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- EMDB-51183: Structure of human PHLPP2 in conformation 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51183
タイトルStructure of human PHLPP2 in conformation 2
マップデータ
試料
  • 複合体: recombinant human PHLPP2
    • タンパク質・ペプチド: PH domain leucine-rich repeat-containing protein phosphatase 2
キーワードPHLPP2 / Pseudophosphatase / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Negative regulation of the PI3K/AKT network / photoreceptor outer segment membrane / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity ...Negative regulation of the PI3K/AKT network / photoreceptor outer segment membrane / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / intercellular bridge / photoreceptor inner segment / hippocampus development / mitotic spindle / intracellular signal transduction / cilium / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PHLPP protein RA domain / Protein phosphatase 2C / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / : / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat ...: / PHLPP protein RA domain / Protein phosphatase 2C / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / : / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PH domain leucine-rich repeat-containing protein phosphatase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Siess K / Grishkovskaya I / Haselbach D / Leonard TA
資金援助 オーストリア, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundP33066 オーストリア
Austrian Science FundP36212 オーストリア
Austrian Science FundW1261 オーストリア
Diamond Light SourceBI25222-3 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: PHLPP2 is a pseudophosphatase that lost activity in the metazoan ancestor.
著者: Tarik Husremović / Vanessa Meier / Lucas Piëch / Katharina M Siess / Sumire Antonioli / Irina Grishkovskaya / Nikoleta Kircheva / Silvia E Angelova / Karoline Wenzl / Andreas Brandstätter ...著者: Tarik Husremović / Vanessa Meier / Lucas Piëch / Katharina M Siess / Sumire Antonioli / Irina Grishkovskaya / Nikoleta Kircheva / Silvia E Angelova / Karoline Wenzl / Andreas Brandstätter / Jiri Veis / Fran Miočić-Stošić / Dorothea Anrather / Markus Hartl / Linda Truebestein / Luis M Cerron-Alvan / Martin Leeb / Bojan Žagrović / Stephan Hann / Christoph Bock / Egon Ogris / Todor Dudev / Nicholas A T Irwin / David Haselbach / Thomas A Leonard /
要旨: The phosphoinositide 3-kinase (PI3K) pathway is a major regulator of cell and organismal growth. Consequently, hyperactivation of PI3K and its downstream effector kinase, Akt, is observed in many ...The phosphoinositide 3-kinase (PI3K) pathway is a major regulator of cell and organismal growth. Consequently, hyperactivation of PI3K and its downstream effector kinase, Akt, is observed in many human cancers. Pleckstrin homology domain leucine-rich repeat-containing protein phosphatases (PHLPP), two paralogous members of the metal-dependent protein phosphatase family, have been reported as negative regulators of Akt signaling and, therefore, tumor suppressors. However, the stoichiometry and identity of the bound metal ion(s), mechanism of action, and enzymatic specificity of these proteins are not known. Seeking to fill these gaps in our understanding of PHLPP biology, we unexpectedly found that PHLPP2 has no catalytic activity in vitro. Instead, we found that PHLPP2 is a pseudophosphatase with a single zinc ion bound in its catalytic center. Furthermore, we found that cancer genomics data do not support the proposed role of PHLPP1 or PHLPP2 as tumor suppressors. Phylogenetic analyses revealed an ancestral phosphatase that arose more than 1,000 Mya, but that lost activity at the base of the metazoan lineage. Surface conservation indicates that while PHLPP2 has lost catalytic activity, it may have retained substrate binding. Finally, using phylogenomics, we identify coevolving genes consistent with a scaffolding role for PHLPP2 on membranes. In summary, our results provide a molecular explanation for the inconclusive results that have hampered research on PHLPP and argue for a focus on the noncatalytic roles of PHLPP1 and PHLPP2.
履歴
登録2024年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51183.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 160 pix.
= 198. Å		1.24 Å/pix.
x 160 pix.
= 198. Å		1.24 Å/pix.
x 160 pix.
= 198. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00499
最小 - 最大-0.0074375113 - 0.024230633
平均 (標準偏差)0.00007840436 (±0.0010324428)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 198.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51183_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51183_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : recombinant human PHLPP2

全体名称: recombinant human PHLPP2
要素
  • 複合体: recombinant human PHLPP2
    • タンパク質・ペプチド: PH domain leucine-rich repeat-containing protein phosphatase 2

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超分子 #1: recombinant human PHLPP2

超分子名称: recombinant human PHLPP2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: PH domain leucine-rich repeat-containing protein phosphatase 2

分子名称: PH domain leucine-rich repeat-containing protein phosphatase 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GARMKRNGSR NCLNRRSRFG SRERDWLRED VKRGCVYLYG ADTTTATTTT TTSSSSSSSS SSSDLHLVLC TVETPASEIC AGEGRESLYL QLHGDLVRRL EPTERPLQIV YDYLSRLGFD DPVRIQEEAT NPDLGCMIRF YGEKPCHMDR LDRILLSGIY NVRKGKTQLH ...文字列:
GARMKRNGSR NCLNRRSRFG SRERDWLRED VKRGCVYLYG ADTTTATTTT TTSSSSSSSS SSSDLHLVLC TVETPASEIC AGEGRESLYL QLHGDLVRRL EPTERPLQIV YDYLSRLGFD DPVRIQEEAT NPDLGCMIRF YGEKPCHMDR LDRILLSGIY NVRKGKTQLH KWAERLVVLC GTCLIVSSVK DCQTGKMHIL PLVGGKIEEV KRRQYSLAFS SAGAQAQTYH VSFETLAEYQ RWQRQASKVV SQRISTVDLS CYSLEEVPEH LFYSQDITYL NLRHNFMQLE RPGGLDTLYK FSQLKGLNLS HNKLGLFPIL LCEISTLTEL NLSCNGFHDL PSQIGNLLNL QTLCLDGNFL TTLPEELGNL QQLSSLGISF NNFSQIPEVY EKLTMLDRVV MAGNCLEVLN LGVLNRMNHI KHVDLRMNHL KTMVIENLEG NKHITHVDLR DNRLTDLDLS SLCSLEQLHC GRNQLRELTL SGFSLRTLYA SSNRLTAVNV YPVPSLLTFL DLSRNLLECV PDWACEAKKI EVLDVSYNLL TEVPVRILSS LSLRKLMLGH NHVQNLPTLV EHIPLEVLDL QHNALTRLPD TLFSKALNLR YLNASANSLE SLPSACTGEE SLSMLQLLYL TNNLLTDQCI PVLVGHLHLR ILHLANNQLQ TFPASKLNKL EQLEELNLSG NKLKTIPTTI ANCKRLHTLV AHSNNISIFP EILQLPQIQF VDLSCNDLTE ILIPEALPAT LQDLDLTGNT NLVLEHKTLD IFSHITTLKI DQKPLPTTDS TVTSTFWSHG LAEMAGQRNK LCVSALAMDS FAEGVGAVYG MFDGDRNEEL PRLLQCTMAD VLLEEVQQST NDTVFMANTF LVSHRKLGMA GQKLGSSALL CYIRPDTADP ASSFSLTVAN VGTCQAVLCR GGKPVPLSKV FSLEQDPEEA QRVKDQKAII TEDNKVNGVT CCTRMLGCTY LYPWILPKPH ISSTPLTIQD ELLILGNKAL WEHLSYTEAV NAVRHVQDPL AAAKKLCTLA QSYGCQDNVG AMVVYLNIGE EGCTCEMNGL TLPGPVGFAS TTTIKDAPKP ATPSSSSGIA SEFSSEMSTS EVSSEVGSTA SDEHNAGGLD TALLPRPERR CSLHPTPTSG LFQRQPSSAT FSSNQSDNGL DSDDDQPVEG VITNGSKVEV EVDIHCCRGR DLENSPPLIE SSPTLCSEEH ARGSCFGIRR QNSVNSGMLL PMSKDRMELQ KSPSTSCLYG KKLSNGSIVP LEDSLNLIEV ATEVPKRKTG YFAAPTQMEP EDQFVVPHDL EEEVKEQMKQ HQDSRLEPEP HEEDRTEPPE EFDTAL

UniProtKB: PH domain leucine-rich repeat-containing protein phosphatase 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMMES2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid
150.0 mMNaClsodium chloride
0.1 %NP40Nonidet P-40
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 958089
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 355036
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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