIDHLCR IIEKKHVSLN KAKKRRLPRG FPPSASLCLL DLVKWLLAHC GRPQTECRHK SIELFYKFVP LLPG NRSPN LWLKDVLKEE GVSFLINTFE GGGCGQPSGI LAQPTLLYLR GPFSLQATLC WLDLLLAALE CYNTFIGERT VGALQ VLGT EAQSSLLKAV AFFLESIAMH DIIAAEKCFG TGAAGNRTSP QEGERYNYSK CTVVVRIMEF TTTLLNTSPE GWKLLK KDL CNTHLMRVLV QTLCEPASIG FNIGDVQVMA HLPDVCVNLM KALKMSPYKD ILETHLREKI TAQSIEELCA VNLYGPD AQ VDRSRLAAVV SACKQLHRAG LLHNILPSQS TDLHHSVGTE LLSLVYKGIA PGDERQCLPS LDLSCKQLAS GLLELAFA F GGLCERLVSL LLNPAVLSTA SLGSSQGSVI HFSHGEYFYS LFSETINTEL LKNLDLAVLE LMQSSVDNTK MVSAVLNGM LDQSFRERAN QKHQGLKLAT TILQHWKKCD SWWAKDSPLE TKMAVLALLA KILQIDSSVS FNTSHGSFPE VFTTYISLLA DTKLDLHLK GQAVTLLPFF TSLTGGSLEE LRRVLEQLIV AHFPMQSREF PPGTPRFNNY VDCMKKFLDA LELSQSPMLL E LMTEVLCR EQQHVMEELF QSSFRRIARR GSCVTQVGLL ESVYEMFRKD DPRLSFTRQS FVDRSLLTLL WHCSLDALRE FF STIVVDA IDVLKSRFTK LNESTFDTQI TKKMGYYKIL DVMYSRLPKD DVHAKESKIN QVFHGSCITE GNELTKTLIK LCY DAFTEN MAGENQLLER RRLYHCAAYN CAISVICCVF NELKFYQGFL FSEKPEKNLL IFENLIDLKR RYNFPVEVEV PMER KKKYI EIRKEAREAA NGDSDGPSYM SSLSYLADST LSEEMSQFDF STGVQSYSYS SQDPRPATGR FRRREQRDPT VHDDV LELE MDELNRHECM APLTALVKHM HRSLGPPQGE EDSVPRDLPS WMKFLHGKLG NPIVPLNIRL FLAKLVINTE EVFRPY AKH WLSPLLQLAA SENNGGEGIH YMVVEIVATI LSWTGLATPT GVPKDEVLAN RLLNFLMKHV FHPKRAVFRH NLEIIKT LV ECWKDCLSIP YRLIFEKFSG KDPNSKDNSV GIQLLGIVMA NDLPPYDPQC GIQSSEYFQA LVNNMSFVRY KEVYAAAA E VLGLILRYVM ERKNILEESL CELVAKQLKQ HQNTMEDKFI VCLNKVTKSF PPLADRFMNA VFFLLPKFHG VLKTLCLEV VLCRVEGMTE LYFQLKSKDF VQVMRHRDDE RQKVCLDIIY KMMPKLKPVE LRELLNPVVE FVSHPSTTCR EQMYNILMWI HDNYRDPES ETDNDSQEIF KLAKDVLIQG LIDENPGLQL IIRNFWSHET RLPSNTLDRL LALNSLYSPK IEVHFLSLAT N FLLEMTSM SPDYPNPMFE HPLSECEFQE YTIDSDWRFR STVLTPMFVE TQASQGTLQT RTQEGSLSAR WPVAGQIRAT QQ QHDFTLT QTADGRSSFD WLTGSSTDPL VDHTSPSSDS LLFAHKRSER LQRAPLKSVG PDFGKKRLGL PGDEVDNKVK GAA GRTDLL RLRRRFMRDQ EKLSLMYARK GVAEQKREKE IKSELKMKQD AQVVLYRSYR HGDLPDIQIK HSSLITPLQA VAQR DPIIA KQLFSSLFSG ILKEMDKFKT LSEKNNITQK LLQDFNRFLN TTFSFFPPFV SCIQDISCQH AALLSLDPAA VSAGC LASL QQPVGIRLLE EALLRLLPAE LPAKRVRGKA RLPPDVLRWV ELAKLYRSIG EYDVLRGIFT SEIGTKQITQ SALLAE ARS DYSEAAKQYD EALNKQDWVD GEPTEAEKDF WELASLDCYN HLAEWKSLEY CSTASIDSEN PPDLNKIWSE PFYQETY LP YMIRSKLKLL LQGEADQSLL TFIDKAMHGE LQKAILELHY SQELSLLYLL QDDVDRAKYY IQNGIQSFMQ NYSSIDVL L HQSRLTKLQS VQALTEIQEF ISFISKQGNL SSQVPLKRLL NTWTNRYPDA KMDPMNIWDD IITNRCFFLS KIEEKLTPL PEDNSMNVDQ DGDPSDRMEV QEQEEDISSL IRSCKFSMKM KMIDSARKQN NFSLAMKLLK ELHKESKTRD DWLVSWVQSY CRLSHCRSR SQGCSEQVLT VLKTVSLLDE NNVSSYLSKN ILAFRDQNIL LGTTYRIIAN ALSSEPACLA EIEEDKARRI L ELSGSSSE DSEKVIAGLY QRAFQHLSEA VQAAEEEAQP PSWSCGPAAG VIDAYMTLAD FCDQQLRKEE ENASVIDSAE LQ AYPALVV EKMLKALKLN SNEARLKFPR LLQIIERYPE ETLSLMTKEI SSVPCWQFIS WISHMVALLD KDQAVAVQHS VEE ITDNYP QAIVYPFIIS SESYSFKDTS TGHKNKEFVA RIKSKLDQGG VIQDFINALD QLSNPELLFK DWSNDVRAEL AKTP VNKKN IEKMYERMYA ALGDPKAPGL GAFRRKFIQT FGKEFDKHFG KGGSKLLRMK LSDFNDITNM LLLKMNKDSK PPGNL KECS PWMSDFKVEF LRNELEIPGQ YDGRGKPLPE YHVRIAGFDE RVTVMASLRR PKRIIIRGHD EREHPFLVKG GEDLRQ DQR VEQLFQVMNG ILAQDSACSQ RALQLRTYSV VPMTSRLGLI EWLENTVTLK DLLLNTMSQE EKAAYLSDPR APPCEYK DW LTKMSGKHDV GAYMLMYKGA NRTETVTSFR KRESKVPADL LKRAFVRMST SPEAFLALRS HFASSHALIC ISHWILGI G DRHLNNFMVA METGGVIGID FGHAFGSATQ FLPVPELMPF RLTRQFINLM LPMKETGLMY SIMVHALRAF RSDPGLLTN TMDVFVKEPS FDWKNFEQKM LKKGGSWIQE INVAEKNWYP RQKICYAKRK LAGANPAVIT CDELLLGHEK APAFRDYVAV ARGSKDHNI RAQEPESGLS EETQVKCLMD QATDPNILGR TWEGWEPWM

UniProtKB: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

+
分子 #6: X-ray repair cross-complementing protein 6

分子名称: X-ray repair cross-complementing protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.945039 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MSGWESYYKT EGDEEAEEEQ EENLEASGDY KYSGRDSLIF LVDASKAMFE SQSEDELTPF DMSIQCIQSV YISKIISSDR DLLAVVFYG TEKDKNSVNF KNIYVLQELD NPGAKRILEL DQFKGQQGQK RFQDMMGHGS DYSLSEVLWV CANLFSDVQF K MSHKRIML ...文字列:
MSGWESYYKT EGDEEAEEEQ EENLEASGDY KYSGRDSLIF LVDASKAMFE SQSEDELTPF DMSIQCIQSV YISKIISSDR DLLAVVFYG TEKDKNSVNF KNIYVLQELD NPGAKRILEL DQFKGQQGQK RFQDMMGHGS DYSLSEVLWV CANLFSDVQF K MSHKRIML FTNEDNPHGN DSAKASRART KAGDLRDTGI FLDLMHLKKP GGFDISLFYR DIISIAEDED LRVHFEESSK LE DLLRKVR AKETRKRALS RLKLKLNKDI VISVGIYNLV QKALKPPPIK LYRETNEPVK TKTRTFNTST GGLLLPSDTK RSQ IYGSRQ IILEKEETEE LKRFDDPGLM LMGFKPLVLL KKHHYLRPSL FVYPEESLVI GSSTLFSALL IKCLEKEVAA LCRY TPRRN IPPYFVALVP QEEELDDQKI QVTPPGFQLV FLPFADDKRK MPFTEKIMAT PEQVGKMKAI VEKLRFTYRS DSFEN PVLQ QHFRNLEALA LDLMEPEQAV DLTLPKVEAM NKRLGSLVDE FKELVYPPDY NPEGKVTKRK HDNEGSGSKR PKVEYS EEE LKTHISKGTL GKFTVPMLKE ACRAYGLKSG LKKQELLEAL TKHFQD

UniProtKB: X-ray repair cross-complementing protein 6

+
分子 #9: DNA polymerase lambda

分子名称: DNA polymerase lambda / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.571238 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDPRGILKAF PKRQKIHADA SSKVLAKIPR REEGEEAEEW LSSLRAHVVR TGIGRARAEL FEKQIVQHGG QLCPAQGPGV THIVVDEGM DYERALRLLR LPQLPPGAQL VKSAWLSLCL QERRLVDVAG FSIFIPSRYL DHPQPSKAEQ DASIPPGTHE A LLQTALSP ...文字列:
MDPRGILKAF PKRQKIHADA SSKVLAKIPR REEGEEAEEW LSSLRAHVVR TGIGRARAEL FEKQIVQHGG QLCPAQGPGV THIVVDEGM DYERALRLLR LPQLPPGAQL VKSAWLSLCL QERRLVDVAG FSIFIPSRYL DHPQPSKAEQ DASIPPGTHE A LLQTALSP PPPPTRPVSP PQKAKEAPNT QAQPISDDEA SDGEETQVSA ADLEALISGH YPTSLEGDCE PSPAPAVLDK WV CAQPSSQ KATNHNLHIT EKLEVLAKAY SVQGDKWRAL GYAKAINALK SFHKPVTSYQ EACSIPGIGK RMAEKIIEIL ESG HLRKLD HISESVPVLE LFSNIWGAGT KTAQMWYQQG FRSLEDIRSQ ASLTTQQAIG LKHYSDFLER MPREEATEIE QTVQ KAAQA FNSGLLCVAC GSYRRGKATC GDVDVLITHP DGRSHRGIFS RLLDSLRQEG FLTDDLVSQE ENGQQQKYLG VCRLP GPGR RHRRLDIIVV PYSEFACALL YFTGSAHFNR SMRALAKTKG MSLSEHALST AVVRNTHGCK VGPGRVLPTP TEKDVF RLL GLPYREPAER DW

UniProtKB: DNA polymerase lambda

+
分子 #7: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.632012 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DT)(DT)(DA)(DT)

+
分子 #8: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.748026 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11487 / 平均露光時間: 1.04 sec. / 平均電子線量: 51.96 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 603711
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 14964
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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