[日本語] English
万見
- EMDB-51228: yeast TFIIIC TauB subcomplex bound to a tRNA gene -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51228
タイトルyeast TFIIIC TauB subcomplex bound to a tRNA gene
マップデータ
試料
  • 複合体: Yeast TFIIIC TauB monomer bound to a tRNA gene
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 138 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 91 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 60 kDa subunit
    • DNA: DNA (40-MER)
    • DNA: DNA (40-MER)
キーワードBase-specific contacts / B-box / tRNA gene / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / transcription by RNA polymerase III / protein localization to chromatin / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor tau subunit sfc3/Tfc3, C-terminal / : / Family of unknown function (DUF6581) / Transcription factor tau 138 kDa subunit, extended winged helix / Transcription factor IIIC, putative zinc-finger / : / Putative zinc-finger of transcription factor IIIC complex / B-block binding subunit of TFIIIC / Tfc3, extended winged-helix domain / Transcription facto Tfc3-like ...Transcription factor tau subunit sfc3/Tfc3, C-terminal / : / Family of unknown function (DUF6581) / Transcription factor tau 138 kDa subunit, extended winged helix / Transcription factor IIIC, putative zinc-finger / : / Putative zinc-finger of transcription factor IIIC complex / B-block binding subunit of TFIIIC / Tfc3, extended winged-helix domain / Transcription facto Tfc3-like / B-block binding subunit of TFIIIC / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor tau 138 kDa subunit / Transcription factor tau 91 kDa subunit / Transcription factor tau 60 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Seifert-Davila W / Girbig M / Hauptmann L / Hoffmann T / Eustermann S / Mueller C / Chaban A / Duss O / Baudin F
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural and kinetic insights into tRNA promoter engagement by yeast general transcription factor TFIIIC.
著者: Wolfram Seifert-Dávila / Anastasiia Chaban / Florence Baudin / Mathias Girbig / Luis Hauptmann / Thomas Hoffmann / Olivier Duss / Sebastian Eustermann / Christoph W Müller /
要旨: Transcription of transfer RNA (tRNA) genes by RNA polymerase (Pol) III requires the general transcription factor IIIC (TFIIIC), which recognizes intragenic A-box and B-box DNA motifs of type II ...Transcription of transfer RNA (tRNA) genes by RNA polymerase (Pol) III requires the general transcription factor IIIC (TFIIIC), which recognizes intragenic A-box and B-box DNA motifs of type II gene promoters. However, the underlying mechanism has remained elusive, in part due to missing structural information for A-box recognition. In this study, we use single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and single-molecule fluorescence resonance energy transfer (smFRET) to reveal structural and real-time kinetic insights into how the 520-kDa yeast TFIIIC complex engages A-box and B-box DNA motifs in the context of a tRNA gene promoter. Cryo-EM structures of τA and τB subcomplexes bound to the A-box and B-box were obtained at 3.7 and 2.5 Å resolution, respectively, while cryo-EM single-particle mapping determined the specific distance and relative orientation of the τA and τB subcomplexes revealing a fully engaged state of TFIIIC. smFRET experiments show that overall recruitment and residence times of TFIIIC on a tRNA gene are primarily governed by B-box recognition, while footprinting experiments suggest a key role of τA and the A-box in TFIIIB and Pol III recruitment following TFIIIC recognition of type II promoters.
履歴
登録2024年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_51228.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.04 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.04 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.00966391 - 0.03340183
平均 (標準偏差)0.00006217974 (±0.00096598984)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 263.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51228_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51228_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Yeast TFIIIC TauB monomer bound to a tRNA gene

全体名称: Yeast TFIIIC TauB monomer bound to a tRNA gene
要素
  • 複合体: Yeast TFIIIC TauB monomer bound to a tRNA gene
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 138 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 91 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 60 kDa subunit
    • DNA: DNA (40-MER)
    • DNA: DNA (40-MER)

-
超分子 #1: Yeast TFIIIC TauB monomer bound to a tRNA gene

超分子名称: Yeast TFIIIC TauB monomer bound to a tRNA gene / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
分子 #1: Transcription factor tau 138 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 138 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 136.6025 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVLTIYPDEL VQIVSDKIAS NKGKITLNQL WDISGKYFDL SDKKVKQFVL SCVILKKDIE VYCDGAITTK NVTDIIGDAN HSYSVGITE DSLWTLLTGY TKKESTIGNS AFELLLEVAK SGEKGINTMD LAQVTGQDPR SVTGRIKKIN HLLTSSQLIY K GHVVKQLK ...文字列:
MVLTIYPDEL VQIVSDKIAS NKGKITLNQL WDISGKYFDL SDKKVKQFVL SCVILKKDIE VYCDGAITTK NVTDIIGDAN HSYSVGITE DSLWTLLTGY TKKESTIGNS AFELLLEVAK SGEKGINTMD LAQVTGQDPR SVTGRIKKIN HLLTSSQLIY K GHVVKQLK LKKFSHDGVD SNPYINIRDH LATIVEVVKR SKNGIRQIID LKRELKFDKE KRLSKAFIAA IAWLDEKEYL KK VLVVSPK NPAIKIRCVK YVKDIPDSKG SPSFEYDSNS ADEDSVSDSK AAFEDEDLVE GLDNFNATDL LQNQGLVMEE KED AVKNEV LLNRFYPLQN QTYDIADKSG LKGISTMDVV NRITGKEFQR AFTKSSEYYL ESVDKQKENT GGYRLFRIYD FEGK KKFFR LFTAQNFQKL TNAEDEISVP KGFDELGKSR TDLKTLNEDN FVALNNTVRF TTDSDGQDIF FWHGELKIPP NSKKT PNKN KRKRQVKNST NASVAGNISN PKRIKLEQHV STAQEPKSAE DSPSSNGGTV VKGKVVNFGG FSARSLRSLQ RQRAIL KVM NTIGGVAYLR EQFYESVSKY MGSTTTLDKK TVRGDVDLMV ESEKLGARTE PVSGRKIIFL PTVGEDAIQR YILKEKD SK KATFTDVIHD TEIYFFDQTE KNRFHRGKKS VERIRKFQNR QKNAKIKASD DAISKKSTSV NVSDGKIKRR DKKVSAGR T TVVVENTKED KTVYHAGTKD GVQALIRAVV VTKSIKNEIM WDKITKLFPN NSLDNLKKKW TARRVRMGHS GWRAYVDKW KKMLVLAIKS EKISLRDVEE LDLIKLLDIW TSFDEKEIKR PLFLYKNYEE NRKKFTLVRD DTLTHSGNDL AMSSMIQREI SSLKKTYTR KISASTKDLS KSQSDDYIRT VIRSILIESP STTRNEIEAL KNVGNESIDN VIMDMAKEKQ IYLHGSKLEC T DTLPDILE NRGNYKDFGV AFQYRCKVNE LLEAGNAIVI NQEPSDISSW VLIDLISGEL LNMDVIPMVR NVRPLTYTSR RF EIRTLTP PLIIYANSQT KLNTARKSAV KVPLGKPFSR LWVNGSGSIR PNIWKQVVTM VVNEIIFHPG ITLSRLQSRC REV LSLHEI SEICKWLLER QVLITTDFDG YWVNHNWYSI YESTENLYFQ SMSASAWSHP QFEKGGGSGG GSGGSAWSHP QFEK S

UniProtKB: Transcription factor tau 138 kDa subunit

-
分子 #2: Transcription factor tau 91 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 91 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 76.48407 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHENLY FQGMAVIPAK KRGRPRKSVV AEVPYDSLAS PVSENSGSKR PRRNASKKAV ANFAQLVHAG RDDVINTTQV NNVDDTDDD DFVLNDEGDG EESDNVEIEF ENELESTKNE VADLNSSGSG ASVRPSGRRN TVQKLRLKKN STKNMKSSSP G SSLGQKGR ...文字列:
HHHHHHENLY FQGMAVIPAK KRGRPRKSVV AEVPYDSLAS PVSENSGSKR PRRNASKKAV ANFAQLVHAG RDDVINTTQV NNVDDTDDD DFVLNDEGDG EESDNVEIEF ENELESTKNE VADLNSSGSG ASVRPSGRRN TVQKLRLKKN STKNMKSSSP G SSLGQKGR PIRLLKDLSS ARDKIERIYG LNKEKLLLLA KVKEGFETSV FDFPFKNIQP DSPYFVCLDP PCKKESAYNK VI GDKNRTV YHEINKTEFE NMIKLRTKRL KLLIGEVDAE VSTGDKIEFP VLANGKRRGF IYNVGGLVTD IAWLNIEENT DIG KDIQYL AVAVSQYMDE PLNEHLEMFD KEKHSSCIQI FKMNTSTLHC VKVQTIVHSF GEVWDLKWHE GCHAPHLVGC LSFV SQEGT INFLEIIDNA TDVHVFKMCE KPSLTLSLAD SLITTFDFLS PTTVVCGFKN GFVAEFDLTD PEVPSFYDQV HDSYI LSVS TAYSDFEDTV VSTVAVDGYF YIFNPKDIAT TKTTVSRFRG SNLVPVVYCP QIYSYIYSDG ASSLRAVPSR AAFAVH PLV SRETTITAIG VSRLHPMVLA GSADGSLIIT NAARRLLHGI KNSSATQKSL RLWKWDYSIK DDKYRIDSSY EVYPLTV ND VSKAKIDAHG INITCTKWNE TSAGGKCYAF SNSAGLLTLE YLS

UniProtKB: Transcription factor tau 91 kDa subunit

-
分子 #3: Transcription factor tau 60 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 60 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 67.755172 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKLLKDLLVD RKEFEDWKNN LTWARDGTLY LTTFPDISIG QPKYAKDINC NSKNLFHVKE FPLEFENKLD FELAQQNGLL NSQPVCYPR VCKPSPIDDW MAVLSNNGNV SVFKDNKMLT NLDSKGNLSS RTYHCFEWNP IESSIVVGNE DGELQFFSIR K NSENTPEF ...文字列:
MKLLKDLLVD RKEFEDWKNN LTWARDGTLY LTTFPDISIG QPKYAKDINC NSKNLFHVKE FPLEFENKLD FELAQQNGLL NSQPVCYPR VCKPSPIDDW MAVLSNNGNV SVFKDNKMLT NLDSKGNLSS RTYHCFEWNP IESSIVVGNE DGELQFFSIR K NSENTPEF YFESSIRLSD AGSKDWVTHI VWYEDVLVAA LSNNSVFSMT VSASSHQPVS RMIQNASRRK ITDLKIVDYK VV LTCPGYV HKIDLKNYSI SSLKTGSLEN FHIIPLNHEK ESTILLMSNK TSYKVLLEDE LHVTADNIIA PYLEKKFKKW STI WNEFNN YETTLVIHGI SLSPDGYSIA IVYDMERVAF KYKIASEQSF NIMFAPLYHT WTISERAVGL AWYQTYQIYN QSLP KLPEN FSMNKKLLNG NYPISLDFQS YLNALMKSEE MRIIMFLNMT IDKPSILSFL EALYEYAINK KSELTNSFDL ACVLS IAAI LKREAPIYNG TLLMKNSFLE ETFNLESFTA DPETVTSTTN NTWKRCGVTL LPILTTHVKI CPVSKQRVID IKRDDL NDY GWFTRGLLER FNEISVYCGT TLEVM

UniProtKB: Transcription factor tau 60 kDa subunit

-
分子 #4: DNA (40-MER)

分子名称: DNA (40-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 12.358934 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG) (DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA) (DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)

-
分子 #5: DNA (40-MER)

分子名称: DNA (40-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 12.265904 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 39.6 e/Å2
詳細: dataset1: 39.6 dataset2: 43.6 dataset3: 43.2 dataset4: 43.2 dataset5: 44.4
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafol multimer V2.3.0
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 570437
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る