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- EMDB-51227: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana PSI-LHCI- a603-NH mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51227
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana PSI-LHCI- a603-NH mutant
マップデータSharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Photosystem I supercomplex (PSI-LHCI), Lhca3/Lhca4 a603-NH mutant
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 11種
キーワードPSI-LHCI / Arabidopsis thaliana / light harvesting / far-red absorption / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / response to low light intensity stimulus / chloroplast stromal thylakoid / plastoglobule / chloroplast membrane / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I ...photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / response to low light intensity stimulus / chloroplast stromal thylakoid / plastoglobule / chloroplast membrane / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein stabilization / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular region / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic ...Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic ...Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI-1, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Capaldi S / Chaves-Sanjuan A / Bonnet DMV / Bassi R
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101053983-GrInSunEuropean Union
引用ジャーナル: New Phytol / 年: 2025
タイトル: Structural determinants for red-shifted absorption in higher-plants Photosystem I.
著者: Stefano Capaldi / Zeno Guardini / Daniele Montepietra / Vittorio Flavio Pagliuca / Antonello Amelii / Elena Betti / Chris John / Laura Pedraza-González / Lorenzo Cupellini / Benedetta ...著者: Stefano Capaldi / Zeno Guardini / Daniele Montepietra / Vittorio Flavio Pagliuca / Antonello Amelii / Elena Betti / Chris John / Laura Pedraza-González / Lorenzo Cupellini / Benedetta Mennucci / Diane Marie Valerie Bonnet / Antonio Chaves-Sanjuan / Luca Dall'Osto / Roberto Bassi /
要旨: Higher plants Photosystem I absorbs far-red light, enriched under vegetation canopies, through long-wavelength Chls to enhance photon capture. Far-red absorption originates from Chl pairs within the ...Higher plants Photosystem I absorbs far-red light, enriched under vegetation canopies, through long-wavelength Chls to enhance photon capture. Far-red absorption originates from Chl pairs within the Lhca3 and Lhca4 subunits of the LHCI antenna, known as the 'red cluster', including Chls a603 and a609. We used reverse genetics to produce an Arabidopsis mutant devoid of red-shifted absorption, and we obtained high-resolution cryogenic electron microscopy structures of PSI-LHCI complexes from both wild-type and mutant plants. Computed excitonic coupling values suggested contributions from additional nearby pigment molecules, namely Chl a615 and violaxanthin in the L2 site, to far-red absorption. We investigated the structural determinants of far-red absorption by producing further Arabidopsis transgenic lines and analyzed the spectroscopic effects of mutations targeting these chromophores. The two structures solved were used for quantum mechanics calculations, revealing that excitonic interactions alone cannot explain far-red absorption, while charge transfer states were needed for accurate spectral simulations. Our findings demonstrate that the molecular mechanisms of light-harvesting under shaded conditions rely on very precise tuning of chromophore interactions, whose understanding is crucial for designing light-harvesting complexes with engineered absorption spectra.
履歴
登録2024年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_51227.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 448 pix.
= 398.272 Å		0.89 Å/pix.
x 448 pix.
= 398.272 Å		0.89 Å/pix.
x 448 pix.
= 398.272 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.889 Å
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表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-1.5575435 - 3.6113374
平均 (標準偏差)0.0021235617 (±0.075007096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 398.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51227_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
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ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unharpened map

ファイルemd_51227_additional_1.map
注釈Unharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_51227_half_map_1.map
注釈Half_map A
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_51227_half_map_2.map
注釈Half_map B
投影像・断面図
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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I supercomplex (PSI-LHCI), Lhca3/Lhca4 a603-NH mutant

全体名称: Photosystem I supercomplex (PSI-LHCI), Lhca3/Lhca4 a603-NH mutant
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Photosystem I supercomplex (PSI-LHCI), Lhca3/Lhca4 a603-NH mutant
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI-1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
超分子 #1: Photosystem I supercomplex (PSI-LHCI), Lhca3/Lhca4 a603-NH mutant

超分子名称: Photosystem I supercomplex (PSI-LHCI), Lhca3/Lhca4 a603-NH mutant
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 22.522793 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: AGNVGRIRMA AHWMPGEPRP AYLDGSAPGD FGFDPLGLGE VPANLERYKE SELIHCRWAM LAVPGILVPE ALGYGNWVKA QEWAALPGG QATYLGNPVP WGTLPTILAI EFLAIAFVEH QRSMEKDPEK KKYPGGAFDP LGYSKDPKKL EELKVKEIKN G RLALLAFV ...文字列:
AGNVGRIRMA AHWMPGEPRP AYLDGSAPGD FGFDPLGLGE VPANLERYKE SELIHCRWAM LAVPGILVPE ALGYGNWVKA QEWAALPGG QATYLGNPVP WGTLPTILAI EFLAIAFVEH QRSMEKDPEK KKYPGGAFDP LGYSKDPKKL EELKVKEIKN G RLALLAFV GFCVQQSAYP GTGPLENLAT HLADPWHNNI GDIVIPFN

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic

+
分子 #2: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic

分子名称: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.448623 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: RAVAADPDRP IWFPGSTPPE WLDGSLPGDF GFDPLGLSSD PDSLKWNVQA EIVHCRWAML GAAGIFIPEF LTKIGILNTP SWYTAGEQE YFTDKTTLFV VELILIGWAE GRRWADIIKP GSVNTDPVFP NNKLTGTDVG YPGGLWFDPL GWGSGSPAKL K ELRTKEIK ...文字列:
RAVAADPDRP IWFPGSTPPE WLDGSLPGDF GFDPLGLSSD PDSLKWNVQA EIVHCRWAML GAAGIFIPEF LTKIGILNTP SWYTAGEQE YFTDKTTLFV VELILIGWAE GRRWADIIKP GSVNTDPVFP NNKLTGTDVG YPGGLWFDPL GWGSGSPAKL K ELRTKEIK NGRLAMLAVM GAWFQHIYTG TGPIDNLFAH LADPGHATIF AAFTPK

UniProtKB: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic

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分子 #3: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic

分子名称: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 25.258818 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: KAAATPPVKQ GANRPLWFAS SQSLSYLDGS LPGDYGFDPL GLSDPEGTGG FIEPRWLAYG EIIHGRFAML GAAGAIAPEI LGKAGLIPA ETALPWFQTG VIPPAGTYTY WADNYTLFVL EMALMGFAEH RRLQDWYNPG SMGKQYFLGL EKGLAGSGNP A YPGGPFFN ...文字列:
KAAATPPVKQ GANRPLWFAS SQSLSYLDGS LPGDYGFDPL GLSDPEGTGG FIEPRWLAYG EIIHGRFAML GAAGAIAPEI LGKAGLIPA ETALPWFQTG VIPPAGTYTY WADNYTLFVL EMALMGFAEH RRLQDWYNPG SMGKQYFLGL EKGLAGSGNP A YPGGPFFN PLGFGKDEKS LKELKLKEVK NGRLAMLAIL GYFIQGLVTG VGPYQNLLDH LADPVNNNVL TSLKFH

UniProtKB: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic

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分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 22.298283 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: KKGEWLPGLA SPDYLTGSLA GDNGFDPLGL AEDPENLKWF VQAELVHGRW AMLGVAGMLL PEVFTKIGII NVPEWYDAGK EQYFASSST LFVIEFILFH YVEIRRWQDI KNPGSVNQDP IFKQYSLPKG EVGYPGGIFN PLNFAPTQEA KEKELANGRL A MLAFLGFV ...文字列:
KKGEWLPGLA SPDYLTGSLA GDNGFDPLGL AEDPENLKWF VQAELVHGRW AMLGVAGMLL PEVFTKIGII NVPEWYDAGK EQYFASSST LFVIEFILFH YVEIRRWQDI KNPGSVNQDP IFKQYSLPKG EVGYPGGIFN PLNFAPTQEA KEKELANGRL A MLAFLGFV VQHNVTGKGP FENLLQHLSD PWHNTIVQTF N

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic

+
分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 83.180156 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MIIRSPEPEV KILVDRDPIK TSFEEWAKPG HFSRTIAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT SDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWSIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQIWRASG ITSELQLYCT A IGGLVFAA ...文字列:
MIIRSPEPEV KILVDRDPIK TSFEEWAKPG HFSRTIAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT SDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWSIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQIWRASG ITSELQLYCT A IGGLVFAA LMLFAGWFHY HKAAPKLAWF QDVESMLNHH LAGLLGLGSL SWAGHQVHVS LPINQFLNAG VDPKEIPLPH EF ILNRDLL AQLYPSFAEG ATPFFTLNWS KYAEFLTFRG GLDPVTGGLW LTDIAHHHLA IAILFLIAGH MYRTNWGIGH GIK DILEAH KGPFTGQGHK GLYEILTTSW HAQLSINLAM LGSLTIVVAH HMYSMPPYPY LATDYGTQLS LFTHHMWIGG FLIV GAAAH AAIFMVRDYD PTTRYNDLLD RVLRHRDAII SHLNWVCIFL GFHSFGLYIH NDTMSALGRP QDMFSDTAIQ LQPVF AQWI QNTHALAPGT TAPGATTSTS LTWGGGDLVA VGGKVALLPI PLGTADFLVH HIHAFTIHVT VLILLKGVLF ARSSRL IPD KANLGFRFPC DGPGRGGTCQ VSAWDHVFLG LFWMYNAISV VIFHFSWKMQ SDVWGSISDQ GVVTHITGGN FAQSSIT IN GWLRDFLWAQ ASQVIQSYGS SLSAYGLFFL GAHFVWAFSL MFLFSGRGYW QELIESIVWA HNKLKVAPAT QPRALSIV Q GRAVGVTHYL LGGIATTWAF FLARIIAVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

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分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 82.448695 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MALRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FENHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEAWVQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA LGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNGDLYTGA LFLLFLSAIS LIAGWLHLQP K WKPSVSWF ...文字列:
MALRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FENHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEAWVQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA LGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNGDLYTGA LFLLFLSAIS LIAGWLHLQP K WKPSVSWF KNAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPGSRGEYVR WNNFLGVLPH PQGLGPLFTG QWNLYAQNPD SS SHLFGTS QGTGTAILTL LGGFHPQTQS LWLTDIAHHH LAIAILFLVA GHMYRTNFGI GHSIKDLLEA HIPPGGRLGR GHR GLYDTI NNSIHFQLGL ALASLGVITS LVAQHMYSLP AYAFIAQDFT TQAALYTHHQ YIAGFIMTGA FAHGAIFFIR DYNP EQNED NVLARMLDHK EAIISHLSWA SLFLGFHTLG LYVHNDVMLA FGTPEKQILI EPIFAQWIQS AHGKTSYGFD VLLSS TNSP AFNAGRSIWL PGWLNAINEN SNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAVFWM LNTIGWVTFY WHWKHITLWQ GNVSQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWMFLF GHLVWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLIR WRDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG KFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #7: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.049509 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMIP WDGCKAKQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLW HETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.68417 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
EKTESSSAAP AVKEAPVGFT PPQLDPNTPS PIFAGSTGGL LRKAQVEEFY VITWNSPKEQ IFEMPTGGAA IMREGPNLLK LARKEQCLA LGTRLRSKYK ITYQFYRVFP NGEVQYLHPK DGVYPEKANP GREGVGLNMR SIGKNVSPIE VKFTGKQSYD L

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 10.561903 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
AAEDTPPATA SSDSSSTTAA AAPAKVPAAK AKPPPIGPKR GSKVKILRKE SYWYKNVGSV VAVDQDPKTR YPVVVRFAKV NYANISTNN YALDEVEEVK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.31916 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
DISGLTPCKD SKQFAKREKQ QIKKLESSLK LYAPESAPAL ALNAQIEKTK RRFDNYGKYG LLCGSDGLPH LIVNGDQRHW GEFITPGIL FLYIAGWIGW VGRSYLIAIS GEKKPAMKEI IIDVPLASRI IFRGFIWPVA AYREFLNGDL IAKDV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.000299 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
ELSPSIVISL STGLSLFLGR FVFFNFQREN VAKQGLPEQN GKTHFEAGDD RAKEYVSLLK SNDPIGFNIV DVLAWGSIGH IVAYYILAT SSNGYDPSFF G

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit VI-1, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI-1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 10.366769 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
KYGDKSVYFD LEDLGNTTGQ WDVYGSDAPS PYNPLQSKFF ETFAAPFTKR GLLLKFLILG GGSLLTYVSA TSTGEVLPIK RGPQEPPKL GPRGKL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VI-1, chloroplastic

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.137024 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
MTTFNNLPSI FVPLVGLVFP AIAMASLFLH IQKNKIF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 5.021978 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
MRDLKTYLSV APVISTLWFA ALAGLLIEIN RLFPDALIFP FFSF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.982693 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
AVKSDKTTFQ VVQPINGDPF IGSLETPVTS SPLIAWYLSN LPGYRTAVNP LLRGVEVGLA HGFFLVGPFV KAGPLRNTAY AGSAGSLAA AGLVVILSMC LTIYGISSFK EGEPSIAPSL TLTGRKKQPD QLQTADGWAK FTGGFFFGGI SGVTWAYFLL Y VLDLPYFV K

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.46877 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
DFIGSSTNLI MVTSTTLMLF AGRFGLAPSA NRKATAGLRL EARDSGLQTG DPAGFTLADT LACGTVGHII GVGVVLGLKN IGAI

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

+
分子 #17: Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.720043 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
GVIDEYLERS KTNKELNDKK RLATSGANFA RAFTVQFGSC KFPENFTGCQ DLAKQKKVPF ISEDIALECE GKDKYKCGSN VFWKW

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic

+
分子 #18: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 12 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 142 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #20: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 5 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #21: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 4 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #22: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 5 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #23: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #24: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 27 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #25: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #26: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #27: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #28: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
10.0 mMHEPES
0.05 %n-Dodecyl-Beta-Maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 115589
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 36596
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9gbi


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9gc2:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana PSI-LHCI- a603-NH mutant

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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